马山于1994年经国务院批准为国家级自然保护区。
2002年山东省人民政府批准为山东省级地质公园。
马山自然保护区位于胶东丘陵区的胶莱平原。
马山自然保护区位于青岛市北部39公里，即墨市城区西侧，地理坐标为东经120º21'30"至120º22'02"，北纬36º23'15"至36º24'46"。
马山自然保护区由潍河、大沽河、胶莱河冲积而成，海拔多在50m左右，地势平坦，稍有起伏。保护区主峰马山（海拔233.1m）、西峰大山（海拔211.1m）、小峰宝安山（海拔145m）、团山（海拔126m）和长岭及周围坡地组成。自南、北两侧遥望，主峰马山、西峰大山呈二峰并峙状，形似马鞍，故又名马鞍山。
马山地貌类型属剥蚀准平原上的残丘地貌，山体凸圆，向四面延伸，坡度在20º至25º之间。山北坡延至埠南一带，山西坡延至信村岭，山前坡延至店子山及西流峰山（又名小龙山），山东坡延至陈家河东岭，均属低洼不平的平原兼低丘地形。残丘周围之冲沟多呈“V”字型和“U”字型，属中年期。保护区范围内无较大河流，只有数条季节河及山北坡截沟堵流形成的几个小型水库，以增加其自身景色。由于马山潜粗面火山岩结构构造特征，使其具有较强的抗风化能力，再加上断裂构造等因素，在周围沉积岩层逐渐侵蚀夷平的状态下形成孤立残丘地貌，相对高差达180m，具有山虽不高却有拔地突起之感。
马山自然保护区属温带季风气候区。冬无严寒，夏无酷暑，四季分明，气候宜人。年平均气温12.2℃，年平均降雨量776毫米，相对湿度最冷月平均64%，年平均风速为5.5米/秒，年平均日照时2605.6小时，年平均冰冻期82天，土壤冻结深度50厘米。保护区气候还具有多雾的特点。
马山自然保护区属丘陵地带，地下浅层水位一般在20米左右，深层水位一般在45–80米。周围无较大河流，只有数条季节性小河冲沟及人工截流形成的小水库、塘坝数个，水源主要靠上游降水补给。
马山山体主要以基岩为主，山坡土层较薄，属棕壤性土，耕地地力等级为五级。成土母质为残积、坡积物，土层厚度多在20–40厘米，为黄土质沙壤，中度侵蚀。土层砾石多、养分差、易旱易涝，水土流失较为严重。
硅化木也被称为木化石。马山周围的沉积岩层中广泛分布着硅化木。据专家考证，早在一亿三千万年前的中生代，马山地区曾为“古莱阳湖”的一部分，其上游生长着大量的古树。而后，顺流而下被搁浅在这里，地壳变动时，在高温、高压、断氧的特定条件下，形成了化石。马山硅化木分布广，数量多，已发现20多株。其木质构造，属松柏类的南洋杉科。1992年发现的一株硅化木，树干长13米，平均直径达0.85米，硅化完全，年轮清晰，根枝疤节保存完好，这在中国沿海地区实属罕见。化石是地层的原始记录，通过对化石的研究，可以恢复古生物的属种，从而进一步判断当时的古地理、古气候、古环境，因此极具科研价值。
柱状节理石群，位于马山西南坡之团山，面积约一平方公里。据考证，此山是一亿多年前由火山岩浆冷凝收缩而成，裸露部分高达28米、厚约20米、跨度达150余米。马山柱状节理石群由无数根直径在一米左右、呈四棱、五棱或六棱柱状的单个柱体紧密排列组成。柱体内含有许多安山岩气孔晶洞，洞内有大量的方解石、冰洲石晶体，呈菊花瓣状，具有极高的经济价值、观赏价值和科研价值。尤其是在安山岩中，发现此柱状节理在中国尚属首例，是世界柱状节理石群三大奇观之一。
马山自然保护区位于胶莱盆地东南缘，盆地基底由太古界胶东群、元古界荆山群、粉子山群和蓬莱群等组成，盖层自下而上分别为下白垩统莱阳群、下白垩统青山群和上白垩统王氏群，古近系为五图组或黄县组。
马山保护区胶莱盆地大地构造位置属中朝准地台胶辽台隆的胶莱凹陷，为中生代沉积盆地，其形成与发育受到沂沐断裂和五莲—即墨—牟平断裂的控制。
马山保护区内出露地层单一，出露地层为白垩系莱阳群，其上部的火山岩体归为青山群，产状比较平缓，倾向稳定。区内及相邻地域脆性断裂构造极为发育，可分为北东向和北西向两组。
接触变质带
接触变质带是由接触变质作用形成的。由于岩浆的入侵及对围岩的烘烤诸因素，在接触带部位沉积岩发生了不同程度的接触变质作用。
接触变质作用又称热力接触变质作用，是由于岩浆的活动散发出的热量和析出的气态或液态溶液引起的变质作用。主要发生在岩浆体周围接触带的围岩中。根据变质作用过程中有无交代作用又可分为2个亚类：①热接触变质作用：以热力（高温）作用为主，原岩发生重结晶，而化学成分没有显著改变，没有明显的交代作用，如斑点板岩、角岩等；②接触交代变质作用；除热力作用外，伴随有显著的交代作用，原岩的化学成分发生明显改变，如矽卡岩等。
在马山极顶东麓可见紫色、灰色粉砂岩及细砂岩发生角化，但尚未形成角岩，以及沉岩体边缘不规则分布的黑色角岩。在火山岩中也可见到砂砾岩捕虏体。具有非常高的观赏及科研价值。
沉积构造
马山区域内的沉积岩层属中生代白垩纪莱阳群曲格庄组，为莱阳群的最上层部位。
沉积构造是指沉积岩各个组成部分之间的空间分布和排列方式。它是沉积物沉积时或沉积之后，由于物理作用、化学作用及生物作用形成的。在沉积物形成过程中及沉积固结成岩之前形成的构造，叫原生构造，例如层理及层面构造；固结成岩之后形成的构造为次生构造，例如缝合线等。研究沉积岩的原生构造，可以确定沉积介质的营力及流动状态，从而有助于分析沉积环境，有的还可确定地层的顶底层序等。沉积构造用来描述沉积岩各组成部分的这种分布与排列，是沉积作用与过程、古环境以及矿床发育的重要标志。
马山沉积岩为河流相，山麓洪积相粗碎屑堆积，一般以中、粗粒砂岩、砂砾岩为主、兼有漫滩相或局部浅湖相的细碎屑沉积。区域沉积岩之沉积构造特征，属较典型的网状河流相沉积。大型交错层理、槽状交错层理及斜层理随处可见。在山之北坡各采石场中沿坑壁可观察到极好的垂直剖面，如大型泄水构造、抱卷层理、大型交错层理等。
在马山东坡还可以同时见到向上变细和向上变粗两种沉积层序。测量岩层产状可以断定，马山地区当年有一古水流，方向为自北向南。
岩石
锆石形态特征
锆石颗粒形态相对单一，无色透明，多为自形，少数为半自形的短柱状晶体，大小多为40–90μm×100–250μm，长宽比一般在2:1到4:1之间。大部分锆石显示特征的核—边结构，核部与边部之间的边界截然。自形程度较好的锆石大多数保留有振荡环带结构，为典型的岩浆锆石。部分锆石呈椭圆状，显示边上有溶蚀特征。
岩石学特征
马山火山构造形成于燕山运动的早白垩世晚期（青山期），为中心式盾状火山，溢流熔岩的火山通道被断层破坏，出露不完整，呈北西向长条状。面积1km×1.8km，岩性为粗面英安岩，垂直柱状节理发育，侵入莱阳群曲格庄组，外围见数个浅玄武岩岩体环绕，西侧八亩地组也呈弧形展布，应为八亩地组玄武安山岩喷出的火山通道。从区域背景来看，马山火山属于行村—段村火山群。该火山群分布于行村至段村一带，呈北东向展布，由12个早白垩世晚期（I—IV火山旋回）中心式、裂隙式火山构造组成，马山火山岩体形成于第II火山旋回的c韵律。基底为莱阳群，由北东至南西端酸性岩浆构成的火山通道渐多，总体上受北东向展布的牟平—即墨断裂带控制。
马山不仅有宝贵的自然地质遗迹，还有丰富的人文景观，有玉皇殿、白云庵、千佛洞、狐仙居、即墨大夫等景点。此外，民间还流传着诸如红点狐仙、济公井、将军桥等许多神秘而美丽的传说。
玉皇庙
亦称“聚仙宫”，俗称“养老宫”。位于马山之阳西侧的半山腰中，始建于明代永乐年间，兴盛时期一度成为道教龙门派的第二祖庭（第一祖庭是北京白云观），后毁于战乱。1991年，中国科学院中华古建筑研究所建筑师李明、沈聿之来即墨设计绘制玉皇庙图纸，1992年重新修建。占地面积1600平方米，建筑面积500平方米。殿宇由正殿“玉皇殿”、东殿“三官殿”、西殿“雷神殿”组成，殿内供有玉皇大帝、真武大帝、雷祖大帝、洞阳大帝等几十余尊塑像。
白云庵
位于马山东南山脚下，占地10余亩，殿宇座北向南，分东、西二殿，系道佛合一之宗教形式。东殿为“观音殿”，内供观音菩萨、文殊菩萨和普贤菩萨；西殿为“仙姑殿”，内供被明代光宗皇帝赐号“慧觉禅师”的刘仙姑及送生娘娘、撒痘娘娘等。
狐仙居
位于马山主峰前，占地约2000平方米，与玉皇殿、白云庵相对而视，遥相互应。该庙依山而建，巧借山势，东临断壁，建筑风格独特，周围景致壮观，堪称马山诸景观中之胜景。
千佛洞
洞体宽、高各为3米以上，有呈“丫”字形的三个出入口，全长350余米，内设灯光设施。隧洞两侧掘有12个如房间状的支洞，洞内塑有由青岛市园林局雕塑师刁云波等工程技术人员设计、雕塑的古典名著中的历史人物、神话故事人物及国内名山石窟中的大佛等72尊塑像。洞内有一水井，水质甘冽，终年不涸。
丹泉井
位于马山之阳半腰中的玉皇庙东侧谷中。丹泉井之所以闻名，在于它深不可测的深度及其久传不衰的神话传说。早在清朝初年，古人就有“丹泉井，何代穿，三百尺，与海连，神工鬼斧谁曾见”之诗篇。相传，当年泥丸大师李常明在马山建庙时，所需的木材就是从外地用神力从此井中运来的，因此，时人又将该井誉为“济公井”。“丹泉井”虽貌不惊人，但水质甘冽，终年不涸。
即墨大夫雕像
位于马山前坡山脚下，雕像高约10米，占地面积600平方米，系巨形花岗岩雕琢而成。史载，战国时，大夫治即墨，廉洁勤政，政绩卓著，使即墨境内田地广阔，人民生活富裕，社会秩序安宁，因而受齐威王褒奖，“封之万家”。
南进山门
山门跨度十余米，由代表马山自然保护区内重点保护对象的柱状节理石柱与硅化木图案组成，东侧硅化木，高近10米，用钢筋混凝土配以赭色水泥仿制而成；西侧柱状节理石柱，则就地取材拼接而成。
天成殿遗址
位于马山后坡西北隅，俗称马山院子，建于清顺治五年（1648年）。该庙规模宏大，为即墨境内道教全真教龙门派的中心，所辖境内20多个庙头，原庙内有殿堂九幢，及开山道人王真成墓塔一座，兴盛时，该庙道士达140多人。1945年底，庙内道士被遣散出山还俗，道教活动遂被停止，继之，殿宇毁于战乱。
战场遗址
解放战争时，马山作为解放青岛的一座军事要地，国民党派重军把守，在各个山头修碉堡、垒围墙、设关卡，在山内大王沟处曾题有“固若金汤”的字样，妄想在此抵挡人民解放军的进攻。1949年5月在我军的强大攻势下，驻马山国民党军仓皇而逃，至此，马山地区同即墨城宣告解放。
宗教活动
马山宗教活动历史悠久，据考证，马山宗教活动始于唐代，至明朝起，马山就成为即墨境内宗教活动圣地。其中每年规模比较大的宗教活动有四次。一是，每年农历腊月二十五日为马山道士过年日，这天分布于境内的各庙头的道士都要赶回马山过年，并举行“接大驾”仪式，规模非常宏大。二是，每年农历正月十六日为大王之神“诞辰”（即大王庙庙会）。三是每年农历三月二十八日为天齐王“诞辰”（即天齐庙庙会）。届时，庙中道士举行斋醮，设坛诵经。周围善男信女纷至踏来进香还愿，亦有行商坐贾设摊叫卖，亦有当地艺人搭台唱戏。这一活动，一直沿续至今，并加之科学管理，其规模日渐增大。四是，每年农历六月二十八日，为刘仙姑“得道日”。
