四平山门中生代火山国家级自然保护区始建于2000年9月。
2001年4月成立了吉林省四平山门中生代火山自然保护区保护区管理局，是隶属吉林省国土资源厅的副处级事业单位，负责保护区资源的保护、开发、研究、管理和建设，并于2002年底被吉林省政府批准为省级火山地质公园。
2013年12月25日被列为国家级自然保护区。
四平山门中生代火山国家级自然保护区位于吉林省四平市东南山门镇至叶赫镇之间。京哈、长通、长图、平齐、四梅线铁路和长大高速、102国道、103国道、303国道均至四平。距四平市7公里。
四平山门中生代火山国家级自然保护区由三个独立区块组成，即:二郎山，地理坐标东经124°25′29″~124°~25′46″，北纬43°04′38″~43°04′56″，面积15公顷;砬子底下北山，地理坐标东经124°26′14″~124°26′54″，北纬43°04′23″~43°04′46″，面积47公顷;砬子底下东山，地理坐标东经124°26′58″~124°27′51″，北纬43°03′56″~43°04′30″，面积61.2公顷。保护区总面积为123.2公顷。其中核心区面积为40.3公顷，实验区面积为82.9公顷 。
四平山门中生代火山国家级自然保护区中生代白垩纪流纹岩火山地貌基本上保持着典型的古火山原貌，以熔岩丘为主，地貌形态呈不规则圆锥状、舌状及砻状。柱状节理发育部位常出现断崖峭壁。本区地壳相对稳定，地震烈度≤6度。
截止2014年，四平山门中生代火山国家级自然保护区已知野生植物164种，分属于43科。其中真菌植物门3科6种，苔藓植物门3科3种，蕨类植物门4科5种，裸子植物门1科3种，被子植物门32科147种。
截止2014年，四平山门中生代火山国家级自然保护区野生动物已知有105种，分属于15目32科。其中鸟类9目22科85种，其它动物6目10科20种。
四平山门中生代火山国家级自然保护区属于地质遗迹类型自然保护区，主要保护对象为中生代白垩纪流纹岩特殊的火山地质构造及典型火山地貌景观。
四平市铁东区山门镇至梨树县叶赫镇约49平方公里的范围内，分布着具有1亿1千万年地质演化历史的中生代火山锥群。其流纹岩柱状节理发育完善，除了立方柱外，还有五方柱、六方柱等多样性的排列组合。
吉林省机构编制委员会办公室2001年4月17日以吉编办[2001]58号文件批准成立四平山门中生代火山自然保护区管理局，2002年4月挂牌，隶属于吉林省国土资源厅的全民所有制事业单位。
为了加强对山门一带珍贵地质遗迹的保护和开发，2000年9月，吉林省政府批准成立了四平山门中生代火山自然保护区;2002年12月，又批准成立了吉林省第一家省级地质公园--四平山门中生代火山省级地质公园。几年来，有关部门 在保护区设立了专职保护信息员，及时反馈区内保护管理工作动态、报告突发事件;与当地政府和驻军签订共建共保协议，加 强了对保护区内土地、矿产资源的集中管理和动态巡查;对影响保护、破坏环境的采石场，进行了重点清理整顿，对越界开采 、边探边采、非法转让采矿权的矿山企业，进行了重点治理整顿，先后关闭采石场8家、强制迁出4家。在基础设施建设方面 ，对保护区核心区域进行清理平整，先后清理碎石近万立方米，并设置永久性标语牌18块。
四平山门中生代火山国家级自然保护区在地球演化的漫长地质历史时期，由于内外动力的地质作用，形成、发展并遗留下来的珍贵的、不可再生的地质自然遗产。地球在漫长的地质历史演变过程中，由于内外力的地质作用，形成了千姿百态的地貌景观、地层剖面、地质构造、古人类遗址、古生物化石、矿物、岩石、水体和地质灾害遗迹等，其中具有独特性和典型价值的，便成为人类所关注的地质遗迹。据专家介绍，这在世界范围内也是稀有的。
