长青保护区是在原陕西省长青林业局的基础上建立的，长青林业局于1967年经国家计委批准建立，1968年开始筹建，1971年正式投产。
1979年5月，经林业部批准将长青林业局内岳坝、大古坪林场划出，建立佛坪国家级自然保护区。
1980年8月，经陕西省人民政府批准将长青林业局内龙草坪、西岔河林场分出，建立省龙草坪林业局。
1992年国家计委以计农经（1992）991号文件批复建立长青自然保护区，由于政策、资金、技术等问题未能实施。
1993年，在北京大学潘文石教授等科学家的呼吁下，在全球环境基金（GEF）的支持下，经国家林业局、林业厅等政府部门和长青林业局的共同努力，终于将长青林业局转产安置建立大熊猫保护区，纳入了GEF项目在中国计划开展的“中国自然保护区管理项目”。
1994年经陕西省人民政府批准建立的以保护大熊猫及其栖息地为主的“森林和野生动物类型自然保护区”；
1995年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
长青保护区位于秦岭中段南坡的洋县境内，北与陕西省太白县为界，东与佛坪国家级自然保护区接壤，南界和西界分别与洋县华阳、茅坪镇11个行政村的集体林相邻。地理位置在东经107°17′～107°55′，北纬33°19′～33°44′。
长青保护区大地构造位置处于南秦岭海西——印支褶皱的中部，由一系列东西向褶皱与平行展布的断裂构成的复式褶皱带，后被印支期二长花岗岩侵位、吞蚀、破坏，现存的构造格局多呈一些残缺不全、规模不等的褶皱、断裂构造。主要岩石有花岗岩、花岗片麻岩等多种，使地质上称为“华阳岩基”的主体部分。保护区北高南低，呈斜面山岳地况。由于地球构造运动，流水侵蚀，以及冰川、冰缘风等外营力的共同作用而形成，地质复杂，地形多变，岭梁纵横，山高谷深，区内高海拔兴隆岭梁（活人坪）3071米，低茅坪保护站800米，相对高差达2271米，山系由北向南依次为亚高山—中山—低山，海拔在800～3071米之间。
长青保护区河流水系位置地处长江流域。区内主要河流是酉水河、湑水河，属汉江水系一级支流的上源支流。酉水河发源于保护区北界兴隆岭混人坪南坡酉水谷，由北向南汇入汉江，区内流程47.5公里，流域面积280.55平方公里，年平均径流量4.31亿立方米。湑水河在区内流域面积约18.51平方公里。区内由地表水和地下水两部分组成的水资源总量为14.64亿立方米，水的化学性质属重碳酸盐型钙组Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型，pH值6.45～7.9,为软水、中性、淡水。
长青保护区处于北亚热带与暖温带的交错过渡地区。保护区的北边有秦岭主峰太白山天然屏障，有效地阻挡了北方寒流的入侵；南边暖湿气流沿汉江河谷直达中高山地带，形成大陆性季风气候，季节性变化明显，全年具有雨热同季、温暖湿润、雨量充沛，区内气候及植被的垂直地带性明显等特点。气候随海拔升高而呈垂直变化，900米以下为亚热带气候；900～1400米为暖温带气候；1400～2300米为温带气候；2300米以上为寒温带气候。区内地形复杂，小气候差异较为明显。沿山逆上，“十里不同天，一山有四季”。依据海拔高度从800～3071米的逐步增高，气温聚降，降水量猛增，年平均气温在14.6～1.8℃之间，年平均降水量在813.9～1044mm之间变化。
长青自然保护区土壤分为山地黄棕壤、山地棕壤、山地暗棕壤和山地草甸土等类型。其垂直分布规律如下：
①黄棕壤：分布于海拔1400米以下的北亚热带，在含常绿阔叶林植被下发育而成的土壤，黄色为主，土壤湿润，表层腐殖质含量较高。
②山地棕壤：分布于海拔1400～2300米之间的中山温暖气候带，在针阔混交林作用下发育而成的土壤，呈黄棕色，微酸性反应，化学营养元素含量较高，水性饱和，肥力高。
③山地暗棕壤：分布于海拔2300～3000米之间的温带湿润地区半湿润地区，以针叶为主的阔叶混交林下发育的土壤，土壤湿润。有机质含量高，颜色深暗，呈黑褐、黑棕、暗棕色，肥力高。森林植被以冷杉林为主。
④山地草甸土：分布于海拔3000米以上的亚高山寒温带，在针叶林或灌丛草甸植被的作用下而多出现水湿地发育成的土壤，土壤含水量大，呈灰黑、棕色、酸性强，有机质含量高、土壤肥沃。
长青保护区大熊猫分布集中，活动频繁以及森林生态系统较为完整的11000公顷范围以自然地形分界被区划为核心区，其具体范围包括西河口、核桃坝、左机河、陈学沟等以上区域，其余18906公顷范围区划为实验区。
长青国家级自然保护区是以保护大熊猫为主的森林和野生动物类型自然保护区。长青保护区独特的地理位置、优越的气候条件和森林生态环境，为多种动植物繁衍生息提供了良好的条件，成为丰富多样的“生物资源库”。
截至2011年，长青国家级自然保护区内已知有脊椎动物311种，隶属于392目78科213属。其中鱼类有5目7科17属18种；两栖动物2目5科6属8种；爬行动物2目6科17属20种；鸟类13目38科122属202种；兽类7目24科51属63种。在311种脊椎动物中国家一级重点保护野生动物有大熊猫、金丝猴、羚牛、林麝、豹及金雕7种；二级重点保护野生动物有黑熊、斑羚、红腹角雉、大鲵等32种。
植物种类丰富，截至2011年，长青保护区有种子植物135科、603属、1556种，占秦岭种子植物总科数的88.2%，总属数的61.3%，总种数的60.0%。区内有《中国濒危保护植物》红皮书中记载的植物31种，占陕西省境内中国保护植物45种的68.9%；长青保护区内集中分布了大量原始的温带属和众多的古老孑遗植物，如桦木科的桦木属、榛属、鹅耳枥属等；具有全国种子植物属的分布类型15个。其中包括世界方面成份57属、热带成份135属、温带成份388属，中国特有成份有23属。长青保护区常见的单种属有银杏属、侧柏属、蕺菜属等；少种属有三白草属、构树属、米面翁属、领春木属；中国特有属虎榛子属、金钱槭属、车前紫草属、斜萼草属等；国家Ⅰ级重点保护植物2种，Ⅱ级重点保护植物15种，陕西省重点保护植物种20种；属于渐危的23种，稀有的16种。
长青国家级自然保护区管理局隶属于陕西省林业厅直属的正处级事业单位，设有党委办公室、行政办公室、财务科、科研保护科、公众教育科、社区科等10个职能科室，下设华阳中心保护站、茅坪中心保护站等2个基层单位。截至2014年，全局有职工194人，具有专业技术任职资格的有78人，其中高级职称15人，中级20人，初级43人。
保护区管理局先后在板桥、九池两示范村实施了包括秦岭细鳞鲑养殖、改建节柴灶示范、卫生所扶持、经济发展小额信贷等子项目。
保护区实行管理局、保护站、巡护哨所三级管理，坚持以保护为中心，保护、科研、公众教育三位一体的保护管理模式。
保护区周边社区有洋县华阳、茅坪两镇。周边社区群众历史上以伐木、狩猎为主要产业，部分村组森林采伐收入占年收入的比例曾经高达75%以上。社区人均耕地0.8～1.6亩。由于缺乏和广大群众利益密切相关的监督、约束、激励机制，外来人员勾结当地极少数不法分子猎杀野生动物事件时有发生。
实施天然林保护以来，村民转而以农业为主，附带一些种植、养殖业。未来重点发展产业方向：（1）建立保护区 公司 基地 农户模式：发展魔芋种植、扶持社区发展黄连、元胡等中药材种植；（2）发展规模化圈舍养牛、养羊和牧草种植；（3）扶持组建社区越野导游、运输队及农家乐饮食服务，开发傥骆古道游，建立联合参与的生态旅游体系，调整社区产业，发展旅游业带动和促进当地社区经济可持续发展。
2000～2002年，保护区管理局基于保护的社区发展项目，取得了良好的经济、社会和生态效益，促进了社区发展，提高了群众的生态保护意识，实现了社区与保护区和谐相处，在基础设施建设、野外巡护、科学研究、社区共管及林业产业化等取得了显著成绩。
秦岭作为全球生物多样性关键地区之一，很多中国特有的珍稀濒危野生动植物仍然在这片被誉为“生物基因库”的区域存活着，如大熊猫、金丝猴、羚牛、朱鹮、红豆杉、独叶草、珙桐、太白红杉……其中具代表性的就是国宝大熊猫。大熊猫现分布于川、陕、甘三省的六条山脉，秦岭大熊猫其总数近300只，约占全国大熊猫总数的17%。这意味着在国际保护领域的旗舰物种大熊猫家族中，秦岭大熊猫亚种的基因更加珍贵，种群更加濒危，引起全社会的关注和重视。
据第三次全国大熊猫调查结果显示，秦岭大熊猫的核心分布区在长青保护区所在的兴隆岭一带，兴隆岭种群是整个秦岭大熊猫的扩散中心。长青保护区，秦岭四大国宝大熊猫、金丝猴、羚牛、朱鹮均有分布。古老的冰川地貌、原始的森林、变幻莫测的天象、珍稀特有的野生动植物。保护区的开发，可以使保护区在保护、科研、宣教、监测等方面的功能得到发挥，长青保护区的设立秉承保护与发展并进的策略。
