丹江湿地国家级自然保护区位于河南省西南部淅川县境内，地处鄂、豫、陕三省交界处，北邻西峡县，东接内乡县和邓州市，南靠湖北省丹江口市和老河口市，西与陕西省商南县和湖北郧县相邻。保护区地理坐标范围为东径111°12′34″~111°39′49″，北纬32°45′25″~33°05′27″。
保护区湿地地处秦岭山脉东南余脉的延伸地段，地势自西北向东南倾斜，依次呈现山地、丘陵、河川平原3种地貌类型。境内有海拔900米左右的猴山、香炉山、封子山、肖山、角子山，从北向南连绵不断。县西和西南部有秦岭、大巴山纵贯，与湖北交界的泰山系走马岭呈东西两峰，分别海拔1033米和1086米，为全县最高峰。库南山区的朱连山、三尖山、马头山，海拔在450-500之间，库东属南阳盆地西南边缘，呈宽平垄岗状，境内山岭起伏，层峦叠嶂，大小山头6588个，山沟9214道，丹江水库位于县境南部，由于群山环抱，形成西北突起向东展开的马蹄形地形。
保护区西北山地地质构造复杂，自代兴沟-玉皇顶-和尚头山一线为界，分为南北两部，北部多为古老变质岩，主要是片麻岩，片岩土壤多为黄棕壤亚类的砂石土，土层较厚，肥力较高，中性偏酸;南部多为深积岩，以石灰岩为主，表层碳酸盐反应不明显。丹江、灌河中下游，主要为沉积岩变质岩，丹江岸边仍以石灰岩为主，在丹江沿岸有一狭长的红色地区，主要是红色泥沙岩、页岩、砾岩，黄土垄岗地区的成土母质为下蜀系黄土，大体呈状分布。
保护区内土壤分为淋溶土、初育土、半水成土3个土纲，湿暖淋溶土、石质初育土、淡半水成土3个亚纲，黄棕壤、黄褐土、紫色土、潮土4个土类，典型黄棕壤、典型黄褐土、中性紫色土、石灰性紫色土、典型潮土、灰潮土6个亚类。
保护区属北亚热带大陆性季风气候。年均风速1.8米/秒。年平均气温1
5.8℃，极端最高温度42.6℃，极端最低温度-13.2℃。元月份平均气温2.4℃，七月份平均气温28.4℃。由于地形影响稳定通过0℃的日期比淮南的商城、新县还早8-10天，≥0.℃的年积温5600℃以上;≥5℃的积温5500℃以上;≥10℃的年积温平均为5123.2℃，都是全省最高温，无霜期为228天，初霜期约在11月上旬，终霜期约为3月下旬，热量多，霜期短，是河南省最温暖的地方。年平均降水量为804.3mm，且多集中在7-9月份，约占全年降水量84.6%，蒸发量为1743.8毫米，年平均相对湿度70%，≥10℃的日期为235.3天。
保护区内湿地水体主要为丹江口水库，丹江干流及滔河、淇河、鹳河、刁河等支流。水域面积占保护区总面积的25.04%。丹江口水库于1958年兴建，1968年蓄水，库容175.4亿立方米。2003年进行堤坝加筑工程，2007年完工后总库容达到290.5亿立方米。入库水源主要为丹江及其支流，出水汇入汉水，为南水北调工程中线水源地。水库水质达到国家Ⅱ级标准。保护区内地表径流主要包括丹江干流，沿途纳入鹳河、滔河等支流。
保护区总面积64027公顷，其中核心区面积21358公顷，缓冲区面积17609公顷，实验区面积25060公顷。范围涉及淅川县的大石桥乡、滔河乡、金河镇、盛湾镇、老城镇、仓房镇和马蹬镇，共7个乡镇。
东界以马蹬镇四棱寨(531米高程点)向南经老母崖、太白寨东至马蹬镇与香花镇分界，沿水面分界线至仓房镇东沟村梁脊。
南界以仓房镇东沟村梁脊经石膏山285米高程点、毕家营197米高程点、范家营245米高程点到王庄323米高程点止。
西界以豫鄂省界，向北经太白岩1010.6米高程点至女花寨1086米高程点止，经杨家脑789米、896米、881米高程点到阴坡，沿河流经杨岗362米高程点、盛湾镇政府东289米高程点到宋湾210米高程点，再向西北经滔河乡牛头寨363米高程点、豫鄂省界、凤凰头303米高程点至大石桥乡磨峪湾南部321.6米山顶止。
北界以大石桥乡磨峪湾南部321.6米山顶向东经凤凰寨713米高程点、雷峰垭621米高程点、马沟286米高程点到秧田300.7米高程点，沿大石桥乡-老城镇公路向西南经老城镇政府南210米高程点、天井漫482.5米高程点到金河镇杜湾西北梁脊至杜湾对面梁脊，向南到马蹬镇四棱寨(531米高程点)止。
1958年9月，丹江口水库动工兴建，1968年开始蓄水，库容175.4亿立方米，淅川县境内水域面积4万公顷。
1973年经上级批准，与国营荆关林场合并，改为河南省国营淅川荆关林场上寺分场。
1993年，经河南省林业厅批准建立上寺省级森林公园。
2000年9月淅川县向上级申报建立丹江口水库湿地自然保护区。
2001年8月，河南省人民政府批准同意建立河南淅川丹江口水库湿地省级自然保护区。
2007年4月，国务院批建为国家级自然保护区。
丹江湿地国家级自然保护区属于湿地及水域生态类型保护区，主要保护对象为：一、典型完整的次生内陆河口湿地生态系统；二、南水北调中线工程的水源地及其水源涵养林；三、以黑鹳、白鹤等为代表的珍稀水禽及其栖息地；四、珍稀动植物资源以及丰富的生物多样性。
截至2012年，保护区内有兽类有20种，鸟类23种，两栖类6种，爬行类8种，水生类13种，昆虫类500多种。 其中，国家一级保护的野生动物有3种，分别为黑鹳、白鹤和达氏鲟，国家二级保护野生动物有大天鹅、鸳鸯、隼、锦鸡、小天鹅、灰鹤等26种。列入中日鸟类保护协定的有绿头鸭、绿翅鸭、花脸鸭、赤膀鸭等。
鸟类：鹳、黑鹳、大天鹅、小天鹅、灰鹤、鸳鸯、绿头鸭、绿翅鸭、赤膀鸭、海鸥、秃鹫、猫头鹰、红腹雉鸡、鱼鹰、鹌鹑、山斑鸡、啄木鸟、家燕、角百灵、喜鹊、麻雀、乌鸦等。
兽类：豹、獐、狍、狼、豺、野猪、野羊、草鹿、林麝、鹿、狐狸、果子狸、猪脚獾、狗脚獾、松鼠、青鼬、草兔、刺猬、田鼠等。
两栖类：沼蛙、大鲵、中华蟾蜍、水獭、鳖、龟等。
爬行类：菜花蛇、黄杆蛇、腹蛇、乌梢蛇、蜈蚣蛇、壁虎等。
水生类：鲢鱼、鲤鱼、鲫鱼、草鱼、鲇鱼、黑鱼、黄鲒、虾、螃蟹、泥湫、黄鳝、田螺等。
昆虫类：瓢虫、蚯蚓、蜘蛛、蝶类、全虫、土元、冬斯、蟋蟀、螳螂、蚕等500多种。
截至2012年，保护区内有木本植物计有63科126属461种。其中，藤本植物有26种，草本植物410种。药用植物有金银花、酸枣、柴胡、桔梗、香附子、杜促、山楂、五味子、女贞等400多种。 属于国家二级重点保护野生植物有连香树、香果树、杜仲、银杏等7种。
乔木：栎类、马尾松、侧柏、杉木、棕榈、枇杷、杨、柳、榆、椿、楝和稀有树种：官桂、三尖杉、刺楸、刺黄连、香果树、银杏、樟树、白皮柏、青檀等。
灌木：酸枣、冬青、胡枝子、荆条、黄栌木、锦鸡耳、麻桑等。
藤本植物：野蔷薇、青藤、葛条、猕猴桃、五味子等。
草本植物：白草、茅草、莎草、龙须草、蒿类、蕨类等。
丹江湿地国家级自然保护区属于典型的次生内陆河口湿地生态系统，保护区内珍稀野生动植物种类繁多，是开展湿地生态系统监测研究和湿地生物培育演化研究的野外天然实验室。
丹江湿地国家级自然保护区
丹江湿地国家级自然保护区的建立对南水北调中线工程源头区水土保持、水源涵养，对保护湿地特有物种资源、维持生态系统良性循环都具有重要意义。
丹江湿地作为南水北调中线工程的源头区，是南水北调源头的过滤器和净化器。丹江自陕西省进入河南省，上游水质较差，经过保护区生态系统净化、过滤，丹江河口（史家湾）水质为地表水Ⅱ类水，部分要素达到Ⅰ类标准。南水北调中线工程建成后，丹江口水库保证年平均可调出水量141.4亿立方米，一般枯水年可调出水量约110亿立方米，这对保证京津地区人民饮用水质量、水资源战略安全和华北地区的社会经济可持续发展都具有重大战略意义。
自2000年起，保护区开始实施速生林及防护林建设工程，开展经济林种植、芦苇和苇竹加工业、养殖业、农家乐等项目，减轻社区对保护区资源的依赖和破坏。
截至2010年，保护区共有旅游资源8大主类，23个亚类，49个基本类型。其中地文景观29处，水域风光20处，生物景观33处。
丹江湿地国家级自然保护区由河南丹江湿地自然保护区管理处管理，设办公室、资源保护科、社区事务科、科教科，下辖丹江桥、老城、马蹬、城郊、盛湾、仓房6个管理站和9个保护点。
保护区建立以来，南阳市、淅川县政府先后制定封山禁猎制度、珍贵树种保护制度、陆生野生动物保护制度、森林消防制度等一系列制度法规，规定每年3～6月为禁渔期。区内建有护林防火瞭望塔、保护管理站及办公用房等基础设施，配备有科研设备、防火设备等设施。
保护区划分核心区和实验区，核心区进行绝对保护，实验区进行适量的生物利用活动，确定专门的机构和人员，拟定了保护区的规章、技术标准和管理细则，实施年度管理计划，定期进行资源考察和专题调查，制定出保护区野生动植物保护名录，掌握生物资源的消长规律，有效地保护了野生动植物的生长繁衍。
保护区严格执行国家“退耕还林，封山育林”政策，通过宣传发动、订立目标责任书等形式，采取无偿提供苗木，配备护林员和技术员，补偿粮款和优先贷款等优惠措施，鼓励大户承包经营。
