1983年10月保护区成立，1985年12月晋为省级自然保护区，1992年10月经国务院批准而升为国家级自然保护区。
吉林伊通火山群国家级自然保护区位于吉林省中南部的长春市、四平市、公主岭市和伊通满族自治县、三市一县九个乡镇境内，北靠长春市，南与辽源市接壤，西临公主岭市，东与双阳市和磐石市毗连。地理坐标为东经124°50′—125°22′，北纬43°14′—43°35′，分布面积达600余平方公里，区内的16座火山锥及周围的划定区域，总面积764.8公顷，其中核心区405.8公顷，缓冲区359公顷。
保护区位于辽吉山地与松辽平原的过渡地带，东部为辽吉山地，山地高度向东逐渐增加，海拔高度一般大于500m，属于中山丘陵；西部为北东向延伸的大黑山地垒山，海拔高度一般低于500m，属于低山丘陵。伊通火山群处于我国东部巨型构造—郯庐断裂带的北延段主要分支断裂带内，即伊舒地堑盆地内。火山锥体形似钟乳峰拔起，沿北东方向，成两列分布在伊通盆地的平川之上。主要地貌类型有：断块山地、断陷平原、地堑盆地和垒山等。海拔高度一般在300—600m之间，相对高度在200m左右。
保护区所在地区，属北温带大陆性季风气候，主要特点是春季风大干燥，夏季湿热多雨，秋季天高气爽，冬季寒冷漫长。年均气温4.7℃，极端最高温度为35℃，极端最低温度为38℃；多年平均降雨量为630mm；常年多东南风，多年平均风速为3.22m/s，无霜期为120—130天。
伊通河从西南向北曲折流经本区，水深（大）2.5m，年均流速5m/s，流域面积为398.3km2，隶属饮马河水系；孤山河和小孤山河属东辽水系，其流域面积、流速、流量均较小。
保护区内主要土壤类型有白浆土、黑土、棕壤、沼泽土、冲积土、泥炭土和石质土等11种土类。
保护区主要保护对象是基性玄武岩“侵出式”这一独特的火山成因机制、奇特的火山景观。
保护区内16座火山锥体都是孤立而分散的，从保护价值的角度，把它们分成三个保护级别。在分类保护的基础上，根据国家对保护区功能区划的规定，结合地质遗迹类自然保护区的特点和本区的实际情况，把火山锥体的保护范围按照其出露的规模，划分为核心区和缓冲区，总面积为764.8公顷。
核心区：以每座火山锥体的基座范围划定为核心区，面积为405.8公顷，占保护总面积的53.1%。
缓冲区：每座火山锥体基座向外围延伸一定的范围（500米）作为缓冲区，总面积为359.0公顷，占保护总面积的46.9%。
伊通火山群自然保护区管理局成立于1985年9月，其前身是伊通火山群自然保护区管理所。为吉林省环境保护厅下属正处级事业单位，核定处级领导职数2名（一正一副），管理局内设行政管理办公室、技术科、管护科，下设4个基层管理站。
保护区管理局下设的各科室分工明确，职责清晰，责任落实到人。制定了严格的岗位责任制，实行了局、科、站三级专业管护网络，使日常管理、运行得到了充分保障。成立保护区管理局后，该局认真开展了保护区日常监测、监视和保护、建设工作，聘请了有关专家对保护区内16座火山锥体进行了踏查、测量，并绘制出图件，合理地划定了保护区区界，埋设了标桩，在全国自然保护区中率先完成了划界立标工作。
保护区是国内外科研单位和大专院校进行科研、科考和教学实习的基地，是开展科普教育和人才培养的重要场所。美国国家联邦地质调查局、法国巴黎第七大学、日本京都大学、广岛大学、意大利罗马大学、西班牙扎拉构扎大学、加拿大哥伦比亚大学、俄罗斯海参崴国立科 技大学、美国铁雪伦石油公司、德国汉诺威古生物研究所及第三十届地质大会的东北科考小组等，都数次来保护区进行科研、科考活动。国家环保总局、国家地矿部、农业部、国家民委、国务院编委、中顾委、全国人大、国家地震研究所、中科院地研所、东北师大、吉林大学、长春科技大学等领导同志，各界知名人士、科研单位及大专院校师生先后来伊通火山群进行科研、科考、科普与教学活动。
伊通火山群形成于新生代第三纪渐新世至上新世，距今约有3380万年——870万年，该火山群保存着大量的深源橄榄包体，其丰富程度和标准是中国国内和国际上其它火山所不具有的。
