2001年9月，经新疆维吾尔自治区人民政府批准，成立新疆阿勒泰科克苏湿地自治区级自然保护区。
2017年7月4日，经国务院办公厅批准，晋升为新疆阿勒泰科克苏湿地国家级自然保护区。
阿勒泰科克苏湿地国家级自然保护区位于阿勒泰市境内，东西长23.8公里，南北宽20.2公里，是新疆北部戈壁荒漠中大的沼泽湿地。保护区涉及阿勒泰市阿拉哈克乡、喀拉希力克乡、萨尔胡松乡、切木尔切克乡、拉斯特乡和北屯国营林场。地理坐标介于东经87°16′39″~87°35′28″，北纬47°30′41″~47°41′26″之间，总面积30667公顷，其中：核心区10347公顷、缓冲区12561公顷、实验区7759公顷。
截至2012年，阿勒泰科克苏湿地国家级自然保护区内共有动物254种，其中有鱼类1纲5目8科22种，两栖纲1目1科1种，爬行纲1目3科12种，鸟纲14目36科183种，哺乳纲6目13科36种、亚种。
截至2012年，阿勒泰科克苏湿地国家级自然保护区内共计有植物6科259属551种（包括6亚种6变种）其中蕨类植物3科3属8种、裸子植物1科1属5种、被子植物61科255种（包括6亚种6变种）被子植物中有双子叶植物47种196属424种（包括2亚种4变种），单子叶植物14科59属114种（包括2变种4亚种）。
