2001年成立友好自然保护区；
2004年被国家林业局批准为省（部）级自然保护区；
2006年被省政府批准为省级自然保护区；
2012年晋升为国家级自然保护区。
2018年2月11日被列入国际重要湿地。
黑龙江友好自然保护区地处小兴安岭山脉中段，横跨小兴安岭主脉的南北两坡，地理坐标为东经128°10′15″—128°33′25″，北纬48°13′07″—48°33′15″。
黑龙江友好国家级自然保护区属北温带大陆性湿润季风气候区，年平均气温在0.4℃左右，夏季平均温度为20℃至22℃，且昼夜温差较大，有6个月的冰封期。
黑龙江友好自然保护区区域河流充沛，拥有流域面积广阔的友好河水系。
黑龙江友好国家级自然保护区共有高等植物836种，其中包括1亚种，23变种，3变型。其中苔藓植物56科，100属，183种，占保护区总科数的35.22%，占总属数的24.15%，占总种数的21.89%；蕨类植物41种，隶属于14科，26属，分别占保护区总种数的4.90%；占总科数的8.81%；占总属数的6.28%；种子植物（裸子和被子植物）612种，占总种数的73.21%，隶属于89科，288属，分别占保护区科、属的55.97%，69.57%。
黑龙江友好自然保护区动物区系属古北界、东北亚界、东北区、长白山亚区小兴安岭山地省，野生动物区系介于大兴安岭和长白山地之间，其东部为三江平原，西部为松嫩平原。因此，野生动物区系组成比较丰富。
黑龙江友好国家级自然保护区内现存的脊椎动物共有330种，其中鱼类有5目11科43种；两栖类有2目4科8种；爬行类共有3目4科11种；鸟类17目44科221种；兽类6目l6科47种,国家Ⅰ级保护动物6种，国家Ⅱ级保护动物36种。此外，还有昆虫动物12目95科370种。
1、鱼类
黑龙江友好国家级自然保护区共有鱼类5目11科43种，占黑龙江省鱼类总数105种的41.0%，占小兴安岭鱼类总数71种的63.3%，其中鲤科（Cyprinidae）鱼类多，为27种，占保护区鱼类总数的62.8%；其次是鳅科（Cobitidae）鱼类，有4种，占保护区鱼类总数的9.3%，鲑科（Salmonidae）鱼类3种，占总数的7.0%；鲶科（Siluridae）鱼类2种，占保护区鱼类总数的4.7%；茴鱼科（Thymallidae）、胡瓜鱼科（Osmeridae）、狗鱼科（Esocidae）、塘鳢科（Eleotridae）、鲿科（Bagridae）、鮨科（Serranidae）、鳕科（Gadidae）各1种，分别占总数的2.3%。
2、两栖类及爬行类
黑龙江友好国家级自然保护区内两栖动物共有9种，隶属于2目5科，占黑龙江省两栖动物种数的75.0%；爬行动物10种，隶属于3目4科，占黑龙江省爬行动物种数的62.5%。
保护区内两栖类有尾目中以极北鲵（Salamandrella keyserlingii）较常见，东北小鲵（Hynobius leechii）偶尔可见。极北鲵每年春夏季在山溪及其附近的沼泽中常可见到实体和卵袋；无尾目中常见的是黑龙江林蛙（Rana amurensis）、中国林蛙（Rana chensinensis）、东北雨蛙（Hyla arborea）、中华蟾蜍（Bufo gargarizans）和花背蟾蜍（Bufo raddei）。夏季常见的优势种是东北雨蛙，在湿地中有相当大的数量。黑斑蛙（Rana nigromaculata）在这里是偶见种。
保护区内爬行类龟鳖目中的鳖（Trionyx sinensis）偶尔可见，数量极少。蜥蜴目中的胎生蜥蜴（Lacertavivipara）是这里的常见种，常活动于林缘、路旁、倒木下，其卵胎生的繁殖方式是适应这里极为寒冷、无霜期短的气候的很好方式。黑龙江草蜥（Takydromusamurensis）为常见种。这里较为常见的蛇类是白条锦蛇（Elaphe dione）和乌苏里蝮（Gloydius ussuriensis），它们分布较广，大多数山地均可见到。体形较大的棕黑锦蛇（E.schrenckii）在这里是偶见种。红点锦蛇（E.rufodorsata）、岩栖蝮（Gloydius saxaticis）和虎斑颈槽蛇（Rhabdophis tigrinus）分布于河流附近的湿地和石山上，数量稀少。
3、鸟类
黑龙江友好自然保护区生境类型多样，决定了该区鸟类资源的多样性。经调查及文献统计，保护区内共有鸟类17目44科221种，占黑龙江省鸟类种数的60.4%，占小兴安岭鸟类种数的85.30%，其中非雀形目鸟类分布有24科113种，占自然保护区鸟类种数的51.1%，雀形目鸟类分布有20科108种，占自然保护区鸟类种数的48.9%。据统计保护区内夏候鸟种类多达134种，占自然保护区鸟类种数的60.63%，其中非雀形目鸟类68种，占保护区夏候鸟种数的50.7%，在雀形目中夏候鸟有66种，占全区夏候鸟种数的49.3%。冬候鸟（W）种类很少，仅分布有15种，占自然保护区鸟类种数的6.79%，其中非雀形目仅有3种，占该区冬候鸟种数的20.0%，雀形目鸟类12种，占该区冬候鸟种数的80.0%。保护区共有留鸟（R）34种，占全区鸟类种数的15.38%，其中非雀形目鸟类14种，占全区留鸟种数的41.2%，雀形目鸟类有20种，占全区留鸟种数的58.8%。该自然保护区旅鸟（P）共计38种，占全区鸟类的17.20%，其中非雀形目鸟类28种，占全区旅鸟种数的73.7%，雀形目旅鸟10种，占全区旅鸟种数的26.3%。从鸟类区系成分居留型来看，夏候鸟（S）无论是种类还是数量均占自然保护区鸟类的相当大比例。
(1)沼泽湿地生态系统。
(2)以原麝、紫貂、东方白鹳、金雕、丹顶鹤以及红松、钻天柳、黄檗、紫椴等为代表的珍稀野生动植物资源及其栖息地。
沼泽湿地是友好自然保护区的主要保护对象，因此有必要对保护区内的沼泽湿地植被类型及特征加以重点论述。由于保护区内地势平缓，河谷平坦宽阔，河曲发达，牛轭湖众多，加上气候冷湿，岛状冻土分布普遍，从而形成了大面积的沼泽植被，且类型繁多。主要包括森林沼泽、灌丛沼泽、草本沼泽等植被类型。尤其是森林沼泽面积大，类型多，主要类型有兴安落叶松－油桦－苔草群落和兴安落叶松－窄叶杜香－中位泥炭藓群落及白桦沼泽等。灌丛沼泽植被主要有油桦－修氏苔草群落、油桦－笃斯越桔－藓类群落等，主要分布于河滩和阶地上。草本沼泽中以苔草类型较多，有草甸形成的灰脉苔草－修氏苔草群落、湖泊沼泽化形成的毛果苔草－泥炭藓群落等。
根据组成建群种的不同，可划分3个植被亚型，即：草本沼泽、灌丛沼泽和森林沼泽。
草本沼泽从发生上，大多由草甸沼泽化而成，多发生在河漫滩的洼地，由于地势低洼、地下水位高，特别是受河水泛滥的影响，造成了草甸过分湿润或水分滞聚，土壤的孔隙被水分充填，微生物活动减弱，因而植物残体中的营养元素不能矿化。这样在水分增加，养分减少的情况下，为植物的自然演替创造了有利条件，使一些根状茎草甸植物逐渐减少，而要求养分较少，喜湿的密丛型沼泽植物逐渐增多。根据组成、结构与分布规律，本植被亚型只有3个群系组（泥炭藓沼泽、草甸沼泽、莎草沼泽）。
灌丛沼泽系指在地表过湿或积水的地段上，以喜湿的灌木为主所组成的沼泽植物群落。在保护区内，分布地域较广，面积也较大，多发生平坦沟谷和河漫滩这些地段，地势低洼，平坦，地下水位高，水分容易集聚的地方，由于土质粘重，又有永冻层形成隔水板，造成地表过湿或积水，引起沼泽植物不断侵入。首先侵入的是喜湿的密丛苔草和浅根系的柴桦（Betula fruticosa），随后是提灯藓（Mnium cuspidatum）等藓类，这些植物侵入后，死亡的植物残体在土壤嫌气条件下，逐渐形成泥炭，营养贫乏，树木开始生长不良，并逐渐递减，森林演变为沼泽，形成现有的各类灌丛沼泽。
森林沼泽从外貌上具有森林的特征，是以乔木组成上层林冠，并生长在地表过湿或积水的地段上，以湿生植物、沼生植物为主所组成的森林沼泽植物群落。该沼泽植被是由耐冷湿条件的针叶树种――云冷杉、兴安落叶松和落叶阔叶乔木树种白桦和毛赤杨（Alnus sibirica）为建群种，伴生着湿生和中湿生灌木和草本植物组成的垮带隐域性森林植被。
保护区是以保护珍稀野生生物资源及其生境和森林沼泽生态系统为宗旨，集资源保护、科学研究和生态旅游于一体的自然保护区。主要保护对象为东北林区森林沼泽生态系统和珍稀野生动植物资源及其栖息地。丰富的生物多样性和生态系统多样性显示了保护区巨大的保护价值和科学研究价值。保护区内森林茂密，河流纵横，湿地面积广阔，生态系统保存完好。保护区在提高水源涵养、控制水土流失、防止干旱和洪涝灾害、调节气候等方面具有非常重要的保护意义和科学价值。
