京都大学（Kyoto University），简称“京大”。1892年，23位国会议员在向国会提出的一个议案中提出，日本仅有一所东京国立大学，缺乏竞争，对办学和学生的培养都不利，建议在当时的西京-京都建一所大学，1897年议案被通过，大学得以诞生，当时定名为京都帝国大学。初建时整个大学只有一个理工科分科大学，共有6个专业21个讲座，学生不到500人，木下广次为首任校长。数年之后，又增设了法科、医科、文科等3所分科大学，这时全校已有5个分科大学。4年后新的大学令颁布，分科大学改名为学部。法学部原有的法律学和经济学分家，同时上升为学部。经过数年的努力，农学部和一些研究机构相继成立，学校规模有了很大的发展，学生人数成倍增加，京都第三高中并入后，以此为基础成立了人文学部，后发展成为今天的教养学部。战后，按照新的教育法，全部实行新制，削去帝国大学中的“帝国”二字，清除军国主义对京都大学的破坏和影响，包括实行男女共学，清理教师队伍，废除一些不合时宜的讲座，增设教育学部、药学部和一些研究所，研究生的教育得到了长足发展，对外开放门户。这样，京都大学就成了在日本仅次于东京大学的学科齐全、规模宏大的国立综合大学。
京都大学在2022泰晤士高等教育世界大学排名中位列第61名、2022QS世界大学排名第33名；在2018与2019年泰晤士高等教育日本大学排名中，位列日本第1位；位列2019世界大学学术排名全球第32位，日本第2位，在其自然科学和生命科学领域均位列全球第21位。
京都大学现共有10个学部，各学部所属系科及附属设施有：
文学部，含文学、史学、哲学及人际学4系，共51个讲座，并设有文学博物馆、中亚研究所等。
教育学部，含教育学、社会学、心理学3系共14个讲座。
法学部，仅有法律学一个系含公法、民刑法、基础法学及政治学4科共39个讲座，附属图书馆中设国际政治法律文献中心。
经济学部，含经济学、经营学2系共11个讲座。
理学部，为京都大学最大的学部之一，几乎包括自然科学各个领域，即有数、理、化、生、宇宙、地球科学等9个系共70个讲座，各系既相互独立又相互交叉，设施有两个天文台，8个火山、地震、气候、天体学等方面的观测所，4个海洋实验所，一个植物园等。
医学部，含有基础和临床两大分部的若干系科共有39个讲座，附属机构有校医院，脑神经研究、免疫学研究设施，人体先天异常标本中心，综合解剖中心，动物实验设施等。
工学部，是京都大学最庞大的学部，含24个系168个讲座，研究领域涉及冶金、电气、自动化、航空、机械、原子能、土木建筑、化工、交通、信息工程等，附属机构有离子工程，自动化研究所、环境微量污染防治、重质炭资源转换等工程研究设施。
药学部，含药学、制药化学两系共13个讲座，附设药用植物园。
农学部，含10个系53个讲座，并有附属农场、林场、牧场、及供农学研究、亚热带作物、水产、细胞培养、农业会计等方面进行研究的设施等。
基础理论研究
在基础理论研究方面，京都大学更是走在日本各大学的前头，影响最大的是以汤川秀树为首任所长发展至今的基础物理研究所，现已成为世界基础物理理论研究的中心之一，研究领域包罗了天体物理、基本粒子、原子核、宇宙、统计物理、物性等诸多方面。汤川因基本粒子的中子物理研究于1949年获得了日本第一个诺贝尔奖。现今，每年一次的汤川国际讨论会吸引了世界各国的科学家来京大交流、讨论理论研究的进展。“汤川财团”奖学金向国外招募长期或短期研究人员来京大进行合作研究。在化学反应理论研究方面，福井谦一的量子化学边界轨道理论已应用于化学工程，1981年获得了诺贝尔奖。数理分析研究沟通了自然科学和社会科学两大领域。借助数学模型的方法已愈来愈普及到对许多理论问题的研究，并实现计算机处理的程序化。病毒的研究、癌的发生和遗传理论也有所进展。通过对猿猴等灵长类动物的形态、生理、心理、神经活动、社会行为、生物学基础等方面的研究，为探讨人类这些方面的客观状况和规律取得了许多进展。
核科学研究
在核科学研究方面，无论是理论研究还是工程运用研究，美国学者也不得不承认，京都大学已走在国际的前沿。从组织上，京都大学有工学部的原子核工程系，有理学部的关于原子核和基本粒子的众多学科，有原子能研究所、核反应堆研究所、螺旋质普仪核聚变研究中心，基础物理研究所等众多机构都参与的研究中心，有着一流的研究人员和一流的研究设施。核反应堆研究所的热功率达5000千瓦的核反应堆及其他各种实验装置，可供每年5000名研究人员来所进行工作。在螺旋质普仪核聚变研究中心，日本政府耗资80亿日元建立了世界最大的核聚变反应炉，温度可达千万度。连同重质炭同位素资源的转换工程研究，为日本开发新能源和节能研究迈出了重要的一步。
医学教育与研究
在医学教育与研究方面，除学科齐全的医学部和药学部外，还有设备先进、功能多样的附属医院。后者占地150,187平方米，有病床1,081张，仅1989年一年中，接诊的校内外病员分别为33万和44万人次。此外，具有特色的胸腔疾病研究所和附属医院，也有160张病术，每年接待近10万名病员。连同人体先天特异标本解剖中心、综合解剖中心、药用植物园、实验动物研究等设施，使京大在脑神经、免疫、胸腔疾病、癌、新药合成等医药研究领域成果卓著。据不完全统计，至今医学部有数十名人员获得日本科学院奖或其他方面的表彰与奖励。药学部矢岛治明教授，1981年率先完成了含有128个氨基酸的核糖核酸酶合成全过程并得到结晶，因而获日本科学院奖。佐佐木隆获得日本第二届文化勋章。利根川进因其卓越的研究成果而摘取诺贝尔生理学医学奖的桂冠。另外，化学所在抗癌药物的筛选，病毒所在癌的发生与遗传方面的研究均处于一流水平。
人文科学研究
在人文科学的研究方面，京都大学同样十分重视具有自己的特色，在京大历史上也出现了不少世界著名的优秀学者，有的还得到日本文化勋章，如日本哲学宗师西田几多郎，法学的佐佐木恣。中国史的的贝冢茂树，中国文学的吉川幸次郎等。文学部附属文学博物馆收藏有5万年以前至今的许多珍贵出土文物，其中不少是国宝。还有来自日本、高丽、中国、印度、中亚、埃及、欧洲和美洲等国的达20万件古代展品。1987年对外开放，展品在日本和其他国家多次展出。文学部另一机构中亚研究所（羽田会馆）藏有许多早年从中国沈阳带过去的重要文物的摄影和一万多种重要文献资料，在国内外享有极高的声誉，因而京都大学文学部成为外国留学生最为憧憬的留学之地。校属人文科学研究所设有日本、东方、西洋三部，其中尤以东方研究部的中国研究最为著名，以中国的社会、政治、历史、革命史、古典文学为重点，在唐诗、元曲、尚书正义、天工开物、汉书律历志的研究上远胜于日本其他大学，为世界大学中的佼佼者。所内藏有研究汉学的珍贵中国文献41万册，其中有些是连中国国内也难找到的。比如商甲骨文、汉籍拓本，以及日本从我国各地带回来的像片、地图、录像带、缩微影片等。考古研究中心发掘、调查、研究进而保护古城京都的历史古迹起了重要作用。
农学研究
在农学研究方面，农学部的农业会计研究设施在农业会计学和农家经济分析学方面为日本唯一的研究与教育普及部门；植物生殖设施在植物的起源、分化、传播、远缘杂交、遗传资源的收集保存等方面显示出该资源的优势，被国际遗传资源理事会认定为“基本银行”而成了国际活动中心。
全校共有10多个研究所，包括京都大学IPS细胞研究所、京都大学生存圈研究所、化学研究所、人文科学研究所、原子能研究所、木材研究所、粮食科学研究所、灾害防治研究所、基础物理研究、病毒研究所、经济研究所、数理分析研究所、核反应堆实验所、灵长类动物研究所为全国共同利用研究所。此外，还有东南亚研究所、大型计算机中心，放射生物研究中心、超高层电波研究中心、螺旋质普仪核聚变研究中心、放射性同位素综合研究中心、环境保护中心、情报处理教育中心、医用高分子研究中心、非洲地域研究中心，保健管理中心、体育指导中心、考古研究中心等13个全校性的研究机构，其中大型计算机中心、放射生物研究中心、超高层电波研究中心为全国共同利用的研究设施。
近卫文麿：第34、38、39任日本首相
池田勇人：第58～60任日本首相
清瀬一郎：前众议院议长
益谷秀次：前众议院议长
樋贝诠三：前众议院议长，国务大臣
林譲治：前众议院议长，副总理
竹田仪一：前国务大臣
三渊忠彦：首任日本最高法院院长（第1代）
大隅健一郎：前最高法院法官
和岛岩吉：前日本律师联合会会长
矢口洪一：前最高法院院长（第11代）
中坊公平：前日本律师联合会会长
冈村泰孝：前最高检察院院长
园部逸夫：前最高法院法官
高桥龙太郎：前财政大臣，日本商工会议所所长，前大日本麦酒会长
岩永裕吉：前同盟通讯社社长
井口竹次郎：前大阪天然气会长
村山长挙：前朝日新闻社社长
太田垣士郎：前关西电力会长
阿部孝次郎：前东洋纺社长
冈洁：数学家
汤川秀树：物理学家、1949年诺贝尔物理奖得主
朝永振一郎：物理学家、1965年诺贝尔物理奖得主
福井谦一：化学家、1981年诺贝尔化学奖得主
利根川进：生物学家、1987年诺贝尔生理医学奖得主
野依良治：化学家、2001年诺贝尔化学奖得主
京都大学的起源是1861年（文久元年）在长崎设立的长崎养生所（之后改称为长崎精得馆）。1886年，日本明治政府颁布帝国大学令，将东京大学改称帝国大学，此后在关西开设帝国大学的呼声与日俱增。明治政府响应这个呼声，将中日《马关条约》中日本所获赔款中的一部分用于大学建设费，于1897年设置京都帝国大学（今京都大学）。京都大学是继东京大学之后成立的日本第二所国立大学。以下是其年表：
1869年，在大阪建舍密局
1870年，理学所（舍密局的后身）与1869年开设的洋学校合并，改称“开成所”
1897年，6月18日，京都帝国大学成立
1897年，设置理工科大学
1898年，设置法工科大学
1899年，设置医科大学
1906年，设置文科科大学
1919年，设置经济学部
1923年，设置农学部和学生健康相谈所
1926年，附设化学研究所
1946年，创立五十周年，允许女子入学
1947年，大学名称中删除“帝国”二字，改称京都大学
1992年，设置综合人间学部，改编为现行的大学组织的形式
1997年，京都大学迎来建校一百周年
2004年，实施国立大学法人法，规定京都大学改组为国立大学法人。
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