人物经历
万历五年（1577）十一月，应蒙古土默特部领袖俺答汗之请赴青海。
万历六年五月，在青海湖东的仰华寺与俺答汗会见。劝止蒙古族的人殉及杀生等陋俗，宣传格鲁派教义，使蒙古族放弃萨满教，改信佛教，故俺答汗赠他以“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”之号，被尊为西藏佛教界在显宗和密宗方面取得最高成就的上师，是为达赖喇嘛活佛转世系统获得名号之始。他追认，根敦嘉措为达赖二世，宗喀巴的弟子根敦主为达赖一世；自己即为达赖三世。
万历六年，随俺答汗赴内蒙古，路经宗喀（今青海湟中）时，在宗喀巴降生地修建塔尔寺；又应明甘肃巡抚侯东莱之约，至甘州（今甘肃张掖），向明朝进贡马匹等物，并致书张居正，表示效忠于朝廷，请求准许定期朝贡。至土默特后，修建蒙古族地区的第一座格鲁派寺院大乘法轮洲寺。
万历八年返藏途经理塘（今属四川）时，主持修建理塘寺后回拉萨。此后，声望日隆。万历十五年至土默特部参加俺答汗葬礼，被明神宗朱翊钧封为“朵只儿唱”（藏语执金刚之意），并应邀进京。次年，在前往北京途中，圆寂于内蒙古的卡欧吐密。
人物生平
索南嘉措出生于西藏拉萨附近的一个贵族家庭，据说这是西藏最早皈依佛教的家族之一，他们在当地有很强的政治势力。明嘉靖二十五年（1546）由哲蚌寺上层僧人迎至寺内，作为前任座主根敦嘉措的转世，这是格鲁派实行活佛转世制度的正式开端。
嘉靖二十八年受沙弥戒，嘉靖三十一年任哲蚌寺座主，嘉靖三十七年兼任色拉寺座主，嘉靖四十三年受比丘戒。
在索南嘉措出生的前一年，即1542年，西藏黄教领袖、著名寺院哲蚌寺和色拉寺的池巴(即法台)根敦嘉措逝世。由于黄教严禁僧人娶妻，故采用喇嘛教早已行用的“转世”制度解决寺院领袖的继承问题。“转世”的办法，依据的是佛教关于灵魂不灭、生死轮回的学说。具体做法是，凡寺院领袖(通称为活佛)死后，寺院上层通过占卜、降神等仪式，寻觅在活佛圆寂的同时或不久出生的若干儿童，从中选定一个“灵童”作为活佛的“转世”，迎入寺中继承其宗教地位。哲蚌寺的僧众经过一个时期的寻觅，确认索南嘉措就是根敦嘉措转世的灵童。并于1546年，即索南嘉措虚岁4岁时把他迎入寺中供养。
在哲蚌寺，索南嘉措受到严格的宗教教育和训练。7岁时(1549年)，他拜时任哲蚌寺池巴的索南札巴为师，受了沙弥戒。11岁时(1553年)，李南札巴卸职，索南嘉措被寺众公推为第十二任池巴。22岁时(1564年)又拜格勒巴桑为师，受了比丘戒。
索南嘉措在名师的指导下，经过刻苦的学习，佛学修养达到了很高的水平。受比丘戒后，他便把主要的精力放在到各地讲经弘法上。先是赴日喀则的札什伦布寺讲经，以后又云游山南、达布等地区，说法收徒。又返回拉萨，接受色拉寺僧众的请求，担任了该寺第十三任池巴。
