1990年昭通市人民政府批准建立大山包黑颈鹤自然保护区。
1994 年经云南省人民政府批准升格为省级自然保护区，并在大山包乡政府内挂牌，设置了保护区管理所和公安派出所。
2003 年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
2005 年云南大山包湿地被列入《国际重要湿地名录》 。
云南大山包黑颈鹤国家级自然保护区位于云南省东北部，昭通市昭阳区西部的大山包乡，地理坐标为东经103°14′55″～103°23′49″，北纬27°18′38″～27°29′15″之间。
大山包湿地属暖温带高原季风气候，冬寒夏凉。年平均气温为6.2℃，1月平均气温－1℃，7月平均气温12.7℃，10℃的有效积温798℃。日照长，年日照时数2200 ～ 2300小时。
大山包湿地地处滇东北五莲峰山脉主峰，属构造侵蚀高中山。整个山体由上古生界二叠系灰岩、玄武岩和中生界砂岩组成。第三纪初为准平原的一部分，后地壳抬升，金沙江及支流横江、牛栏江强烈切割形成高中山地貌，但山顶部是保存较平缓的残余高原面。
云南大山包湿地境内主要河流跳墩河向西流入牛栏江；大海子河北流为大关河源流之一；大崖洞沟汇入叉沟后向西流入鲁甸县的龙树大河。在云南大山包湿地内，湿地分布点较多，但集中成片、面积较大分布的湿地主要在跳墩河、大海子、勒力寨、秦家海子、燕麦地水库等地。其中以跳墩河和大海子面积大，而且有相当面积的水体，湿地面积与范围随水位季节性变动而变化。冬季水位下降，浅水区面积增加，是黑颈鹤良好的夜宿场所。在山坡上随处分布着泉眼发育的小面积湿地，小则10多平方米，大则几十平方米，是鹤类白天活动的重要场所。其中跳墩河水库集水面积17.7平方公里，蓄水面积3.375平方公里，库容量1236 万立方米，12月份下泄流量0.2立方米/秒，7月份流量15.1立方米/秒，水深约6.5米，水库边缘浅水区面积较大，周围有较大沼泽地，是黑颈鹤主要越冬栖息夜宿地之一；大海子水库集水面积约3.5平方公里，平均水深约2.5米，蓄水面积0.8平方公里。由于水库水位低，水库浅水区和周围湿地面积大，成为黑颈鹤越冬栖息集中的地区；勒力寨、燕麦里水库面积和蓄水面积均不大，但水库周围草甸也是黑颈鹤栖息觅食地之一。大山包湿地内水质优良，水温6.0℃，pH8.2，无工农业生产及生活污水污染，可供人、畜饮用，达国家 I 类水标准。大山包湿地水深由于受地下水的调节，全年水深均在0.8～3米之间，一年四季从不干枯，水位较恒定。
大山包湿地范围内以亚高山草甸土和棕壤为主，黄棕壤主要分布在森林植物较繁密和海拔较低的地区。大山包湿地的主要土壤类型为泥炭土和沼泽土。有机质含量丰富， 平均达20%， 全氮含量约2%，土壤pH值为 8.2， 但速效养分含量较低。
大山包湿地有动物28科68种，其中哺乳动物4科10种；鸟类18科52种；鱼类3科5 种；爬行类2科3种；两栖类3科3种。在大山包湿地越冬的黑颈鹤已由1990年初建保护区时的 300只增加到2005年的1131只，还新纪录到国家一级保护动物白尾海雕1只。其中成年鹤862只，亚成年鹤及幼鹤269只，每年在大山包越冬时间为176～202天。
大山包湿地属泛北极的植物区，中国—喜马拉雅植物亚区云南高原地区滇中高原亚地区。大山包湿地有维管束植物56科140属186种。其中蕨类植物 9 科10属11种；种子植物47科130属175种。较大的有禾本科19属20种、蔷薇科12属18种、菊科7属10种、莎草科6属10种等。
云南大山包黑颈鹤国家级自然保护区主要保护对象是黑颈鹤越冬栖息地亚高山沼泽化高原草甸湿性生态系统。此外还有国家二级保护动物灰鹤、苍鹰、鸢、雀鹰、普通鵟 、白尾鹞、斑头鸺鹠7种。云南省保护动物有：豹猫、斑头雁、小鸊鷉、凤头鸊鷉、赤麻鸭、翘鼻麻鸭、绿翅鸭、鹊鸭、针尾鸭、绿头鸭、斑嘴鸭等。
黑颈鹤是国家一级保护动物，主要在青藏高原繁殖，云贵高原过冬，是世界上15种鹤类中在高原上繁殖和越冬的鹤类，数量十分少。据云南省林业厅负责湿地保护的专家介绍，2002年云南省林业厅和国际鹤类基金会（ICF）合作开展的黑颈鹤同步调查显示，2002年大山包保护区越冬黑颈鹤为930只，2003年同一调查时间的调查数据为1043只，大山包已经成为中国黑颈鹤单位面积数量分布多的保护区。由于每年沿固定的线路迁徙，为了保护黑颈鹤赖以生存的特定环境类型，以野生动物保护类型为主的大山包，同时还承担着对黑颈鹤栖息地亚高山草甸和沼泽化草甸生态环境的保护，大山包自然保护区内丰富的地下水资源，还是金沙江（长江）多条支流的发源地。此前贵州威宁草海作为黑颈鹤的另一栖息地已经建立了国家级自然保护区。《中国湿地保护行动计划》已将大山包列入了重要湿地名录中，国家林业局也将大山包列为了中国2004年申报国际重要湿地的重要保护区之一。黑颈鹤在云南的越冬栖息的环境主要是湿地和湿地草甸，而湿地草甸在中国面积不多，自然保护区在有效保护黑颈鹤的同时，使云南省的亚高山湿地草甸免遭破坏，而过去遭到破坏的湿地草甸通过人工恢复可逐步恢复和扩大湿地草甸，并对湿地恢复起积极作用。因此，黑颈鹤及其栖息湿地的有效保护，对亚高山湿地及生物多样性的保护具有重要意义。
云南省昭通市现有十六个自然保护区，包括大山包黑颈鹤国家级自然保护区。大山包是诸多河流的发源地，属长江上游金沙江水系，区内拥有高山沼泽草甸，亦有多个水库。高山沼泽是黑颈鹤主要的栖息地域，而沼泽化草甸湿地亦具有典型性和代表性，并已被列入中国重要保护湿地名录。大山包保护区内湿地分布点较多，集中成片且面积较大的湿地主要分布在跳墩河、大海子、勒力寨、秦家海子、燕麦地水库及畜牧站等地，其中以跳墩河和大海子面积大。大山包保护区的植被随土壤水份多寡而变化，而区内现存的各种湿地环境中，缺乏沉水植被和挺水植被。保护区内的动物资源是黑颈鹤，于每年10月至翌年4月间在大山包停留，于二零零二年录得1051只。现时大山包保护区内并无工矿企业，居民数量较少，湿地系统未有受到污染威胁，而保护区内的水库浅水区及沼泽地内有大量小鱼小虾及农作物的遗留物为黑颈鹤提供了食物。保护区地区群众有保护黑颈的历史优良传统，加上保护区管理人员的宣传教育，在社区上形成了人鸟之间和谐协调的环境，也成为自然保护的坚实基础。为了更好地保护好大山包黑颈鹤国家级自然保护区，云南省昭通大山包黑颈鹤国家级自然保护区条例于2009年1月1日起施行。
大山包保护区自成立以来，云南昭通市政府十分重视保护区的管理工作，特别是近几年，在提高公众保护意识、制定保护区保护法规、退耕还湿等方面给予了保护区大力的支持。当地民众尽管生活仍很贫困，但却已养成了观鸟、爱鸟、护鸟的良好习惯，使这片古老土地上鹤翔于天、声闻于野的奇特景观得以维持下来。
