古日格斯台国家级自然保护区成立于1998年。1999年晋升为盟级自然保护区。
2001年12月，晋升为自治区级保护区，2008年5月，被评为盟级环境教育基地。
2012年1月，经国务院办公厅审定为国家级自然保护区，成为锡林郭勒盟境内第一个森林生态系统类国家级自然保护区。
古日格斯台国家级自然保护区地处大兴安岭南部山地余脉的西麓，位于锡林郭勒盟西乌珠穆沁旗巴拉嘎尔高勒镇东南部55公里处。自然保护区的南部与赤峰市的塞罕乌拉国家级自然保护区、乌拉坝---石鹏沟自治区级自然保护区相邻，西、东北部分别于西乌旗其他乡镇为界。地理坐标为东经118°03′45″—118°48′36″，北纬44°18′21″—44°34′52″。
保护区内地貌以中山为主，连绵起伏，有明显的脉络，坡度较陡，高峰古日格斯台山海拔为1957米。
古日格斯台自然保护区是大兴安岭南部山地典型、完整森林、草原生态系统，处于东亚阔叶林与大兴安岭北部寒温带针叶林、草原与森林双重交汇过渡的典型地带，是连接各大植物系的纽带和桥梁。自然保护区生物类型多样，动植物物种丰富，被称为“植物的王国，动物的乐园”。有森林、沙地-伏沙地复合群落、灌丛、草原、草甸、湿地6大植被类型，包括了10个植被亚型、47个群系组、80个群系。
保护区总面积为98931公顷，其中核心区面积43919公顷，占保护区总面积44.4%；缓冲区面积15883公顷，占保护区总面积16.1%；实验区面积39129公顷，占保护区总面积39.5%。保护区内有林地面积为60078.7公顷，占保护区总面积的60.7%；草原35091.8公顷，占保护区总面积的35.5%；湿地3760.5公顷，占保护区总面积的3.8%。
保护区主要保护对象是大兴安岭南部山地北麓森林-草原生态系统及其所包容的物种多样性；保护乌珠穆沁盆地国际重要湿地乌拉盖水系河源湿地生态系统；保护栖息于该生态系统中的野生马鹿（东北亚种）、斑羚、青羊、野猪、猞猁等大型野生动物种群；保护国家重点保护鸟类大鸨、黑鹳、金雕、丹顶鹤、黑琴鸡、红脚隼、黄脚隼、蒙古百灵、兀鹫、蓑羽鹤及其珍稀濒危鸟类的繁殖地。
截至2013年，保护区内有苔藓植物22科75种，大型真菌植物16科52种，其中可食用真菌有蒙古口蘑、野蘑菇、金针磨、木耳、毛木耳等30余种，药用真菌有大马勃、小马勃、紫马勃、灵芝等10余种；维管植物94科330属654种6变种，有野大豆、草苁蓉、沙芦草、内蒙古大麦草等国家二级保护植物4种；有山丹、芍药、龙胆、沙参等内蒙古自治区重点保护植物20种；有甘草、秦艽、达乌里龙胆、防风、黄芩、远志国家重点保护野生药用植物6种；有猪毛菜、蕨菜、黄花菜、山葱、龙须菜、野韭菜等野菜100余种。
截至2013年，保护区内有脊椎动物66科223种，其中鸟类有165种，兽类有44种，爬行类有5种，两栖类有3种，鱼类6种。其中有国家一级保护动物黑鹤、大鸨、金雕、丹顶鹤4种，有国家二级重点保护动物黑琴鸡、鸿雁、大天鹅、灰鹤、大雁、燕隼、青羊、马鹿、雪兔、狼、草原雕、猞猁等29种，有《国家重点保护脊椎动物名录》中记载的33种，被列为《中国濒危动物红皮书》的有21种，被列为《世界受胁鸟类》的有5种。
保护区内有迪彦庙、半拉山、庙子沟、朝阳沟、海青坝、白桦林等多处旅游景点和历史遗迹，而半拉山、白桦林等景观早已奠定了旅游基础。保护区在发展旅游业中注重草原民俗与自然风光相结合，生态文化基地建设与科学研究结合，用独特的旅游文化吸引盟内外人士，使保护区成为西乌旗旅游业的品牌，带动西乌旗旅游业的发展。
乌珠穆沁盆地共有9条河流，源于保护区的河流就有5条，涵养着乌珠穆沁盆地70%的河流，是乌珠穆人民的生命线。保护区也是锡林郭勒盟具备申报森林生态类型保护区的自然保护区。
古日格斯台自然保护区晋级成功对保护西乌旗以及周边地区的生态环境，保护珍贵的野生动植物资源，乃至维系锡林郭勒草原的生态平衡都具有划时代的意义。
