1982年，东洞庭湖国家级自然保护区保护区成立。
1992年，加入“国际重要湿地公约”，是中国加入“国际重要湿地公约”的六大国际重要湿地之一。
1994年，经国务院批准升格为国家级自然保护区。
2018年2月8日，国务院同意调整东洞庭湖国家级自然保护区的范围，调整后保护区的面积、范围和功能分区等由环境保护部予以公布。
湖南东洞庭湖国家级自然保护区，位于长江中游荆江江段南侧，处于岳阳市、岳阳楼区、君山区、华容县、岳阳县、屈原区境内，介于北纬28°59″至29°38″，东经112°43″至113°15″之间，濒靠湘北历史文化名城岳阳市。
湖南省东洞庭湖国家级自然保护区地势低平，向北倾斜，坡度3%左右，整体地貌为起伏很小的浅盆状平原。湖东岸为丘岗地，一般海拔高度40-80m，为常绿阔叶林掩映下的城市地貌。湖西岸为河湖物积平原，一般海拔30m-36m，沿湖岸海拔30m左右围筑大堤，堤内为平坦的田园化农耕区。湖盆区向北东方向倾斜，海拔30-10m，丰水期为水面掩盖，随着水位下降，依次露出平缓的苇滩、草地、泥涂、沙洲。
湖南省东洞庭湖国家级自然保护区位于中亚热带过渡气候区，由于受东亚季风和江湖庞大水体的影响，具有湿润的大陆亚热带季风气候的温和湿润、光热充足、多风多雨、四季分明的气候特征。
由于该区地处亚热带湿润气候区，因此日照充足，雨量充沛，年均气温17C°,最高年份为17.8 C°，最低年份16.2 C°。年际变化较稳定。该区多年平均降水量1200至1300毫升，年降水日数135—160天，年降雪8—11天，积雪5—8天，无霜期285天。
东洞庭湖是洞庭湖湖系中最大的湖泊，年平均过湖水量达3126亿立方米。常年湖容量178亿立方米，水深4－22m，最大水位落差为17.76m，ph6.8-8.6。它的地貌呈沟港纵横的湿地景观。土壤为湖沼土和河沼土。年平均气温为17℃，湖水年平均温度17.5℃，总降水量1200-1330mm，无霜期258-275天。
湖南东洞庭湖国家级自然保护区北起长江湘鄂两省主航道分界线，南至磊石山，管理范围包括整个东洞庭湖及其近周平原岗地。保护区周围可分为湖东城市环境和湖西平原。保护区总面积达19万公顷，其中核心区面积2.96万公顷，缓冲区面积3.58万公顷，实验区面积12.46万公顷。
湖南东洞庭湖国家级自然保护区，主要保护洞庭湖湿地生态和生物资源，
湖南省东洞庭湖国家级自然保护区属泛北极植物区，中国-日本森林植物亚区。保护区有维管束植物159科1186种，其中被子植物135科1129种，裸子植物5科25种，特别是在不到1km2的君山发现刚竹属植物达16种，被认为是湖南省刚竹属变异丰富的地区。
东洞庭湖有丰富的沉水、浮水和挺水植物。记录到131种水生植物，隶属40科，75属。常见的沉水植物包括苔草、黑藻、浮水植物有莲、芡和浮萍；挺水植物有水烛和芦苇等。湿地周围是稻田和其他农作物。
湖南东洞庭湖自然保护区是世界自然基金会认定的全球200个生物多样性热点地区之一，依赖其生存的物种非常丰富，历年来监测记录到的鸟类共338种，其中国家一级保护的有白鹤、白头鹤、白鹳、黑鹳、大鸨、中华秋沙鸭，白尾海雕7种，二级保护的有小天鹅、鸳鸯、白枕鹤、灰鹤、白额雁等47种；淡水鱼类117种，其中国家一级保护的有中华鲟、白鲟2种，二级保护的有鳗鲡、胭脂鱼2种；淡水哺乳动物有国家一级保护的白暨豚和二级保护的江豚；其它水生动物68种。
1994年，湖南东洞庭湖自然保护区通过洞庭湖国际观鸟节、岳阳论坛、洞庭湖湿地生态公园、洞庭湖生态保护基金等一系列工作，加强自然保护区的管理。被国家林业局授予“全国自然保护区示范单位”，中国野生动物保护协会授予“中国观鸟之都”。2007年12月，由五大洲14个国家参加的湿地保护与可持续利用——岳阳论坛，发表了湿地保护史上具有里程碑意义的《洞庭湖宣言》。
洞庭湖水面不断缩小，水位较往年同期下降；越冬的鸟类数量减少；水鸟栖息地环境质量下降；水生生物减少。
湖南省岳阳县渔政局发出禁渔通知，每年4月-6月为严格的禁渔期；保护区加大管理力度，加强宣传教育，借势包装和营销，加强与观鸟组织合作，培育观鸟旅游市场打造东洞庭国家湿地公园平台；统筹规划布局，合理有序开发，减少湿地破坏 加强跨地区跨部门合作，保护环境，减少和治理污染。
洞庭湖是由林业、农业、环保、国土等部门多头管理，各部门的协调存在一定的问题 ，所以要加强跨部门合作；另外由于三峡大坝的建设对洞庭湖的水位有一定的影响，也要考虑到跨地区的合作，建立和完善保护资源的联合办公和执法机制，加大执法力度 。
建立冬季洞庭湖科学生态调水机制，合理确定洞庭湖生态保障水位，成立科学调水机构，建立生态水位预警预案。比如长江流域建立一个统一的水位动态调节机制。
湖南东洞庭湖自然保护区主要保护洞庭湖湿地生态环境和生物资源，每年在这里栖息的雁、鸭等水鸟达数百万羽，其中有超过全球种群数量60%的小白额雁，是保护区为典型的迁徙候鸟之一。该区域在东北亚鹤类迁徙网络、东亚雁鸭类迁徙网络和东亚——澳大利亚涉禽迁徙网络等区域物种保护网络中也具有十分重要的地位，被誉为 “拯救世界频危物种的希望地”和“人与自然和谐共处的典范”。
采桑湖，位于东洞庭湖国家级自然保护区内，是东洞庭湖的万亩内湖。这里曾经碧波万顷，被称为“候鸟天堂”，如今却被镇政府以每年370万元的价格出租，沦为一片蟹池藕塘。
与采桑湖一堤之隔，是东洞庭湖国家级自然保护区的“核心区”，这里被严格保护。但采桑湖，却被划为“实验区”，生态地位和岳阳楼一样。实验区，就意味着采桑湖允许被“适度开发”。
