四川花萼山国家级自然保护区位于四川省东北部的万源市境内，地处大巴山南麓的川陕渝三省（市）交界处，地理位置为东经108°00′～108°27′，北纬31°55′～31°12′。保护区总面积46534.37 hm²，涉及11个乡镇，其中核心区面积为12382.67hm²,缓冲区面积为13065.21hm²，实验区面积为21086.49hm²。花萼山1998年10月通过省级自然保护区评审；2007年4月经国务院审定为国家级自然保护区，成立了保护区管理处，为万源市人民政府正科级派出机构。
花萼山自然保护区地质历史古老，受地质构造影响，保护区内为中、低山地貌，其东北部边缘是大巴山主脉。境内最高处花萼山主峰海拔2380m，最低处位于后河上游支流白沙河中段的蒋家河坝，海拔780m，相对高差达1600m。大部分山脊和峰岭海拔均在1700-2200m，局部区域喀斯特地貌发育，溶沟、溶洞、峰丛、洼地景观屡有所见。保护区属北亚热带湿润季风气候，山地立体气候特征明显。溪河遍布，水系发达，保护区所在的万源市正是以“万水之源”而得其名。保护区所涉及的河流主要属于江汉流域的任河和属于嘉陵江水系的后河及其支流白沙河。独特的地理位置和优越的环境条件，使得花萼山保护区的生物物种、自然景观都呈现出极其丰富的多样性。
花萼山自然保护区现有维管束植物179科、876属、2261种，其中，国家一级保护植物有红豆杉、南方红豆杉、珙桐、光叶珙桐；国家二级保护植物有金钱松、秦岭冷杉、巴山榧、台湾水青冈、鹅掌楸、厚朴、连香树、领春木、金钱槭、杜仲、香果树、银鹊树、山白树、桢楠、八角莲、红豆树、青檀、建兰、春兰、惠兰、天麻等。此外，分布于该区域的特有种和模式种较多，如巴山冷杉、巴山榧、台湾水青冈、巴山木竹、城口樟、城口猕猴桃等。在野生资源植物中，湖北贝母（俗称萼山尖贝）、腊梅、多种兰花、野大豆、城口猕猴桃等都是具有很高利用价值且急需受到保护的种类。保护区现已查明野生脊椎动物374种和亚种，其中兽类64种、鸟类196种，两栖类23种、爬行类27种、鱼类64种。其中国家I级重点保护野生动物有豹、云豹、林麝、金雕种；国家II级重点保护野生动物有黄喉貂、水鹿、鬣羚、斑羚、金猫、大灵猫、豺、黑熊、猕猴、水獭、苍鹰、鸢、赤腹鹰、普通鵟、红隼、勺鸡、白冠长尾雉、红腹角雉、红腹锦鸡、领角鸮、雕鸮、黄脚鱼鸮、大鲵等27种。
花萼山自保护区地处秦岭——大巴山腹心地带，生物物种丰富多样、生态系统原始，其自然综合体具有重大的科学意义和保护价值。世界自然基金会“Ecoregion．200”、《中国生物多样性保护行动计划》、《中国生物多样性国情研究报告》等重要文献都已将该地区列入我国生物多样性保护的关键地区和优先、重点保护区域。四川花萼山自保护区主要保护对象为具有代表性的北亚热带森林生态系统、具有不可替代性的北亚热带地区的生物物种多样性和优美独特的自然景观。
花萼山自然保护区是长江中上游两大支流（汉江、嘉陵江）的发源地和分水岭，其自然生态系统的稳定性对嘉陵江和江汉流域乃至长江流域中下游地区的生态安全都产生着关键性影响。四川花萼山自然保护区物种多样性丰富，具有我国南方与北方、华东区与西南区动植物区系交汇的显著特征，特别是许多受国家重点保护的古老、孑遗、特有、珍稀、濒危动植物种类残存在保护区内，堪称“物种避难所”。
花萼山自然保护区还具有丰富的文化多样性。这里是三国时期—代名士徐庶的隐居之处，又是清代名将张献忠受困之地，更是第二次国内革命战争时期中国工农红军川陕根据地的腹地，革命史迹和古代文物遗迹众多。
综上所述，从保护具有代表性的北亚热带森林生态系统、具有不可替代性的北亚热带地区的生物物种多样性和优美独特的自然景观的角度，四川花萼山自然保护区从省级升为国家级具有极其重要的意义。保护区所在的万源市是典型的”老、少、边、穷”地区，国家级自然保护区的建立将达到以科学带动致富，充分发挥以保护促进发展的作用。
