1980年经黑龙江省人民政府批准建立，1997年晋升为国家级自然保护区。
1995年中美俄三国制定的《乌苏里江流域持续性土地利用和布局规划》中，认定该地域具有全球相对洁净性、生物多样性和全球生物地理区域代表性。
2006年东北黑蜂被列入中国首批国家级畜禽遗传资源保种名录。
2008年农业部批准黑龙江省饶河东北黑蜂国家级自然保护区列为国家级畜禽遗传资源保护区。
饶河东北黑蜂国家级自然保护区位于小兴安岭余脉完达山地带。
黑龙江省饶河东北黑蜂国家级自然保护区管理范围总面积为12269平方公里，其中核心保护区面积4385平方公里，缓冲区保护面积2380平方公里，隔离带保护面积5504平方公里。
保护区重点保护对象是纯种东北黑蜂和天然蜜源植物，其中椴树和毛水苏为重点保护的蜜源植物。
东北黑蜂具有表现在耐低温、维持大群、采集力强、配合力好，具有较高的经济和科研价值。本区地处完达山区，是东北黑蜂发源地，现有东北黑蜂原种6000余群。同时保护区具有得天独厚的自然屏障和良好的山地隔离条件，野生植物种类繁多，达1074种，其中以椴树，毛水苏等为主要蜜源的蜜源植物200多种，是保护东北黑蜂基因库的环境。此外，保护区还拥有东北虎及数量较多的马鹿、黑熊等野生动物，具有较高的保护价值。
饶河东北黑蜂国家级自然保护区管理局（简称黑蜂管理局）是东北黑蜂国家级自然保护区的行政主管部门，实施对保护区的统一规划、建设和监督管理。
世界上蜜蜂的种类分为东方蜜蜂和西方蜜蜂两大类。经专家鉴定，东北黑蜂属西方蜂种，是喀尼阿兰蜂的一个变种。其性状、抗逆性和各项经济指标，均明显优于世界四大著名蜂种，是其它蜂种不可比拟的，饶河东北黑蜂国家级自然保护区是中国乃至世界不可多得的极其宝贵的蜜蜂基因库。
