崇明东滩鸟类自然保护区是以迁徙鸟类及其栖息地为主要保护对象的湿地类型自然保护区，位于长江入海口，在中国第三大岛崇明岛的最东端（东经121°50′－122°05′，北纬31°25′－31°38′），由崇明东滩团结沙外滩、东旺沙外滩、北八效外滩及其相临的吴淞标高零米线外侧3000米以内的河口水域四大部分组成，在海堤外呈半椭圆形分布。保护区是由长江径流夹带的巨量泥沙在江海的相互作用下沉积而成，仍以每年80-110米的淤长速度向东海推进。它是长江口规模最大、发育最完善的河口型潮汐滩涂湿地，其南北狭，东西宽，区内潮沟密布，高、中、低潮滩分带十分明显，是亚太地区迁徙水鸟的重要通道，也是多种生物周年性溯河和降河洄游的必经通道。
崇明东滩鸟类自然保护区位于长江河口，集临江濒海之利。其中湿地是辖区内的一大特色，约占总面积的40%，孕育着丰富的土地资源和自然资源，是上海经济发展和人民生活赖以生存的物质基础。湿地是陆地与水体之间过渡性质的一种生态系统，有很高的生产力。国际上把湿地、森林和海洋并称为全球三大生态系统。湿地常被作为自然保护的主要对象。
截至2012年，在保护区可发现野生和人工栽培的高等植物122种，分属34个科，88属。其中菊科植物最多，有22种，禾本科植物14种，豆科植物10种。在水域中还有浮游植物59种，分属31属4门。
浮游植物
截至2012年，在崇明东滩鸟类自然保护区水域，调查鉴定出浮游植物4门31属59种。其中硅藻22属49种，甲藻3属4种，蓝藻4属4种，绿藻2属2种。硅藻的数量最多，其种类数占总种数的83.5%，数量占总数量的99.57%；甲藻占总种数的6.78%，其数量占总数量的0.13%；蓝藻占总种数的6.78%，其数量占总数量的0.01%；绿藻占总种数的3.39%，其数量占总数量的0.26%。
滩涂湿地植被
从滩涂的最低处，也是最外面开始，主要分布有盐渍藻类，藨草群落和芦苇群落。在高潮滩，主要生长有芦苇、糙叶苔草、互花米草。低潮滩生长有藨草、海三棱藨草。光泥滩上生长有盐渍藻类。
盐碱植被
在崇明东滩北部的1998大堤两侧，由于土地的盐碱度比较高，生长有碱蓬和碱菀群落，优势种是黎科的碱蓬，南方的碱蓬、藜、小藜数量较少，不能形成明显的群落。碱菀群落是东滩堤内的优势群落，有的与稀疏的芦苇混生。
中生性草本植被
截至2012年，约有100多种草本植物，以禾本科、菊科植物为主。其中主要的有草木犀群落、酸模群落、春飞蓬群落、加拿大一枝黄花群落和芦竹群落。
农业植被
截至2012年，已围垦的土地主要用于农业，种植有谷类作物、豆类作物、瓜类作物、叶菜类等作物。主要有水稻、玉米、大豆、花生、棉花、卷心菜、花菜、大白菜、西瓜、冬瓜、西兰花、大葱等农作物。
水生植物
崇明东滩鸟类自然保护区内有大面积的河沟，水中生长有芦苇、菰等常见挺水植物以及菹草、金鱼藻、眼子菜水生植物。这些植被对水质的净化有重要的作用。
果园和人工林
在保护区中还种植桃、梨、橘等果树，主要树木有水杉、柳杉、意大利杨、旱柳、夹竹桃、棕榈、楝树、刺槐、黄檀、朴树、杨树等树种，此外还有杜仲、无患子等药用植物。
浮游动物
据夏季（2000年6～7月）对崇明东滩鸟类自然保护区水域的调查，共鉴定出浮游动物19种，其中以甲壳动物占绝对优势。其主要种类以低盐近岸生态类为主，其次为半咸水河口生态类型，也有少量的广温广盐生态类型的种类。低盐近岸生态类型，有虫肢歪水蚤、真刺唇角水蚤、长额刺糠虾和中华节糠虾、腹针胸刺水蚤等；半咸水河口生态类型，有华哲水蚤、火腿许水蚤和江湖独眼钩虾；少量的广温广盐生态类型如精致真刺水蚤、中华哲水蚤、微刺哲水蚤等。
底栖动物
截至2012年，东滩有底栖动物70多种。主要种类可分3类：软体动物、甲壳动物和环节动物。软体动物中的彩虹明樱蛤（俗称海瓜子），泥螺、溢蛏是三大美味海产品，有很高的经济价值。这些海产品主要分布在崇明东滩的V区，已经形成较大产量。甲壳动物中方蟹科的蟹类数量巨大，为鸟类提供丰富的食物。
昆虫
截至2012年，在保护区共收集到昆虫103种，隶属12目50科。其中直翅目：5总科17种；半翅目7科11种；蜻蜓目3科3种；鞘翅目10科25种；鳞翅目：14科29种；膜翅目4科4种；双翅目6科8种；革翅目1科1种；同翅目2科2种；脉翅目1科1种；蜚蠊目1科1种；螳螂目1科1种。
鱼类
截至2012年，在保护区水域已知分布有鱼类94种，为长江口鱼类（记载为117种）的80.34%。这些鱼类隶属14目34科，其中鲤科鱼类最多有24种，占25.53%；银鱼科8种，占8.51%；鳀科6种，占6.38%；鰕虎鱼科和鰕科均为5种，各占5.32%；鲱科、舌鳎科各4种，各占4.26%；其余各科的种类比较少，仅1～2种。
鸟类
崇明东滩记录的鸟类有290种，其中鹤类、鹭类、雁鸭类、鸻鹬类和鸥类是主要水鸟类群。已观察到的国家重点保护的一、二级鸟类共39种，占崇明东滩鸟类群落组成的15.06%，其中列入国家一级保护的鸟类4种，分别为东方白鹳（Ciconia boyciana）、黑鹳（Ciconia nigra）、白尾海雕（Haliaeetus albicilla）和白头鹤（Grus monacha）；列入国家二级保护的鸟类35种，如黑脸琵鹭（Platalea minor）、小青脚鹬（Tringa guttifer）、小天鹅（Cygnus columbianus）、鸳鸯（Aix galericulata）等。列入《中国濒危动物红皮书》的鸟类有20种。除此之外，保护区还记录中日候鸟及其栖息地保护协定的物种156种，中澳候鸟保护协定的物种54种。这些物种资源属于濒危鸟类就占鸟类总数的15%，有的则极其稀有（如黑脸琵鹭，种群数量极少，全球仅1500余只），大部分为洲际迁徙候鸟。
上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区位于上海市崇明岛的最东端，南北濒临长江的入海口，向东伸向东海，并与南北大陆遥遥相对。崇明东滩保护区南起奚家港，北至北八滧港，西以1968年建成的围堤为界限，东至吴凇标高零米线外侧3000m水线为界，仿半圆形航道线内属于崇明岛的水域、陆地和滩涂。即位于东121°50’～122°05’，北纬31°25’～31°38’之间。
上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区气候温和湿润，阳光充足，雨量充沛，拥有丰富的生物资源，四季分明，年均气温15.3℃，年降水量1022mm，无霜期达229天，既是鸟类良好的觅食、栖息场所，又是广大公众休闲、旅游和观鸟的好去处；同时也是生物学、地学、生态学、水产等学科教学实习场所对公众及中小学生进行生态环境保护教育、野生动植物保护教育和生物多样性保护教育的重要基地。
在1992年颁布的《中国生物多样性行动计划》中，崇明东滩被列为具有国际意义的A2级湿地生态系统类型。
1999年7月，崇明东滩被正式列入东亚——澳大利西亚涉禽保护区网络。
2000年被《中国湿地保护行动计划》列入中国重要湿地名录。
2002年保护区被中国政府列为未来5到10年优先保护的17个生物多样性关键地区之一。
2005年7月，经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
2006年，东滩保护区被国家林业局确定为全国51个具有典型性、代表性的示范自然保护区之一，并在国家林业局编制的《全国林业系统自然保护区发展规划》中被列为重点建设的自然保护区之一。
1999年，上海建立编办批准建立崇明东滩鸟类自然保护区管理处，截至2010年，管理处由最初的4个人，逐步发展为下设办公室、执法、科研、社区事务管理和环境教育中心及五个管护站的机构体系，全面对保护区科研、执法、宣教、社区工作的推进实施，崇明东滩保护区逐步发展进入有序管理和科学保护的轨道。
并于2010年12月20日，上海市人民政府令第52号公布的《上海市人民政府关于修改〈上海市农机事故处理暂行规定〉等148件市政府规章的决定》修正并重新发布了由2003年4月3日上海市人民政府令第2号发布的《上海市崇明东滩鸟类自然保护区管理办法》，旨在加强崇明东滩鸟类自然保护区的建设和管理，保护鸟类及其赖以生存的自然环境。
上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区的自然环境为各种生物提供了良好的生境条件。它位于东亚——澳大利亚候鸟迁徙路线的中间，是候鸟迁徙的重要驿站。每年的春秋季迁徙期，在此停歇的鸻鹬类数量达数十万只，同时有8种鸻鹬类在候鸟的保护上具有重要的国际意义。而每年冬天，数以万计的雁鸭类在此越冬。同时，崇明东滩也是珍稀濒危鸟类的重要栖息地，截至2010年，记录到的国家一级重点保护野生鸟类有4种，国家二级重点保护野生鸟类35种，有20种鸟类列入中国濒危动物红皮书。
不仅如此，崇明东滩及附近水域也是水生生物的产卵场所和洄游通道。中华绒螯蟹(俗称大闸蟹)在该区域产卵；日本鳗鲡的幼鱼则经过该水域进入长江开始溯河洄游；在长江中上游水域繁殖的中华鲟幼鱼在每年夏季进入崇明东滩附近水域肥育。因此，该区域对于水生生物完成其完整的生活史过程具有不可或缺的作用。
崇明东滩作为上海市最大的滩涂湿地，在调节气候、净化水质、抵御风暴潮等自然灾害方面发挥着不可低估的作用。其快速淤长的环境特征也为研究河口湿地生态系统的形成、发展、演替等过程提供了理想条件。
