1957年冬，黄岗山林场并入省属国营黄岗山综合垦殖场。
1963年3月，划出官山建立官山林场，归属宜丰县石花尖垦殖场管理。
1975年8月，由庐山植物园、省、地、县林科所等6家单位组成20人联合调查组，对官山进行本底调查，初步查清官山的木本植物资源，并向省农林垦殖厅提交“江西省建立官山天然林保护区初步方案”。
1975年9月，划定“官山天然林保护区”范围，山林面积0.12万公顷，人员定编10人，全称为“江西省宜春地区官山天然林保护区”，同时挂“宜丰县官山珍贵树种研究所”，实行两块牌子，成为江西省设立的三个天然林保护区之一。
1981年3月6日，省政府批准建立江西省官山自然保护区，是江西省成立早的6个省级省管的自然保护区之一。保护区设管理处，全称为“江西省官山自然保护区管理处”（正县级），直属省农林垦殖厅领导，山林面积0.65万公顷，人员定编60人。
1986年6月，经省政府、省林业厅、宜春地区林业局、宜丰县人民政府、官山自然保护区管理处、石花尖垦殖场共同研究，确定将官山自然保护区山林面积调整为0.22万公顷，于1989年7月22日发给山林所有权证。
2001年初启动申报晋升国家级自然保护区工作，面积扩大为1.15万公顷。2004年底完成全面综合科学考察，并由中国林业出版社正式出版《江西官山自然保护区科学考察与研究》专辑。
2005年5月全票通过国家林业局评审，11月21日全票通过国家环保总局国家级自然保护区评审委员会评审。
2007年4月6日被国务院批准晋升为国家级自然保护区。
位于江西省西北部的宜春市，处于赣西北九岭山脉西段的宜丰、铜鼓两县境内交界，主峰麻姑尖海拔1480米，总面积11500.5公顷，其中核心区3621.1公顷，缓冲区1466.4公顷，实验区6413.0公顷。地理坐标为东经114°29′~114°45′,北纬28°30′~28°40′，总面积11500．5公顷。
官山位于中亚热带温暖湿润气候区，四季分明，气候温和。境内小气候效应明显。
具体保护范围：东自九岭山主山脊1261.1米山峰，沿山脊经1130.1米点、新寨1205.4米山峰至猪栏下以北的566.3米山峰；南自猪栏下以北的566.3米山峰，经939.9米山峰、竹山下549.8米点、过防火线，经727.8米点，沿东河下，经朱家坪，沿西河上，经三棚、野猪窝至944.1米杨树山峰；西自944.1米杨树山峰沿九岭山脉主脊经长窝里412.4米点、直坑306.6米点、陈家排、至大埂里北面526.2米山峰；北自大埂里北面526.2米山峰沿山脊过操坑河，经榨树下、杉木垄、上根竹、禾杆洞、麻姑祠、万家坳、林家坑、沿河直上经双港口交叉河接九岭山主脊1261.1米山峰。
官山自然保护区属亚热带常绿阔叶林森林生态系统，是野生生物类野生动物类型的自然保护区。
保护区内野生动物丰富，脊椎动物300余种，昆虫1600余种，珍稀动物主要有白颈长尾雉、黄腹角雉、云豹、金钱豹、黑麂、金猫、大灵猫、小灵猫、猕猴、短尾猴、豺、白鹇、勺鸡、仙八色鸫、小鸦鹃、穿山甲、鸳鸯、虎纹蛙、硕步甲等，再加上猛禽、蝴蝶及其他珍贵昆虫，共有几百种。国家重点保护的野生动物有白颈长尾雉、黄腹角雉、云豹、豺、白鹇、勺鸡、普通鵟 、仙八色鸫、小鸦鹃、猕猴、大灵猫、小灵猫、金猫、穿山甲等37种。
区内野生植物有高等植物2344种，其中珍稀植物主要有银杏、南方红豆杉、伯乐树、穗花杉、银钟花、长柄双花木、伞花木、香果树、野大豆、花榈木、凹叶厚朴、闽楠、毛红椿等200余种，属于国家重点保护的植物：南方红豆杉、伯乐树、长柄双花木、伞花木、篦子三尖杉、香果树、野大豆、花榈木、凹叶厚朴、闽楠、香樟、毛红椿等20种。
自然保护区成立官山自然保护区联合保护管理委员会，制定自然保护管理暂行规定，共同维护保护区及周边生态环境的协调发展。江西官山国家级自然保护区管理处拥有一支年轻的具有较高素质的专业巡护队伍和科研队伍。营造绿色防火林带5千米，开辟防火道1.2万米，巡护步道2万米，并每年进行维修。投资16万元，购置专业扑火设备，组建了一支精干的森林专业扑火队伍。利用“爱鸟周”、“野生动物保护宣传月”，做好社区中小学生及保护区周边群众的宣传教育工作，提高他们对自然保护区的认识和野生动植物的保护意识，积极营造和谐的外部发展环境。加强巡护和社区共管，严格规范执行省林业厅授权委托的林业行政执法，依法查处保护区破坏森林资源的违法案件，切实维护保护区森林资源的安全。1999年被国家环保总局、国家林业局、国土资源部、农业部等四部委授予全国自然保护区管理先进单位光荣称号。
组织机构健全，职能明确，制定了完善的规章制度，形成了规范的管理体系。除制定《党务制度》、《政务制度》外，还制定《巡山护林报告制度》、《巡山工作细则》、《科技合作管理规定》、《外事接待管理办法》、《旅游工作管理规定》等行之有效的内部管理制度。
保护区是江西省林业厅授权委托的林业行政执法单位，严格按照《中华人民共和国野生动物保护法》、《中华人民共和国森林法》、《自然保护区条例》和《森林和野生动物类型自然保护区管理办法》及其他相关法律，规范执行省林业厅授权委托的林业行政执法行为，依法查处保护区内破坏森林和野生动植物资源的违法案件。建立《行政执法手册》和《行政执法监督管理办法》等规章制度，采取预防为主、打防结合的方针，联合当地森林公安，对保护区及其周边破坏自然资源行为进行坚决打击。截至2011年，共查处违法案件121起，处理涉案人员253人。
2011年，官山国家级自然保护区野生动物监测新发现两个新物种，一个是通过野生动物固定摄像监测发现的蛇雕，另一个是通过野生动物日常观察发现的白颈鸦，两个都是保护区鸟类记录中未有的种类。
1983年至1985年，在开展种子植物资源调查的基础上编写完成《官山自然保护区植物名录》；1986年至2003年，开展野生猕猴的驯养繁殖及应用研究，攻克了猕猴繁育难关，发表猕猴繁育等方面的研究论文10余篇；1989年至1990年，南京林业大学硕士研究生郝日明对植物资源进行考察，发表《赣西北黄岗山地区植物区系研究》论文；1988年至1989年，华中师大硕士研究生黄立新对草本植物资源进行考察，完成《官山草本植物名录》；1992年，与江西师大化学系合作对官山自然保护区木兰科植物进行香精提取与分析研究，发表学术论文3篇，为木兰科植物开发利用打下了基础；2001年至2004年，在北京大学、北京师范大学、浙江大学、南昌大学、国家林业局中南规划设计院、江西省地质调查研究院、江西省森林病虫害防治站等19个科研单位专家的大力支持和参与下，对保护区的自然资源、自然条件、社会经济状况、保护区价值等进行全面综合科学考察，完成并出版《江西官山自然保护区科学考察与研究》专辑。
开展中科研项目有：与浙江大学丁平教授合作开展国家自然科学基金（2005至2007年）项目《白颈长尾雉的扩散与栖息地片段化》；白颈长尾雉种群保护和监测研究；中国特产雉科鸟类生境选择及保护研究；野生猕猴种群保护和人工野外驯养项目；森林生态效益补助资金试点项目；天然麻栎林种群监测与恢复项目。
