早年经历
1975年，孔令辉在哈尔滨出生。父亲孔祥智是黑龙江省队的乒乓球运动员、母亲谷淑霞是一位教师。在父亲的影响下，6岁开始正式学习打球，为了从小培养他敢拼强手的心理状态，孔祥智还打破少年队员训练的常规，让他和大孩子一起训练、打比赛，然后总结得失。
20世纪80年代，正是在中国乒乓球处于低谷的时候，尤其是男子乒乓球队遇到了非常大的困难，中国直拍快攻打法受到欧洲横拍打法的严重威胁，成绩滑坡。由此，当时国家组建了一批12-15年龄组的国家青年队，就是娃娃兵，他们的任务就是要在下一个时期冲击世界冠军，孔祥智将仅有12岁的孔令辉依依不舍地送进了国家队，当时还有后来成为孔令辉的好友刘国梁。20世纪90年代以后，这批娃娃兵承担了中国乒乓球在世界舞台上摘金夺银的重任。
运动经历
1989年，全国少年乒乓球赛、亚洲少年乒乓球赛，男子单打冠军。
1990年，在全国乒协杯比赛中，战胜中国著名选手陈龙灿。
1991年全国锦标赛男团冠军（与王飞、王永刚合作）。
1993年9月七运会男双第三名(与王永刚)。
1994年第2届世界青年锦标赛男单、男团冠军；中国公开赛男单、男双冠军；全国精英赛男单第三名；中国乒协杯男双冠军；韩国大奖赛男单冠军；1994年第12届亚锦赛男单、混双(与邓亚萍)、男团冠军；第12届亚运会混双(与邓亚萍)、男团冠军；意大利公开赛男双冠军(与张雷)；瑞典公开赛男团亚军。1995年获得中国明星赛男单、混双冠军(与邓亚萍)；第43届世乒赛男团、男单冠军，而这个冠军也是年仅19岁的孔令辉越过中国队一号主力王涛、“奇兵”丁松，夺得了第一个男单冠军；之后，他还获得了混双亚军(与邓亚萍)；爱普生世界明星赛男单冠军；中国大奖赛男单冠军；世界杯男单冠军；第3届城运会男单冠军，男双第三名(与张鹏)；亚洲杯团体赛男团冠军。1996年获中国乒协杯男双(与刘国梁)、男单冠军；第26届奥运会男单八分之一决赛中负于金泽洙而与刘国梁拿到了男双冠军；首届国际乒联职业巡回赛总决赛男单冠军；亚锦赛男单、男双冠军。1997年第44届世乒赛，与王涛、刘国梁、丁松和马文革合作，获团体比赛冠军；男双冠军(与刘国梁)、混双亚军(与邓亚萍)、男单并列第三名；美国公开赛男单冠军；中国大奖赛男双冠军(与刘国梁)；八运会男团亚军；美国、马来西亚公开赛男单冠军；国际乒联总决赛男单冠军。1998年爱立信中国乒乓球擂台赛冠军并成为男子总擂主；马来西亚公开赛男单、男双(与刘国梁)亚军；日本公开赛男单冠军；全国俱乐部甲级联赛男团第3名；澳大利亚公开赛男单、男双(与刘国梁)冠军；中国公开赛男双第3名(与刘国梁)；全国锦标赛男单冠军；第13届亚运会男团、男双(与刘国梁)冠军、男单并列第3名。
1999年爱立信中国乒乓球擂台赛决赛男子亚军；第45届世乒赛男双冠军；亚洲12强赛冠军；国际乒联总决赛男双冠军、男单亚军 ；2000年第45届世乒赛男团亚军；世界男子俱乐部团体冠军；日本公开赛男双冠军，男单第三；第27届奥运会男单冠军、男双亚军。2000年9月25日晚，悉尼奥运会男单决赛，孔令辉3比2力克乒坛“常青树”瓦尔德内尔，成为小球时代的终结者。他夺冠后狂吻胸前的国旗，紧闭双眼，仰天长啸、泪流满面，随后跳进教练怀中庆祝，孔令辉实现了“大满贯”。2000年后，孔令辉的状态有所下滑，连续两届世锦赛上与单项冠军无缘。
2001年第46届世乒赛男团冠军，男单、男双亚军。2002年第14届亚运会男团冠军，男单、男双第三；美国、德国、荷兰公开赛男双冠军，国际乒联总决赛男双冠军。2003年第47届世乒赛男双亚军(与王皓)，男单四强，韩国公开赛男单、男双四强，中国公开赛男双亚军，马来西亚公开赛男单四强、男双冠军。
2004年第47届世乒赛男团冠军，国际乒联巡回赛希腊公开赛男双亚军，韩国公开赛、中国公开赛(长春)男双冠军(与王皓)，总决赛男双亚军。
2005年卡塔尔公开赛男双冠军，48届世乒赛男双冠军(和王皓)，为自己的大赛生涯画上了圆满的句号。
2006年10月12日孔令辉正式宣布退役。2012年11月底，中国乒乓球队教练员竞聘仪式举行，施之皓正式卸任中国女队主教练。在竞聘仪式上只有孔令辉一人竞聘新周期女队主帅。尽管孔令辉主帅的正式任命迟迟没有下发，但直通赛期间，孔令辉已然在履行主教练的职责。
2017年5月30日，中国乒乓球协会决定暂停孔令辉中国女乒主教练工作。
