1998年建立自然保护区
2005年，阿鲁科尔沁自然保护区经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
阿鲁科尔沁国家级自然保护区位于内蒙古自治区阿鲁科尔沁旗东部，距旗政府所在地天山镇60公里。保护区地跨赛扎嘎斯台镇、坤都镇、罕塔拉苏木、罕苏木4个苏木镇，南与该旗道德镇接壤，东与通辽市扎鲁特旗毗邻。地理坐标东经119°55′02″-120°41′27″，北纬43°48′30″-44°28′31″。
保护区共有7个植被型，54个群系，主要植被类型有水生植被、沼泽植被、草甸植被、草原植被、丘陵坡地半灌木丛植被、丘陵坡地灌丛植被和沙地复合植被。从景观水平看保护区共有四大景观区域过程，北部为波状起伏的丘陵山地灌丛草原景观，北部及东南部为众多湖泊群即由河流发育成的湿地景观，保护区境内连绵起伏的沙地草原景观，保护区沙地景观中分布有退化的典型草原景观，在不同的区域中分布草原，湿地，林地的生态系统，草原生态系统分布有疏林灌丛草原，典型草原，羊草草原等。
保护区河流系统主要有乌力吉沐沦河和黑哈尔河两大河流，并在保护区东南部汇合，汇入西拉沐沦河，两大河流年均径流量分别为1852万立方米，9436万立方米，其境内河流总面积5471.2公顷，占保护区面积的4.0%，占湿地面积的20.7%。
保护区总面积达137298公顷。其中核心区面积为48989.75公顷，占自然保护区总面积的35.81%。核心区分南北两个，南部扎嘎斯台核心区
面积27177.0公顷，北部坤都核心区面积21812.75公顷。缓冲区面积42320.85公顷，占总面积的30.94%。实验区面积45483.03公顷，占总面积的33.25%。
保护区境内湿地总面积为26412.8公顷，占保护区总面积的19.20%，湿地生态系统主要包括湖泊系统、河流系统和沼生系统三种类型。保护区境内分布的湖泊总面积为4463.7公顷，占保护区面积的3.25%，占湿地总面积的17.2%，它由分布于保护区境内的哈日朝鲁诺尔、阿日包力格诺尔、益和他拉诺尔、浑尼吐诺尔、达拉哈诺尔、图布力泡子等几十个常年积水泡子及数百个小泡子组成湖泊群。
阿鲁科尔沁国家级自然保护区是一个以保护沙地草原、林地、河流、湖泊、沼泽型湿地等多样的生态系统及珍稀鸟类为主的综合性自然保护区。
保护区内已查明野生维管束植物63科186属271种。有药用植物198种站保护区植物的72%。有优良牧草38种，有观赏植物13种。
保护区有鸟类14目37科151种，哺乳动物6目13科30种；有鱼类3目5科13种；有昆虫类19目134科616种。保护区不仅在国内鸟类栖息中具有重要地位，而且是重要的鸟类迁徙基地。保护区鸟类资源丰富世界受胁种有鸿雁，丹顶鹤，白枕鹤，大鸨，黑嘴鸥，遗鸥等，国家一级保护鸟类有丹顶鹤，大鸨，遗鸥三种，国家二级保护鸟类有燕隼，红隼，大天鹅，小天鹅，秃鹫等28种。属于珍稀野生动植物国际贸易公约附表所列的鸟类有金尾鸭，琵嘴鸭，绿翅鸭等8种。被列入中国生物多样性保护行动计划中的鸟类物种多样性保护有系系列的有白枕鹤，灰鹤，鸳鸯，雀鹰等29种。
（以上数据截至2013年）
1998年建立自然保护区后，成立了自然保护区管理局，保护区内的建设与管理受到前所未有的重视。阿鲁科尔沁旗政府在财政十分困难的情况下，投入400多万元资金，将生活在自然保护区核心区的216户牧民统一迁出了保护区。
2010年3月11日，为了更好地落实旗委、旗政府的生态工作会议精神，阿鲁科尔沁旗环保局、阿鲁科尔沁国家级自然保护区管理局、坤都镇、赛罕塔拉苏木等单位联合开展宣传活动，对生态方面的政策、有关法律法规进行宣传。
根据中国政府与日本政府签订的中日保护鸟及其栖息环境协定有81种列为保护鸟类。保护区内有100种鸟类列入国家保护的有益的或有重要经济科学研究价值的野生动物名单，占自然保护区鸟类总数的66%。并且珍稀濒危鸟类的种类多数量大具有极高的保护价值。
由于阿鲁科尔沁保护区境内水源丰富，湿地众多，分布有多样的生态系统和丰富的物种资源，使之成为科尔沁沙地北部的天然生态屏障，是科尔沁沙地重要的水源涵养、防洪调蓄和水源供给区域，是鸟类南北迁徙的重要通道和驿站，同时也是众多珍稀鸟类的重要繁殖区，更是环境演化的敏感区域，自然保护区对科尔沁沙地的气候调节、生态平衡和植被恢复都具有十分重要的意义，保护对象具有重要的国家级保护价值。
