1980 年4 月，新疆维吾尔自治区人民政府批准在塔城地区裕民县内建立“新疆野巴旦杏自然保护区”，同年，塔城地区成立了野巴旦杏自然保护管理所，为保护野巴旦杏奠定了基础。
2005 年1 月18 日，经新疆维吾尔自治区人民政府批准，原保护区扩大面积并更名为“新疆巴尔鲁克山自然保护区”。
2013年初，经自治区人民政府同意巴尔鲁克山自然保护区晋升为国家级自然保护区，总体规划和科学考察报告均已通过国家林业局评审，进入国家审核的层面。
2014年12月23日，巴尔鲁克山自然保护区晋升国家级自然保护区。
巴尔鲁克山国家级自然保护区位于塔城地区裕民县、托里县。
保护区的最高峰是海拔3252米的孔塔坎普峰。巴尔鲁克山为由褶皱断裂所形成的天山山脉，山地垂直带明显。
巴尔鲁克山自然保护区有发源于巴尔鲁克山的塔斯特河和察汗托海河，均由东向西注入哈萨克斯坦境内的阿拉库里湖。
裕民县属典型温带大陆性气候，昼夜温差大，日照时间长，年平均气温6.7℃，年平均降水量280毫米，积雪深度34.4厘米，平均日照时间3122.6小时，无霜期156天。由于境内高山、丘陵、戈壁、平原、湿地等复杂的地形，形成了独特的区域性气候：即山区气候、平原气候、湿地气候。
巴尔鲁克山国家级自然保护区属于天山北坡的灰褐色森林土。
新疆巴旦杏林自然保护区处东经82°30′，北纬45°55′，总面积800ha，2005 年1 月18 日，扩大后的新疆巴尔鲁克山自然保护区位于东经82°26′～83°13′、北纬45°42′～46°03′，总面积为115037.3 公顷。
保护区总面积的89.5%位于裕民县境内，其余的10.5%位于托里县境内。
新疆巴尔鲁克山自然保护区是野生动植物的天堂，主要保护对象是巴尔鲁克山森林生态系统以及野巴旦杏、野苹果等濒危珍贵物种。保护区内有国家I 级重点保护动物有6 种（雪豹、北山羊、金雕、大鸨、白鹳、黑鹳），国家Ⅱ级重点保护动物有44 种（棕熊、鹅喉羚、马鹿、雪兔、黑琴等），新疆I 级重点保护动物有9种（虎鼬、艾鼬、香鼬、伶鼬、白鼬、赤狐、沙狐等）。
巴尔鲁克山森林生态系统有雪岭云杉、天山樱桃、野巴旦杏、野苹果、野蔷薇、贝母、块根芍药、阿魏等1244 多种野生植物，濒危珍稀植物有65 种。
巴尔鲁克山自然保护区内有隶属于92 个科585 种昆虫，174 种大型野生动物，鸟类149 种，其中39种为国家级保护鸟种，爬行类有7种。
巴尔鲁克山自然保护区是塔城地区植物物种基因库、西北生态屏障和野生动物栖息的乐园。在保护珍稀濒危植物，维护区域生物多样性，促进当地社会经济可持续发展，优化当地及周边区域生态系统上起到不可估量的作用。地处中国与哈萨克斯坦边界的新疆巴尔鲁克山森林生态系统多样，物种资源丰富，大部区域保留了较为完整的原始风貌。巴尔鲁克山在新疆塔城地区境内，处于阿尔泰山泰加林生物群落向天山荒漠生物地理群落过渡带，保护区内有丰富的野苹果种质资源、雪岭云杉林、野巴旦杏林等森林生态系统，区内现存有世界最大面积的野巴旦杏林2.4万亩，具有重要科研价值。升格为国家级自然保护区，将使巴尔鲁克山这块绿色资源宝库获得更全面、更加严格的保护。
管理机构情况为：塔地机编办字【2008】65号文，正科、事业（参照公务员）全额预算管理，人员编制19人，管理岗16人，工勤岗3人。
巴尔鲁克山自然保护区风景区，距裕民县城有70公里路程，交通便利。景区显著特征是旅游资源类型比较丰富，突出体现了景点的自然生态、历史文化和边境的和谐统一与集中，景源主要由野巴旦杏、巴尔鲁克山景观和塔斯特河谷景观，巴尔鲁克山自然保护区塔斯特风景区具有独特的自然生态景观、人文景观、纯朴浓郁的民俗风情、小白杨哨所等类型的旅游资源特色。
