湖北巴东金丝猴国家级自然保护区的前身是巴东县沿渡河金丝猴自然保护小区，于2002年经省人民政府批准设立，保护区面积3000公顷，为动物栖息繁殖类型自然保护区。
2010年，省人民政府批准建立湖北神农溪省级自然保护区，保护区面积扩大为20909.99公顷，为森林生态系统类型自然保护区。
2013年5月，更名为湖北巴东金丝猴省级自然保护区。
2014年12月，湖北省巴东金丝猴自然保护区通过了国家自然保护区评审。
2016年5月，经国务院审定，巴东金丝猴被列为国家级自然保护区。
保护区西距重庆巫山10公里，南距长江15公里，总面积20909.99公顷，其中核心区9580.38公顷，缓冲区3009.17公顷，实验区8320.44公顷。区内最高海拔3005米，最低海拔240米，森林覆盖率82.73%。范围涉及沿渡河镇和溪丘湾乡共20个村。
行政上涉及巴东县沿渡河镇小溪、茅芋坪、送子园、石东坡、芋头沟、茶园等村。保护区总面积10150公顷，其中核心区6354公顷，缓冲区1398公顷，实验区2398公顷。
湖北巴东金丝猴国家级自然保护区位于湖北省巴东县北部，大巴山东缘，处于中国西部高山向东部低山的过渡区域，北与神农架林区相连，东与兴山县接壤，西与重庆市巫山县接壤，南临国家5A级神农溪旅游景点。保护区地理坐标为东经110°15′40″-110°26′39″、北纬31°17′57″-31°23′54″之间。
保护区位于中国地势第二阶梯的东部边缘，由大巴山脉东延的余脉组成中高山地貌，山脉走向与区域地质构造方向线一致，呈近东西方向延伸；地势西南低东北部高，由北向南逐渐降低。区内山势高大，山峦重叠，山坡陡峻，河谷深切，峡谷纵横，绝壁高悬，山峰挺拔，气势雄伟。小神农架主峰海拔高3005m，西北抵大神农架，南倾斜抵沿渡河岸。
保护区属亚热带季风气候区，由于海拔较高，雾重湿大，冬夏相等，春秋平分。高山气候具有明显的垂直差异性和立体多变性，随着海拔高度的差别而呈现某些规律性变化。
巴东金丝猴国家级自然保护区以金丝猴为主要保护对象，兼顾森林生态系统多样性保护的野生动物类型自然保护区。
保护区有国家Ⅰ级重点保护野生植物红豆杉、珙桐、光叶珙桐等3种，Ⅱ级有篦子三尖杉、连香树等18种。保护区共有维管束植物183科754属1521种，占湖北省维管植物的25.22%。其中蕨类植物26科50属94种、裸子植被6科17属26种、被子植物151科687属1401种。 [10]
该保护区有陆生脊椎动物348种，其中国家一级重点保护野生动物有金丝猴、林麝、金钱豹、金雕4种，二级有林麝、黑熊等53种。活动在保护区内的金丝猴有800只以上。
保护区由湖北巴东金丝猴自然保护区管理局管辖。
2016年2月，向孔辉任管理局局长。主持保护区管理局工作。
邓正双任管理局副局长。负责机关工作，财务与审计工作，政工人事工作，档案管理和保密工作。
谭怀龙任管理局副局长。负责保护区林业法制及普法工作，野生动植物保护与森林病虫害防治工作，森林资源监测工作，林业行政执法工作，森林防火工作，保护区社区管理工作，保护区与当地政府及周边地区的协调工作等。
2014年，湖北省林业厅颁布《巴东金丝猴自然保护区管理办法》规定，自然保护区的重点森林防火期为每年的9月至次年的6月。
2015年7月，巴东金丝猴自然保护区与巴东县科协一道，为保护好保护区内的野生动植物资源，巴东金丝猴自然保护区在保护区内周边学校建立六个生物多样性科普教育基地。
2014年5月至7月，巴东金丝猴自然保护区为摸清保护区内资源，抽调保护区两个工作专班，深入保护区内20个村，开展公益林核查、林地托管清查和荒山普查，共完成林地托管面积31万亩、荒山普查1.5万亩，国家级公益林补偿24.3万亩，兑现公益林补偿资金310万元，789户林农受益。巴东金丝猴自然保护区自成立以来，通过天然林保护、退耕还林、人工造林、封山育林、公益林补偿等重点项目的实施，实现了生态效益、经济效益和社会效益共赢发展。 [16]
2015年3月，湖北省巴东金丝猴自然保护区每年积极争取国家项目资金，在保护区森林植被裸露、资源匮乏的地段封山育林，建生物围栏，保护区已栽植新植林3000亩。
湖北巴东金丝猴国家级自然保护区，以其植物区系的古老性和原生性，物种的特有性、多样性，地理区位的典型性和代表性，对保护完整的三峡库区和武陵山区生态系统有着十分重要的意义。
宜昌-巴东县城：从宜昌客运站乘坐班车，约4小时可以到达巴东县城。
神农溪风景区、神农架林区等。
