1998年被列为四川省级自然保护区，2003年被列为国家级自然生态保护区。
画稿溪国家级自然保护区位于四川省历史文化名城叙永县城北约44公里的水尾镇境内，东、北面与贵州省赤水市、四川省古蔺县接壤。地跨东经105°03′—105°40′，北纬27°42′—28°31′。
画稿溪国家级自然保护区的地质基础为陆相沉积，出露地层从古生界到中生界的寒武纪、奥陶纪、志留纪、二叠系、侏罗纪均有出露，以白垩系上统之夹关组为主。该组岩层主要为砖红色砂岩夹沙质泥岩，砂岩常具流水形交错层理，并普遍发育出厚3-5米的大型楔形层理，而且在泥岩和粉岩的层面上，干裂、雨痕及不对称波痕等较为发育。总之该组地层属较为典型的河湖相红色碎屑物沉积。
画稿溪国家级自然保护区位于杨子准地台大地构造分区的康滇地轴之东，东南地轴之西的滇黔褶断区。保护区以南则为云贵高原，保护区以东和以西均属于盆周山区（向云南高原）过渡带，保护区以北近距离仍属于盆周山区过渡带，以北的大环境则属于四川盆地区域，具有过渡性特征。地质构造属于扬子准地台娄山弧形箱状褶皱带中的川黔东西向构造体系。从地质力学观点分析，则属川南山字型的马蹄形盾地西缘，凤凰山向斜横贯其间，并由夹关组构成槽部。区内山脉属娄山余脉之广木山脉，起源于古蔺县笋子山并东西向横贯保护区。
从地貌上看，保护区为一隆起的巨型方山，被三条河流切割，形成典型的峡谷、方山、丹霞地貌。即由巨厚红色砂砾岩上发育成的方山、赤壁、奇峰、岩洞和巨石等特殊地貌，地形地貌极具特点，在其南、西、北三面均突然从中、浅丘陵剧烈抬升为山地，只有东面与古蔺县以山体相连，因而构成了能够与区外截然划分开来的天然地形地貌屏障。区内沟谷纵横，切割很深，从谷底至山顶的相对高差一般在300-500米，地形地势极其复杂，由于地处四川盆地向云贵高原过渡地带，区内地势由东北向西南逐渐升高，最大垂直高差达1430多米，地势险要，丹岩绝壁成为划分保护区的分界线，这也是使保护区内生物多样性得以保存完整的主要原因。
画稿溪国家级自然保护区气候属亚热带湿润季风气候区，气候特点是四季分明、热量充足、降水丰沛、雨热同季、日照偏少、无霜期长。保护区所在区域气候类型分为干热河谷（800米以下）、暖湿平丘（270~500米）、暖湿低山（500~1000米）和冷湿中山（1000~2000米）四个类型。
画稿溪国家级自然保护区所在的水尾镇区域年平均气温17.3℃，最热月（7月）均温27℃，最冷月（1月）均温6.9℃，极端最高温41.2℃，极端最低温-0.5℃，≥10℃的积温5802℃，≥15℃的积温4900℃；年平均降雨量1285.6mm，年平均相对湿度80%；年平均日照1170hr以下，日照不足27%；年均蒸发量为1300mm以上，大于年降雨量；无霜期长达350天左右。
画稿溪国家级自然保护区水系属长江一级支流赤水河和永宁河流域，主要水系有水尾河、墩梓河和三岔河。水尾河发源于区内的四美村，由南向北流经画稿溪，至大石乡与墩锌河汇合，再至贵州省赤水市境内注入赤水河，全长50公里。墩梓河发源于区内的关斗山和与古蔺县接壤的“黄荆老林”，由南向北，所流经的山谷是保护区腹地的两大主要沟谷之一，全长40公里。这两条河流的河床为乱石结构，极不平整，断面稳定，河面宽度约40米左右，水流量随降水不均而涨落，但即使在枯水季节两河亦均有0.5m/S以上的流量，多年平均径流系数为0.70。三岔河属于另一条长江一级支流永宁河，它起源于合乐乡，由东向西，流经保护区西南角并把玉皇观与保护区切割开来，在区内流经玉皇观后山背沟，至龙凤乡汇入永宁河，再经纳溪区注入长江，全长35公里。而且，区内还有扬尘河、何家沟河等许多属于上述三条二级支流的三、四级支流，多呈东西向展布。此外，区内地下水主要是白垩系砂岩和红砂岩裂隙孔隙水，出露点甚多，储量较丰富。
画稿溪国家级自然保护区境内土壤的成土母质主要是白垩纪夹关组砖红色长石石英砂岩风化物、坡积物。由于自然植被好，岩层透水性强，下部岩层经水化而变为紫黄色或黄紫色，母质无碳酸盐反应，呈酸性。形成的土壤类型是紫色土类，红紫泥土属。因所处地形和部位不同，加之母岩水化度不一致，发育成红冷沙土、黄冷沙土、豆面土和灰包土等4个土种。
保画稿溪国家级自然保护区的主要保护对象是亚热带原始山地常绿阔叶林生态系统。另一主要保护对象是第三纪孑遗植物桫椤和珍稀植物川南金花茶。桫椤又名树蕨、大花蕨、笔筒树等，是大型木本蕨类植物，国家一级保护渐危种，画稿溪保护区有两个种，分别为黑桫椤和桫椤。桫椤是第三纪孑遗植物是孑遗植物中蕨类植物的代表。据调查，保护区内有大面积的桫椤分布，总株数约12万株以上。金花茶为山茶花科，山茶属金花茶组植物，是世界上珍贵、稀有的观赏植物和物种资源，国家一级重点保护植物，被誉为“植物界的大熊猫”、“茶族皇后”。
画稿溪国家级自然保护区地处盆周山地与云贵高原的过渡地带，在中国动物地理区划中归属于东洋界中印亚界华中区西部山地高原亚区。区内山高林深，以天然阔叶林为主，植被类型复杂多样，温凉的气候、高差悬殊的地势，给野生动物栖息繁衍创造了良好条件。
截止到2008年，画稿溪国家级自然保护区内已知有脊椎动物181种，分属哺乳纲7目20科40种，鸟纲15目32科118种，两栖纲1目2科5种；爬行纲2目7科18种。
画稿溪国家级自然保护区内已知有国家重点保护的野生动物29种， 其中属国家一级重点保护的野生动物有豹、云豹、林麝3种，国家二级重点保护动物有黑熊、斑羚、黄喉貂、白鹇、红腹角雉、白腹锦鸡等26种。值得一提的是按照世界鸟类区系分布，画稿溪国家级自然保护区为南亚热带森林特产鸟类区的重要构成部分，分布有十种中国特产鸟类，即灰胸竹鸡、白冠长尾雉、红腹锦鸡、白腹锦鸡、领雀嘴鹎、白头鹎、画眉、白领凤鹛、棕头鸦雀及黄腹山雀，它们绝大多数广布于该地区，且数量较多。
在本地区兽类20个科中，除广布科外，南方成份和北方成份在此地区有所混杂，但南方成份占绝对优势，仅有个别的北方成份在此地区有分布。从生态地理动物群的角度出发，主要由亚热带森林农田动物群组成。兽类的生态类群为地下生态群、半穴居类群、地面栖生类群、半树栖类群、树栖类群、半水栖类群等五类。鸟类与兽类的区系特征趋同，另有一重要特点是此处为鸟类南北迁徙的中转站，候鸟、旅鸟过境频繁，因而该区域鸟类的种类和数量在一年中有周期性变化。
画稿溪国家级自然保护区地处四川盆地与云贵高原过渡地带，在植物区系的划分上又处于泛北极植物区和古热带植物区的汇集和分界地带，植物多样性很高，地理成分十分复杂。
植物区系地理成分复杂和古老性强，为该区的另一特征。在中国植物区系地理成分中，画稿溪自然保护区的植物区系含盖了所有15个分布区类型。据该地区分布的580个种子植物属分析，属于热带成分为295属，占分析属总数的51%，温带成分的有219属，占分析属总数的38%，世界广泛分布的属在该地区有47属，占分析属总数的8%；中国特有分布类型在保护区内有19属，占分析属总数的3%。经比较看出，画稿溪自然保护区种子植物属的分布区类型总体上同云南、贵州的一些地区一致，处于中国中亚热带和南亚热带植被类型的结合部，具有明显的过渡性特征，植物区系成分极为复杂多样。
画稿溪国家级自然保护区典型生境为山地常绿阔叶林，同时受气候、水热条件和地形地貌以及其他自然和人为因素的长期影响，形成类型丰富多样的生境及微生境，总体上看整个生态系统结构复杂，功能较为稳定。
复杂多样的生境为各种类群物种的生存提供了适宜的生态位。据2002年调查，自然保护区已知高等植物有231科、708属、1583种，其中种子植物为157科、580属、1400种。属国家一级重点保护的有4种，二级重点保护的有10种，三级重点保护的有10种，分别是：金花茶、杪椤、银杏、秃杉、水杉、金钱松、福建柏、鹅掌楸、峨眉含笑、水青树、杜仲、木瓜红、香果树、伯乐树、厚朴、桢楠、银叶桂、红豆树、野大豆、黄连、青檀、梓叶槭、八角莲等。
1、水尾镇-墩河放伐-墩河龙桥-“龙腾之处”古碑-壶臼景观-三潭叠翠-天然游泳池-天外来石-龟背图-鲤鱼石-白鹭瀑布-桥沟头瀑布-马滩叠瀑群。
2、水尾镇-桥沟头瀑布-丹霞赤壁-九叠瀑布-鳄鱼潭-古驿道。
3、水尾镇-龙潭湖-龙潭瀑布-水蛇潭-百草药潭-遇仙潭-桫椤景观台-斑羚崖-彩虹瀑布-同美穴古寨
墩河景区-画稿溪景区二日游
第一天：水尾镇-墩河放伐-墩河龙桥-龙腾之处”古碑-壶臼景观-三潭叠翠-天然游泳池-天外来石-龟背图-鲤鱼石-白鹭瀑布-桥沟头瀑布-马滩叠瀑群-丹霞赤壁-九叠瀑布-鳄鱼潭-古墓古驿道。
第二天：水尾镇-龙潭湖-龙潭瀑布-水蛇潭-百草药潭-遇仙潭-桫椤景观台-斑羚崖-彩虹瀑布-同美穴古寨-牛心山-一线天。
2001年在保护区资源本底调查中，发现保护区内有金花茶分布，经植物学家张宏达教授鉴定为一新种，定名为川南金花茶，模式标本原产地为叙永画稿溪，系小黄花茶组唯一种。金花茶为常绿灌木或小乔木，高约2-5米，叶深绿色，花金黄色，单生于叶腋，花开时，有杯状、壶状和碗状的。11月开始开花，花期可延续至翌年3月。一般分布在海拔700米以下，海拔200米－500米范围较常见。
画稿溪国家级自然保护区内的生境主要为常绿阔叶林，常绿阔叶林的分布面积大，而且保存原始，与周边的古蔺“黄荆老林”、合江福宝林区、重庆四面山林区等天然林连成一片，是全球同纬度地区保存完好的区域之一，也是中国中亚热带具典型性和代表性的常绿阔叶林林区。常绿阔叶林是本地的地带性植被，该生境内的生物多样性及其丰富，保护原生的阔叶林系统，对于保护当地的生物多样性和生态环境具有重要意义。
