1980年12月22日江西省农委、省农林垦殖厅根据“全省自然保护区区划会议”精神，以《关于江西省自然保护区区划和建设的报告》建议省政府：在全省建立武夷山等6个自然保护区。
1981年03月06日江西省人民政府《批转省农委、省农林垦殖厅关于江西省自然保护区区划和建设问题的报告》同意：在全省建立武夷山等6个自然保护区。
1981年05月06日 赣政发[1981] 22号文批准，成立武夷山自然保护区，隶属于省林业厅，核定编制人数60人。
1982年05月在中共上饶地委、行署的直接领导下，江西省武夷山自然保护区管理处组建完成，开始工作。管理机构设在铅山县桐木关。
1983年05月 经相关各方协商：武夷山自然保护区四至确定，总面积为4572hm2。
1983年08月15日 铅山县人民政府按照划定的自然保护区山界，将林权证发给保护区。
1983年10月15日 赣编办发[1983] 69号文调整编制，减少编制5名，调整后编制55 名。
1984年01月 《江西省武夷山自然保护区管理规定》（试行）制定完成。
1984年05月30日 《江西省武夷山自然保护区管理总体任务设计书》划定黄岗山、余家源2个核心区，面积2649 hm2，占总面积的58%。
1992北京“中国自然保护区优先领域研讨会”上被评为中国40个具有国际保护意义的自然保护区。
1995年 经林业部、全球环境基金批准，武夷山保护区被列为“全球环境基金（GEF）———中国自然保护区管理”项目保护区。
2001年02月 铅山县人民政府确认：将武夷山保护区周边林地11435 hm2划为保护区，使保护区的管护面积达到16007 hm2。
2002年7月经国务院国办发（2002）34号文批准晋升为国家级自然保护区。
2002年10月28日 赣编办发[2002]165号文同意江西省武夷山自然保护区管理处更名为江西武夷山国家级自然保护区管理局。
2002年被国家林业局授予全国自然保护区“先进集体”。
2003年被江西省野生动植物保护管理局授予全省野生动植物管理和自然保护区建设“先进集体”，2001－2003年度全省森林防火工作“先进单位”，闽浙赣毗连地区第四联防区护林防火“先进单位”。
2004年加入中国人与生物圈网络、同年被命名为首批“全国林业科普教育基地”。
江西武夷山国家级自然保护区位于江西省东部，铅山县南沿，武夷山脉北段西北坡，位于北纬27°48′11″——28°00′35″，东经117°39′30″——117°55′47″之间。
保护区总面积由建立之初的4572 hm²扩大至16007hm²，跨铅山县一镇一乡三林场，其中：核心区面积4835hm²，占保护面积的30.2%；缓冲区面积2021hm²；实验区面积9151hm²。
江西武夷山国家级自然保护区位于亚热带东部季风区，年均气温为14.2℃，年均降水量2583mm，最高达3544mm，是江西降水量最高的地方，年平均日照时数964h，年均蒸发量778㎜，相对湿度年平均84%。
江西武夷山国家级自然保护区森林覆盖率92.7%，活立木蓄积量139.5万立方米，乔木林分平均立木蓄积108.4立方米/公顷，核心区、缓冲区林分平均立木蓄积226.4立方米/公顷，是全国平均数的3倍，江西平均数的6.5倍。保护区内特有的植物分布呈明显垂直带状，从低海拔至高海拔依次为毛竹林、常绿阔叶林、常绿落叶阔叶混交林、针阔叶混交林、针叶林、山顶苔藓矮林、山顶灌丛草甸等。
属自然生态系统类自然保护区，主要保护对象为：亚热带常绿阔叶林及其森林生态系统，
脊椎动物有418种，哺乳动物8目25科77种，占江西分布种数的53.1%；两栖动物2目8科25种，占江西分布种数的62.5%；爬行动物3目9科57种，占江西分布种数的74%；鱼类3目9科36种，占江西分布种数的17.6%。
昆虫已鉴定的有15目127科1329种，占江西省已知的森林昆虫的22.5%。
高等植物有2829种（含种以下单位，下同），占江西分布种数的55.4%。其中苔藓植物68科276种；蕨类植物41科248种；裸子植物6科27种；被子植物177科2278种，此外还查明大型真菌22科61种。保护区内先后发现瘤突条大叶蝉、武夷曼蝽、蝽武夷真恙螨、武夷山石楠、武夷山小檗、武夷华千里光、武夷山悬钩子、铅山悬钩子、中华直蒴苔9个新种和武夷山花楸、武夷山空心泡、无刺空心泡3个新变种。
自然保护区管理局为正处级单位，属全额拨款事业单位，编制60人，经费列入省财政，直属江西省林业厅领导。
由中国科学院动物研究所和中国动物学会联合主办的《动物学杂志》，2011年10月份出版的期刊（2011年第46卷第5期第66-78页）中刊登了武夷山保护区专业技术人员撰写的《江西武夷山国家级自然保护区鸟类多样性调查》。
