1997年江西省崇义县人民政府建立了齐云山县级自然保护区。
2004年江西省人民政府将其批准为省级自然保护区。
2012年1月21日国务院批准将齐云山自然保护区晋升为国家级自然保护区。
齐云山自然保护区溪河纵横，河流密布，2km以上的河（溪）流有13条，累计长度70.4km。各河流名称及长度分别为：新地河12.5km，桶江河8.5km，十八垒河7km，冬瓜坪河6km，均源河5.2km，横河、杨柳洞河、诸广山河各5km，大水坑河4. 5 km，雪竹窝河4.2km，茶坑河3km，石盘山河2.5km，正井河2km，上述河流均汇入上犹江后入章江、赣江。这些河流的年总径流量约4.3亿m³，平均流速2.11m/秒，平均水面宽8.03m，平均水深1.0m。由于区内人类干扰较少，水质均为Ⅰ类。
齐云山自然保护区海拔最低为300m，最高为2061.3m，即齐云山顶峰，为赣南最高峰，江西第四高峰，相对高差达1761.3m。区内群山叠起，溪河纵横，超过海拔1200m的山峰有35座，其中1500m以上有18座。地貌形态类型以山岳型中山-亚高山地貌为主体，次为中低山地貌；地貌成因类型以花岗岩山岳地貌为主，主体属于构造切割侵蚀 流水浸蚀 风化剥蚀地貌，少量堆积地貌。
齐云山自然保护区地处华夏板块、南岭纬向构造带与罗霄经向构造带的结合地段，区域构造型式呈“⊥”型特点。区内地层出露有新元古代震旦系至早古生代寒武系、奥陶系海相沉积变质岩系（浅变质）和晚古生代的泥盆系，少量第四纪松散堆积物沿冲沟水系或底洼（凹）地零星分布。齐云山自然保护区内岩浆岩以中生代燕山期花岗岩为主，次为早古生代末的加里东期花岗岩。岩石类型多样，有花岗闪长岩、二长花岗岩、钾长花岗岩等；还有比较发育的脉岩，如伟晶岩、细晶岩、辉绿岩等。广泛出露、复杂多样的内部岩浆岩，组成了罗霄山脉中段诸广山复式岩基的一部分，该岩基分别有加里东期的中酸性岩石，燕山中晚期的酸性、酸碱性岩浆岩，碱长花岗岩。区内岩浆活动划分为加里东和燕山两个旋迥。
区内重要古生物化石有寒武纪的海绵骨针、三叶虫、腕足动物化石，奥陶纪的笔石动物化石，泥盆纪的腕足、时代老的鱼类及植物化石等。崇义地区奥陶纪笔石动物群十分丰富，笔石序列完整，与大洋洲和北美洲同期笔石动物群关系密切，而与欧洲同期笔石动物群迥异，属于典型的太平洋笔石动物群。
齐云山自然保护区属中亚热带山地湿润季风气候，四季分明、冬长夏短、春迟秋早，春夏冬3季湿润，秋季干燥，光照适宜。山地立体气候明显，从山麓至山顶相当于横跨亚热带和温带两个气候带，加之独特的地形地貌及保存完好的森林植被，使得保护区在温度、降水和光照等气象要素随海拔的升高呈现出明显的垂直变化规律。
齐云山自然保护区年平均气温为9.5～17.8℃，随海拔高度的增加而降低。一年中各月平均气温7月最高，1月最低；海拔500m以上山区，7～8月平均气温低于25℃，相当于山麓崇义县城5月、9月的平均气温；以平均气温≥22℃为夏季的标准，则自然保护区海拔1000m以上无夏季，海拔800m—1000m地区有夏季但无高温。
齐云山自然保护区无霜期根据海拔高度的不同变幅比较大，海拔300m以下，平均为268天；海拔2000m以上，平均为183天，山顶和山麓相差近80余天。
齐云山自然保护区年平均降雨量1568.7mm。全年最大降雨量以海拔415m的关田为最大，海拔610m的鸡公坝年降雨量最少。
江西齐云山自然保护区位于江西省西南边陲崇义县西北部，地处湘赣两省界山——罗霄山脉的南端，南岭山地北坡，属中亚热带东部湿润型季风气候区。齐云山是罗霄山脉南端诸广山脉主峰，海拔2061.3米，为赣南第一高峰。齐云山保护区地理坐标为：东经113°54′37″—114°07′34″，北纬25°41′47″—25°54′21″，总面积17105公顷。
该保护区现已记录高等植物270科1031属2843种，占全省高等植物总数的55.9%；脊椎动物34目101科394种，占全省脊椎动物总数的46.6%，其中国家重点保护野生植物17种、国家重点保护野生动物50种。保护区还保存有长苞铁杉、大果马蹄荷、五列目、天目紫茎、伯乐树等众多特色植物群落，其中长苞铁杉总面积608.5公顷、总数量超过27万株，极为罕见。此外，保护区还是中国候鸟中部迁徙的重要驿站之一，每年数十万候鸟南迁北返途经此地。
齐云山自然保护区高等植物2843种，隶属于270科1031属，其中种子植物178科847属2422种（裸子植物9科17属20种，被子植物169科830属2402种）；蕨类植物40科85属229种；苔藓植物52科99属192种。在种子植物中，人工栽培52科97属139种，天然分布168科784属2256种（裸子植物7科7属10种，被子植物161科777属2246种）。鉴定出大型真菌40科87属182种。
齐云山自然保护区天然分布的植物中：国家重点保护野生植物（第Ⅰ批，1999年）有17种，其中一级3种，二级14种。这些种类隶属于17科17属，其中蕨类植物2科2属2种，裸子植物3科3属3种，被子植物12科12属12种；列入《中国植物红皮书》（第一批）的种类有20种，其中濒危1种，渐危9种，稀有10种；列入《濒危野生动植物种国际贸易公约（CITES）附录》（2007）的有3科72种，其中兰科多，计74种；列入《IUCN物种红色名录（2007）》的有20种，其中濒危5种，易危8种，低危7种；列入《中国物种红色名录》（2007）的有88种，其中濒危13种，易危37种，近危38种。江西省级重点保护植物（2005年）有140种，其中一级保护植物53种，隶属于紫金牛科、兰科、芸香科3科，以兰科植物多，达51种；二级保护23种，隶属于松科、冬青科等15科，以杜英科（6种）、松科（2种）、千屈菜科（2种）、木兰科（2种）四科较多，其余科均只含1种；三级保护65种，隶属于观音坐莲科、三尖杉科、杜鹃花科、壳斗科、百合科等34科，以樟科（8种）、木兰科（8种）、壳斗科（5种）、山茶科（4种）、蝶形花科（4种）、金缕梅科（3种）等6科，这些科所含种类超过所有三级保护种类的一半。
按中国植被分类系统及分类原则（中国植被编辑委员会,1980），齐云山自然保护区的植被类型归纳为4个植被型组（vegetation type group），11个植被型（vegetation type），70个群系（formation）。按中国植被区划（江西森林编委会,1986），齐云山自然保护区所处的位置是：Ⅳ 亚热带常绿阔叶林区域，ⅣA东部（湿润）常绿阔叶林亚区域→ⅣAii中亚热带常绿阔叶林地带→ ⅣAiib中亚热带常绿阔叶林南部亚地带→I-ⅣAiib-2南岭山地丘陵栲、楠、阿丁枫（蕈树）林、松杉林区 →ⅣAiia-2（14）桃江中游、贡水上游丘陵栲、楠、松杉林亚区（桃江、贡水丘陵森林亚区）。
齐云山自然保护区植被水平分布和垂直分布各有特征。①在水平分布上,地带性植被中亚热带东部湿润性常绿阔叶林分布广、面积大，主要分布于保护区杨柳洞、桶江、横河、冬瓜坪和上、下十八垒，针叶林则主要分布在陡峭的山脊、梁顶，林下灌木和草本层植物的分布也表现出水平方向上的差异。②垂直分布规律不甚明显，但仍可划成几个垂直带，依次是毛竹林（400－1100m）——常绿阔叶林（400-1200m）——常绿-落叶阔叶混交林（1000－1500m）——针阔混交林（1300－1600m）——山顶矮林（1600－1800m）——山地草甸（1800m以上）。齐云山自然保护区森林覆盖率97.6%，其中核心区97.8%，缓冲区98.1%，实验区96.7%。
齐云山自然保护区动物资源丰富，有脊椎动物34目101科394种，其中哺乳类8目20科45种，鸟类17目54科257种，爬行类3目11科48种，两栖类2目7科24种，鱼类4目9科20种。有国家Ⅰ级重点保护动物4种，国家Ⅱ级重点保护动物46种，珍稀濒危动物57种。已记录陆生贝类37种，隶属于10科18属；蜘蛛28科73属171种；昆虫18目162科824属1168种。
针对森林这一生态环境的主题进行保护，坚持生态优先，生态建设与生态保护并重，遵循自然规律；同时，加大林相改造科研投入，有计划有步骤地改造人工纯林，增加阔叶林和混交林的比重，改造林相，恢复和提高林分质量。
开展野生生物资源的本底调查并制定保护规划，切实保护其物种的多样性、遗传多样性以及生态系统多样性。采取就地保护、迁地保护和离体保存相结合的方式保护珍稀、濒危物种，防止物种灭绝。尽可能地降低旅游开发经营给野生生物造成的生存威胁。
齐云山保护区地处南亚热带和中亚热带过渡区域，区内既有大量保护较为完好的南亚热带植被类型，又是中国中亚热带东部森林植被类型保存比较完整的地域，常绿阔叶林生长尤为繁茂，是野生动植物理想的栖息繁衍场所和中国中部夏候鸟迁徙的重要通道之一，更是濒危动植物和许多孑遗植物的避难所。保护区内生态系统组成成份复杂，类型丰富，物种相对丰度较高，珍稀和地域性植物群落多，保存有重要的长苞铁杉、福建柏、五列木、天目紫茎、舟柄茶、伯乐树、兰科植物等原生群落，以及分布广、面积大的大果马蹄荷、南岭紫荆、秀柱花等南岭山地特有植物群落。
因此，齐云山保护区既保留有南亚热带部分森林生态系统的特征，同时又具有十分典型的中亚热带森林生态系统的完整性，是两个区域生态系统的交汇和过渡带。同时，保护区还是中国中部候鸟南北迁徙的重要通道之一。因此，齐云山保护区对研究物种起源和进化、遗传规律、动植物分类、生物地理学具有很高的保护价值和科研价值，也是开展科普宣传和教学实习的良好场所。
