保护区于1982年建立， 2001年6月批准为国家级自然保护区。
保护区自1982年建区以来，就已开展以打击偷盗猎、防止乱挖乱采的巡护工作，野外工作以该项活动为主一直开展至1998年底，期间，在1984年－1987年与世界自然保护基金会合作在区开展进行了大熊猫、亚洲黑熊的生物，生态学研究工作；自1999年开始，保护区在省林业厅指导下，与WWF合作，开始进行大熊猫及其栖息地监测工作，这也是中国保护区建区以来开展野外监测工作。
自2000年开始，保护区纳入天然林保护工程，中国保护区又开展了以天然林保护为重要内容的野外巡护工作。
2001年起，先后有德国GTZ项目、德国KFW项目、以及GEF项目在区开展，逐渐将以社区为基础的保护理念引入中国保护区的保护管理活动中，先后在周边社区开展了野生动物危害庄稼的监测、环境教育、社区经济情况调查、以及扶持周边社区经济发展等多项社区工作；为不断提升保护区保护管理水平。
2001年起，合作开展了野外红外自拍相机安放以及亚洲黑熊生态学研究（该项目尚在进行），并在区开展了多期野生动物保护管理培训班，为多个保护区培训了一大批业务骨干。
保护区位于湖南省西部永顺县境内，地处武陵山西端。
区内常态地貌（浸蚀流水地貌）和岩溶地貌同时发育，河流侵蚀切割强烈，地青破碎，起伏大，呈山地、山原、丘陵、岗地及向斜谷地等多种类型。水平方向由西北部砂页岩侵蚀构造山地谷地到中部碳酸岩溶蚀构造山原山地，再到东南部变质岩侵蚀构造中山山地，具有岭谷相间，平行排列和明显的水平地域分异规律；在垂直方向上，随地势增高，由现代河床、溪谷平原到岗地、丘陵再到山地山原，具有多层性和成层分布的规律。
境内崇山峻岭，永龙山呈弧形雄居县境西北，人头山蜿蜒东南，其间普岸山、万福山、蟠龙山、四方界、羊峰山、方石岩等山脉曲绕相连，组成斜“S”型，地势依此向东北部澧水和南部酉水梯级下降，构成了不对称“鞍状”的地貌形态。境内山峦叠嶂，溪谷纵横，最高羊峰山海拔为1437.9米，最低小溪鲤鱼坪的明溪海拔为162.6米，高低相差1275.3米，地势比降为44.6%。
保护区为深切割的中山山地，区内山峦起伏，走向复杂。地层以变质岩为主。
气候年均温11～12℃，无霜期较低处为250天，800米以上为200天；年降水量1300～1400毫米，湿度大、云雾多。
成土母质为砂页岩，土壤肥力高，适宜林木生长。
鱼泉溪、小岔溪贯穿全区，汇合后流入酉水河。
总面积26347.6公顷，其中核心区 9933公顷，森林蓄积总量222.35万立方米，保护区已划分为核心区和外围区。辖19个行政村，88个村民小组，2163户8572 人，属全球重点保护的200个生态圈之一，是世界少有、中国独有、中南十三省幸存的免遭第四纪冰川侵袭的低海拔常绿阔叶原始次生林。
主要保护山地常绿阔叶林生态系统。
保护区植物有1500多种。其中木本植物有419种。区内交通闭塞，原生低山阔叶林保护较好，这在中亚热带是难得的。常绿阔叶林多分布在海拔400～800米，沟谷以钩栗、宜昌润楠、猴欢喜、仿栗等为主，山坡上以甜槠、石栎、南岭栲、银木荷、枫香为主。林内藤本植物较多，大树上有粗藤缠绕，为多层次、多树种混交林。林相整齐。地势平缓处以马尾松、杉木为第一林层的针阔叶混交林，其中合围大的古杉木不少。植物组成除以樟科、山茶科、壳斗科、木兰科为主的常绿树外，还有许多漆树科、槭树科、椴树科、杨柳科、榆科、杜仲科、连香树科、茜草科、珙桐科、胡桃科和桦木科的落叶树种，是湘西青冈、湘西石栎等21种植物模式标本的产地。 国家保护的珍稀濒危植物有18种，一级有珙桐；二级有巴东木莲、银杏、水青树、伯乐树、连香树、香果树、杜仲、鹅掌楸；三级有楠木、闽楠、黄杉、银鹊树、领春木、白辛树、华榛长苞铁杉等。区内有纤维植物150多种，油料植物120多种，干果类100种，香料植物100余种。长苞杉多分布在海拔900米以上的陡坡悬崖之上，顶风傲雪，极耐干旱贫瘠。银鹊树多分布在海拔800米以下的山坡沟谷中，冠幅小，呈块状分布。竹坪村有一棵大银杏，树高30米，胸径1.4米。区内楠木种类特别多，有闽楠、湘楠、紫楠、白楠、润楠等16种，故有“楠木之乡”的美称。猴欢喜：杜英科。常绿乔木，高达12米。叶聚生小枝上部，花绿白色，数朵生于小枝顶端或小枝上部叶腋。蒴果木质，卵球形，密生刺毛，裂成五或六瓣。种子有黄色假种皮。木材供板料、器具等用材。
有脊椎动物208种，隶属23目70科，昆虫19目144科738种，有天敌昆虫9目 27科159种，其中有金钱豹、云豹、白颈长尾雉等国家一、二级保护动物36种。国家重点保护动物，一级有黑麝；二级有林麝、虎纹蛙等。 林麝是麝属中体型小的一种。体长70厘米左右，肩高47厘米，体重7千克左右。雌雄均无角；耳长直立，端部稍圆。雄麝上犬齿发达，向后下方弯曲，伸出唇外；腹部生殖器前有麝香囊，尾粗短，尾脂腺发达。四肢细长，后肢长于前肢。体毛粗硬色深，呈橄榄褐色，并染以橘红色。下颌、喉部、颈下以至前胸间为界限分明的白色或橘黄色区。臀部毛色近黑色，成体不具斑点。有人认为它是原麝的一个亚种。
生活在针叶林、针阔混交林区。性情胆怯。过独居生活；嗅觉灵敏，行动轻快敏捷。随气候和饲料的变化垂直迁移。食物多以灌木嫩枝叶为主。发情交配多在11～12月份，在此期间，雌雄合群，雄性间发生激烈的争偶殴斗。孕期6个月，每胎1～3仔。国内已有养殖，雄麝所产麝香是名贵的中药材和高级香料。
小溪国家级自然保护区具有很高的科学研究价值，被权威专家学者考察论证为中南十三省免遭第四纪冰川侵袭的原始次生林天然资源宝库。景区是以原始次生林、峡谷、峰林地貌景观为特色的生态旅游区，区内林海浩渺，树木葱郁，森林覆盖率达到92.5%，负氧离子浓度高，空气清新，环境宜人。林海缝隙中险峡深涧，飞瀑流泉，奇峰拔地，鸟鸣猿啼，间或偶现一两栋土家木楼，鸡鸣犬吠，民风淳朴。小溪生态旅游景区自然人文风光原始古朴，是理想的休闲度假、探险旅游胜地。
