1985 年，五峰土家族自治县划出后河林场部分区域和后河村五组的全部范围建立后河县级保护区。
1986年，五峰土家族自治县成立五峰后河保护区管理处。
1988年6月经湖北省政府批准为省级自然保护区，
2000年，经国务院批准为国家级自然保护区。
湖北后河国家级自然保护区位于湖北省西南部的五峰土家族自治县中南面，属于湖北、湖南两省交界的武陵山东段余脉的一部分山地，地理坐标为东经110°29′-110°41′，北纬30°2′-30°9′。保护区南面与湖南壶瓶山国家级自然保护区毗邻，东北与五峰镇接壤，西与湾潭镇相邻，南北最长为10.4km，东西最宽为18km。
湖北后河国家级自然保护区内地层全为沉积岩，其中碳酸盐岩分布尤广，出露较好，属江南地层区。地质构造表现褶皱，断裂甚为明显。区内群峰起伏，层峦叠嶂，所有山地均属云贵高原武陵山脉北支脉尾部地带。地势由西向东逐渐倾斜，海拔1500米以上的山峰多达20余座，最高峰独岭海拔2252.2米。
湖北后河国家级自然保护区地处湘鄂边缘，河流属长江流域的澧水水系。区内主要河流百溪河由西到东横贯保护区全境。百溪河源于后河保护区的天生桥，由西向东折北，汇新奔河、灰沙溪、杨家河流经后河、水滩头等村，至百溪河村雷打石流入湖南澧水。源头至水滩头为后河，以下为百溪河，统称百溪河。
湖北后河国家级自然保护区地处中亚热带与北亚热带的过渡带，其气候特点是四季分明，冬冷夏热，雨热同季，暴雨甚多，垂直气候明显，一山有四季，十里不同天。年均气温11.5℃，年降水量1814毫米，无霜期211天。
湖北后河国家级自然保护区土壤分为6类，即：红壤、黄壤、黄棕壤、山地草甸土、石灰土、水稻土。其中红壤分布在海拔较低，排水良好的缓坡或台地；黄壤分布在红壤性土的上部；黄棕壤分布在黄壤带之上，为保护区分布最广的土壤类型；山地草甸土分布在保护区山顶局部缓坡地带；石灰土在保护区从山脚至山顶都有分布；水稻土在保护区内分布面积不大，仅在河谷两岸有零星分布。
按照中国国家林业局的BIMS系统，后河保护区属古北界、第01单元（中国亚热带森林）、第01a亚单元（贵州高原）。
湖北后河国家级自然保护区总面积40964.9公顷，其中核心区13108.6公顷、缓冲区8603.2公顷、实验区19253.1公顷。
中亚热带森林生态系统及其生物多样性；珍稀濒危野生动植物资源及其栖息地，特别是稀有珍贵树种群落及华南虎、豹、黑麂等国际极度濒危动物及栖息地；不同自然地带的典型自然景观等。
截至2014年，湖北后河国家级自然保护区内有维管束植物226科907属2279种156变种，其中苔藓类植物33科90属192种3变种，蕨类植物有31科71属203种8变种，裸子植物有6科18属24种1变种，被子植物有156科728属1860种144变种。
国家一级保护植物有：珙桐、光叶珙桐、银杏、南方红豆杉等。国家二级保护植物有金钱槭、领春木、天师栗、红椿等18种。
截至2014年，湖北后河国家级自然保护区内有脊椎动物4纲25目74科307种。属于国家重点保护野生动物51种，湖北省新记录种20种。
保护区内有各种兽类87种，列为国家重点保护的有17种，其中属国家一级保护动物的有华南虎、金钱豹、云豹、黑麂、林麝5种，二级保护动物有黑熊等13种。
保护区内有各种鸟类125种，列入国家重点保护鸟类有33种，其中属于一级保护的有金雕1种，属于二级保护的有白冠长尾雉等32种。
有两栖动物24种，隶属2目8科，列为国家重点保护动物有大鲵1种；有爬行动物38种，隶属2目9科，湖北新记录种有1种，特别是平鳞钝头蛇，国内仅有少数地区分布。
湖北后河国家级自然保护区管理机构为湖北五峰后河国家级自然保护区管理局，为湖北省林业局与宜昌市人民政府共同管理的全额拨款事业单位，是独立的法人单位。
下设机构有：办公室、财务科、资源保护和科研科、宣传教育科、森林公安分局、项目科（GEF办）、基建科、野生动物救护中心、科研所、管理站、实验林场等。
加强宣传教育与巡护检查
巡护工作人员利用一切机会对区内居民和进入保护区的人员进行自然资源保护、森林防火等方面知识的宣传，检查责任区内自然资源的保护情况，消除火灾隐患，制止侵害自然资源的事件发生。
依法保护，严格执法
保护区森林公安队伍在宣传和巡查的同时，发挥林业公安护林防火、保护野生动植物的职能，严厉打击破坏自然资源的违法犯罪活动。
明确管理目标
保护区制定了明确的保护管理目标，要求做到五无（即无火警火灾、无乱砍滥伐、无乱捕滥猎、无乱采滥挖、无毁林开荒)），年年制订阶段目标和考核办法。
分区分片管理、联合保护
根据保护区地处两省交界和区内自然状况和社会情况的特点将保护区进行了功能分区，并根据地形和历史沿革将保护区分成了4个管理区域，设置了保护点和哨卡，并在交通要塞设置了资源保护检查站1个。根据域内社区居民分散的特点与区内村委会共同发布了联合保护声明，并在各要道设立了暗哨12个，聘用当地居民参与保护，一有情况暗哨和居民中护林积极分子及时与专职巡护人员联系，及时处理各种事件。
此外，保护区还与湖南壶瓶山自然保护区不定期地召开联防工作会，共同设立了一个联防哨所，加强了毗邻保护区间的联合保护工作力度。
为落实资源保护工作，保护区下属保护管理站明确了管护责任；设置了5条固定巡护线路，12条临时巡护线路，14个哨所和护林点。巡护员定期对各线路进行巡护、检查。从而形成建立了较完备的管护体系，层层建立了责任制。
湖北后河国家级自然保护区分为核心区、实验区、缓冲区三个功能区，另外在实验区内还划有一个生态旅游小区。在核心区仅限于严格依法开展科学观测活动，实行绝对保护；在缓冲区主要开展科学研究活动；在实验区可从事各种科学实验、教学实习、参观考察以及驯化、繁殖野生动植物等活动；在生态旅游区主要开展生态旅游活动。
全区划分13个护林片，设立检查站、护林点、哨卡、了望台19个，建成巡护道路82公里和防火便道146公里。与湖南壶瓶山国家级自然保护区等相邻地区建立联防体系。
后河晋升为国家级自然保护区后，成立了后河自然保护区管理局，主要以保护管理为主，同时利用自然奇观发展旅游。
机构人员配置；范围界线与土地权属；基础设施建设；经费使用；项目开发；资源本底调查；监测体系；日常管护等。
科研机构：保护区科研所。
科研监测工作：建立了五线六点四样地的监测体系，五线：茅坪-长坡线，顶坪-栗子坪线，界头-百溪河线，茅坪-老屋场，香党坪-老屋场；六点：习凉坪、康家坪、关门峡、老屋场、顶坪、邓家坪；四样地：王家坪大样地、珙桐原生地、微生物样地、鼠类活动监测样地。
从1980年开始，对保护区的资源进行了连续调查。
1989-1990年组织了科考，发现新种1个（湖北贯众）；新变种1个（湖北毛枝蕨）；新变型1个（五峰贯众），发现湖北省新记录种58个、大陆新记录科1个、湖北新记录属5个。
1989-1992年，委托华中师范大学对陆生脊椎动物进行了本底调查。
1991年，委托湖北大学对植物资源进行了调查，发现新种2个（后河龙眼独活、后河柳叶菜）。
1998年，保护区开展了生物资源补充调查并在1999年出版了《湖北后河自然保护区科学考察集》。
2012年，在保护区内发现了中国面积大、集中、保存完好的原生水丝梨古树群落。
保护区内共有3个景区、1个服务小镇，其中以田园风光为主的百溪河
景区和以高山、户外运动为主的独岭景区尚处在开发之中，茅坪镇就是集中为游客提供吃住行一体化服务的土家风情小镇。
天门峡景区是后河生态旅游区的核心区域，拥有七个功能分区：峡谷奇石游览区、综合服务区、科研服务区、休闲体验区、动物野化区、度假养生区和薄刀岭游览区。
2014年4月23日，后河自然保护区正式开园。
1、具有全球意义的生物多样性保护价值
据专家证实，后河保护区是华中地区生态环境保护最好、生物多样性最丰富的地区之一，是具有国际重要意义的保护区，现保存完好的“稀有珍贵树种群落”和华中地区甚至全国面积最大、原始性最强的常绿阔叶树水丝梨纯林及大面积的珙桐、光叶珙桐林，被评为“中国仅有，世界罕见”。由此可见后河保护区具有全球意义的生物多样性。完好地把后河的生物资源保存下来，对展示华中地区生物多样性的丰富内涵有着十分重要的意义。
2、是长江中游生态保护的屏障
湖北后河国家级自然保护区地处长江中游，其植被的好坏直接影响长江中游流域的生态环境状况，并对长江水质的影响明显。区内森林植被对涵养水源、防止水土流失起到了重大作用，该区已经成为长江中游生态保护的屏障，具有特殊的保护价值。
3、有效促进社区发展
湖北后河国家级自然保护区高质量的森林生态系统，将给鄂西南山区的动植物生长、繁育提供一个得天独厚的场所，其巨大的蓄水、保土、保肥、减灾增产、调节气候等功能，将在其范围内及其周围控制地区全面发挥出来。特别是随着保护区建设，区内基础设施将得到很大改善，保护区综合实力也将得到大的提高，可以有效地促进当地及周边社区的社会经济发展。
