1990年建立了会泽县黑颈鹤自然保护区；
1994年晋升为省级黑颈鹤自然保护区；
2006年2月26日经国务院批准建立的国家级自然保护区，被《中国湿地保护行动计划》列入《中国重要湿地名录》。
会泽黑颈鹤国家级自然保护区由大桥片区和长海子片区二个片区组成。大桥片区位于会泽县大桥乡的大桥海子流域，距县城42公里，地理坐标为东经103°12'06"～103°22'02"，北纬26°38'00"～26°44'24；长海子片区位于会泽县者海镇的长海子流域内距县城52公里。地理坐标为东经103°33'36"～103°39'00"，北纬26°34'08"～26°39'36"。
保护区域位于扬子准地台滇东台褶带会泽县褶束，区域构造呈北东向展布，遍布整个区域，是区内的主干构造。本区新构造运动主要表现为不均匀上升运动为主，未见明显的活动性断裂构造。根据《中国地震烈度区划图》，地震烈度区划为Ⅷ度。
大桥片区地处中山区，地形较为复杂，形成高山深谷、河谷狭窄、山势陡峻。
大桥片区干湿季明显，四季不分明，夏秋温凉，冬春寒冷。多年平均气温9.6℃，年均降水量918.20mm，无霜期240天，年平均风速2.5m/s；长海子片区年平均气温11℃，年平均降水量841.9mm，年平均风速2.6m/s。
大桥海子处于金沙江下段右岸的三级支流杨梅山小河（黄草河）上，流域面积135.5 km。长海子位于乐业河流域，本区流域面积3.13 km，乐业河汇入牛栏江。
会泽黑颈鹤国家级自然保护区两个海子的水质优良，经会泽县环境监测站分析，达国家地表水环境质量标准（GB3838-2002）I类水质标准要求。
会泽黑颈鹤保护区内地下水类型主要为喷出岩类（玄武岩）裂隙水、碎屑岩类裂隙水和松散岩孔隙水。
大桥水库和长海子水库为分别为保护区两个片区地下水的主要排泄区。
会泽黑颈鹤保护区的土壤类型主要为红壤。其中大桥片区土类多为暗红壤，有很少的棕壤，土壤呈微酸反应，土层厚，质地偏砂，肥力偏低。长海子片区主要分布有红壤和极少量的非地带性的沼泽土、草甸土及水稻土、红壤土层厚，有机质含量偏低，肥力偏低。
保护区总面积12910.64公顷，其中大桥片区面积9076.28公顷，长海子片区面积3834.36公顷。核心区面积3930.79公顷，占保护区面积的30.45%；缓冲区面积4313.20公顷，占33.40%；试验区面4666.65公顷，占36.15%。
会泽黑颈鹤国家级自然保护区主要保护对象为黑颈鹤及其越冬栖息地的湿地的生态环境，此外还有国家一类保护动物黑鹳、中华秋沙鸭及其他鸟类102种。
①保护区共记录有118科317属482种野生维管束植物，其中，蕨类植物48 种、30属、17科；种子植物436种、287属、103科（含裸子植物12种、9属、4科；被子植物422种、278属、97科）。
②保护区植被类型可划分为常绿阔叶林、落叶阔叶林、暖性针叶林、温性针叶林、稀树灌木草丛、灌丛、草甸、水生植被和旱地。
会泽黑颈鹤保护区已调查记录的陆栖脊椎动物共4纲23目58科186种。其中：哺乳纲6目15科28种；鸟纲14目36科131种；爬行纲2目3科13种；两栖纲1目4科6种。
哺乳动物中，豹猫和黑白飞鼠两种被《中国濒危动物红皮书》（汪松主编1998）列为易危动物和濒危动物。鸟类中有黑颈鹤、黑鹳、中华秋沙鸭、金雕4种为国家Ⅰ级重点保护动物，有白琵鹭、鸳鸯、黑翅鸢、雀鹰、松雀鹰、普通鵟、鹊鹞、红隼、白腹锦鸡、灰鹤、蓑羽鹤等7种为国家Ⅱ级重点保护动物，有斑头雁、赤麻鸭、黑枕黄鹂3种为云南省级重点保护鸟类。在这些保护鸟类中有黑颈鹤1种被濒危动植物国际贸易公约（CITES）列为附录I，黑鹳、白琵鹭、蓑羽鹤和金雕3种被列入CITES的附录II。两栖类中有1种双团棘胸蛙，被“中国濒危动物红皮书”列为易危动物。保护区的其它水禽约有5000余只，包括属于游禽的鸊鷉目的小鸊鷉、凤头鸊鷉、红嘴鸥等17种和属于涉禽的鹳形目中的苍鹭、池鹭、小白鹭，鹤形目中的兰胸秧鸡、红胸田鸡、鴴形目中的凤头麦鸡、金斑鴴等21种。其中数量较大的有绿翅鸭、斑嘴鸭等，分别都有近千只。
自晋升国家级保护区以来，保护区开展了以下资源管护工作：
以专业人员和当地社区群众相结合的方式，聘请当地巡护人员，以季节性巡护为主，对保护区内的保护物种（以黑颈鹤和灰鹤为主，同时包括其他到此越冬的大型水禽）进行巡护看管。
沼泽地是黑颈鹤主要的生存环境，为给黑颈鹤提供更好的生存空间和环境，2008年8月10日至2008年8月18日长海子片区位于水库库尾南方1000m处筑一拦水坝，长100m，该拦水坝周围增加有效沼泽湿地面积2000m，为黑颈鹤栖息和觅食提供良好场所。
黑颈鹤生存需要开阔的草地（甸）环境，为改善黑颈鹤的栖息环境，扩大其觅食地，按照规划要求，于2008年8月1日起至2008年8月15日止，对长海子片区水域四周开展草地恢复工程。草种以黑麦草、三叶草、高山羊茅草等草种为主，兼顾了耐寒耐旱等特点，以穴播和条播方式进行混播播种，成功恢复草地面积达1000亩。
