1979年由内蒙古自治区政府批准建立了白音敖包自然保护区。
1997年4月内蒙古自治区林业厅向林业部提出了白音敖包保护区晋升为国家级自然保护区的申请。
1999年11月国家自然保护区评审委员会评审通过了白音敖包保护区晋升国家级自然保护区的有关材料和提出的申请。
2000年4月国务院以国办发（2000）30号文批准白音敖包自然保护区晋升为国家级自然保护区。
内蒙古白音敖包自然保护区位于内蒙古赤峰市克什克腾旗西北部， 距经棚镇西75公里， 东北临查干套海河， 西北与巴彦查干苏木相连 ， 东南部接白音敖包林场 ， 西部 、 西南部与达里诺尔草原相毗连 。 地理坐标是北纬43°30′-43°36′，东经43°30′-43°36′，东西宽7.5，南北长8.8公里，保护区总面积13862公顷，其中沙地云杉林面积为1947公顷。保护区东界从四道石门直线至南到横立山头南至毕流河小双山子，北至五道石门水库河岸及防火线，西以防火线为界，南以毕流河为界。
内蒙古白音敖包国家级自然保护区地貌属沙丘高地平原地貌。地势南高北低，以南部的白音敖包山为最高点，海拔高度1498.8米， 向北逐渐降低，地形起伏不大， 绝大部分为东西走向的连续而不规则的垄固定沙带，少部分为半固定沙地及零星分布的新月形沙丘。平均海拔高度在1300-1500米左右。
保护区地势南高北低，以南部的白音敖包山为最高点，海拔高度为1498.8米，向北逐渐降低，地形起伏不大，绝大部分为东西走向的连续而不规整的垄状固定沙带，少部分为半固定沙地及零星分布的新月形沙丘，平均海拔高度在1350米左右。
内蒙古白音敖包国家级自然保护区气候属大陆性寒温带半干旱森林草原气候。年平均气温在-1.4℃左右，大于5℃的年积温在1942℃左右，年降水量在300-350毫米左右， 多集中在6-8月份，水热同期。 年蒸发量在1526毫米左右，为降水量的3.4倍。无霜期为78天。年日照数在2800小时左右。平均风速在3.8 米每秒， 冬季多西北风 ， 夏季多西南风。
内蒙古白音敖包国家级自然保护区土壤以沙土为主，在迎风坡的沙地云杉林下，为风积沙层上发育的薄层腐殖质的灰色森林土，此外，还有沙质黑钙土、沙栗土、沙质草甸土等，土层薄、贫瘠、干旱、透水性强是本地区土壤的主要特征。
保护区内地下水位较低，分布的主要河流有贡格尔河和敖包河，其中，南部的敖包河在境内流经9公里，而北部的贡格尔河由保护区东北流入境内，将保护区分成为东西两部分，境内流经长度为14公里。
内蒙古白音敖包国家级自然保护区规划为核心区、缓冲区、实验区三个功能区。核心区面积2780公顷，约占总面积的20%，核心区实行绝对保护，只供科学研究，除必要的定位观测点外，不得设置和从事任何影响及干扰生态环境的设施与活动，确保沙地云杉及其生态系统不受人为干扰，在自然状态下演替和繁衍。缓冲区3539公顷，约占总面积的25.5﹪，它的作用是缓解外界压力，防止人为活动对核心区的影响。该区内进行有组织的科研、考察等工作。实验区7543公顷，约占总面积的54.5﹪，区内以保证科学实验、科学教学、种苗培育，开展旅游项目，合理利用自然资源、人文资源，以发展经济为主体，从而增强保护区的自养能力，改善工作人员的工作和生活条件。
内蒙古白音敖包国家级自然保护区沙地云杉林 ，根据立地条件和植物组成， 划分4个类型， 既：藓类苔草沙地云杉林、禾草杂类草沙地云杉林、杂类草白桦沙地云杉混交林和沿河沙地云杉林。 林木郁闭度在0.6-0.8时，沙地云杉树高25-36米， 平均树高12米左右， 平均胸径22-36厘米， 平均树
龄在80-120年， 最大树龄有400年左右，此外，还有沙地白桦林、山杨林和榆树林等。活力木总蓄积量是97339立方米。
内蒙古白音敖包国家级自然保护区的植物区系属于泛北极植物区、欧亚草原植物亚区、东蒙古亚地区范畴。 但由于本地区与大兴安岭、 冀北山地毗连，因此，在植物区系上具有过度性质，以蒙古草原植物为主，如有贝加尔针茅、大针茅、西伯利亚羽茅、线叶菊、羊草等。 还混有华北植物区系成分有虎榛子、元宝槭、知母等。兴安植物区系成分有兴安落叶松、沙地柏、耧斗叶绣线菊、红花鹿蹄草等。沙地云杉为中国特有树种， 是草原的旗帜种。由它组成的沙地云杉林是世界上罕见的，被学术界称为“沙地云杉生物基因库”，对于研究植物变迁具有重大科研价值。 被当地的牧民称之为“沙地神树”、“草原上的绿宝石”。植物种类具有丰富的多样性，据2013年不完全统计，有高等植物 68 科239属460余种，其中，单种科和寡种科占总科数的87.8%，维管束植物418种。
内蒙古白音敖包国家级自然保护区位于中国森林-草原生态交错地带，生活在沙地、草原边缘地带的野生动物提供了较适应的栖息繁衍场所，同时， 也为迁徙性野生动物提供了良好的集散地和歇脚点，所以，形成了保护区较为复杂的野生动物种群，物种极其丰富。截至2013年，保护区内已知鸟类有16目33科133余种，其中，国家一级保护鸟类 9 种，二级保护鸟类27种， 国际受协鸟17种 。 鸟类主要有 ： 黑鹳、大天鹅、大鸨、鸳鸯、秃鹫、猎隼、红隼、苍鹰、草原雕、白枕鹤、蓑羽鹤、等；兽类有7目17科68余种，其中，以食肉、啮齿偶蹄目为主，主要有：马鹿、猞猁、狍子、沙狐、豹猫、艾虎（两头乌）、黄鼬（黄鼠狼）等。
内蒙古白音敖包国家级自然保护区独特的地理位置和生态地理环境，形成了别具一格的自然景观和人文景观，沙、水、林三位一体。
保护区正处于森林草原结合地带，沙地云杉林呈斑块状分布于草原之中，构成了中国特殊的森林草原景观。沙地云杉外形似塔，成树躯干刚劲挺拔，枝条横生。
保护区为于浑善达克沙地边缘，地貌由垄状固定沙带及半固定和流动沙丘构成，沙带高度在6-10米，沙层厚度在10-100米。骑乘骆驼行于沙地之上，伴随着驼铃声体会跋涉于大漠之中的艰辛，享受奔赴绿洲后的兴奋，提高人们爱护大自然和保护大自然的意识。
贡格尔河横卧于保护区北侧，敖包河由保护区南缘倘徉而去，河水清澈，川流不息，两岸绿草如茵，犹如两条银白飘带，将整个云杉群落装点成了一副森林、草原、河流锦图。
保护区内白音敖包山（汉译为富饶的山），是克什克腾旗五大敖包之一，是贡格尔草原上蒙古族祭祀的圣地。可以追溯到两千年以前蒙古人的先祖们祭祀的 " 足带林"，实际上就是绕林祭祀的一种方式，后来，逐渐演变成了祭祀敖包。元代时，克什克腾旗曾有御封的五大海日罕。海日罕就是级别较高的敖包，既神山。那时，不分王公贵族，也不分长尊卑贱，每年农历五月十三日凌晨，旗扎萨克要穿上盛装，亲自率领幕僚们登上海日罕，在敖包前行跪拜大礼，开全羊宴席。一直到今天，蒙古族人民祭祀海日罕的习俗延续了下来。
内蒙古白音敖包国家级自然保护区管理局主要负责以下科研活动：
负责制定自然保护区的科研监测发展规划、年度研究计划，负责全局科研工作的管理。
负责常规性科学研究、生态监测和标本室管理工作。
承担国家和地方有关部门下达的科学研究任务和合作研究项目。
与国内有关科研单位、大专院校进行技术合作与科技攻关，组织教学实习和开展学术交流活动。
开展森林病虫害和其它生态因子的监测、预报和防治工作。
负责科技档案管理，掌握国内外有关自然保护区建设方面的科技信息，加强对外的科技交流和合作。
开展保护区自然资源可持续利用与发展的研究，制定资源可持续利用战略，并负责组织实施。
负责保护区科研监测设备设施的设置、建设和管理。
负责管理局标本室、试验室的建设与管理，建立健全实物和电子档案。
内蒙古白音敖包国家级自然保护区始建于1978年，1983年设立独立机构，2000年4月经国务院批准晋升为国家级自然保护区。白音敖包国家级自然保护区的管理机构为“内蒙古白音敖包国家级自然保护区管理局”，管理局下设办公室、财务室、公安科、科教科、资源管理科和综合科六个科室，管理局行政隶属于克什克腾旗人民政府，业务方面由克什克腾旗林业局主管。
内蒙古白音敖包国家级自然保护区是东北植物区系、华北植物区系和蒙古植物区系交汇带，所以其植被组成同时具有三个植物区的成份。另外，从植被类型来讲，同时具有
森林植被、草原植被和沙生植被的种类。与同纬度的其它地段相比，该区动物种类丰富，具有森林群落种类、草原群落种类和森林-草原地带特有种类。白音敖包自然保护区是具有丰富的沙地森林、草原、温地等植物类型的多样性、生物物种多样性和生态系统多样性的综合保护区。主要保护对象是沙地云杉林生态系统。沙地云杉林是世界上非常特殊的森林生态系统类型，是长期自然历史发展和现代自然条件综合作用下形成的特有树种。保护好沙地云杉林生态系统具有重大生产实践价值。
