以花卉为特色产业，以鲜切花和有机果蔬为主导产品，打造成创汇型、环保型的现代农业园区。清溪生态农业产业园在总体布局上分“一心二带八区”：“一心”指生态园的主入口广场区；“二带”指土船坑水库及正坑山塘两条流入茅輋水库的小溪两岸景观带，分别为百花景观带和莞香景观带；“八区”指特色花卉生产区、优质水果生产区、优质蔬菜生产区、优质水产区、生态风景林区、优质水果品种繁育区、水生植物生产示范区、湿地净化区。
镇政府统一负责园区的建设和日常管理，实行统一规划，分步、分期组织实施。园区土地由政府从农户手中统筹使用，园区建成后，政府统一成立园区管理公司清溪农业发展有限公司，由公司对入园企业进行管理。引导公司向农业龙头企业方向发展，采取“公司 农户”的形式，发展规模经营，逐步实现区域化布局、专业化生产。
清溪生态农业产业园第一期工程于2009年7月建成，已投入资金1000多万元，完成园区主次干道路、农田林网、供水供电系统建设。清溪生态农业园（二期）规划面积84公顷，主要以珍稀莞香植物资源保护、莞香茶的生产、优质岭南水果种植及科普教育为主导，结合莞香园产业基础和资源优势，确定特色产业和主导产品，打造清溪莞香茶这一特色产业。
目前，园区已引进7家大型花卉、果蔬生产企业，经营面积达1900多亩。其中，引进安华园、缤纷、御花园等3家花卉企业，总投资2300万元，每年总产值达2100万元，形成了较具规模和影响力的花卉生产基地。现诚挚邀请农业龙头企业、科研院所进驻园区经营发展现代农业。同时，鼓励入园企业依托资源特点和自然景观，发展以水果采摘和认种为主的农事体验模式、以花卉苗木和特色养殖观赏为主的农业观光模式、以历史人文景观游览为主的文化参观模式、以回归自然为主的休闲度假模式等农业休闲旅游。
