珠江口中华白海豚自然保护区始建于1999年10月（粤办函[1999]583号），2003年6月升级为国家级自然保护区（国办发[2003]54号），主管部门是广东省海洋与渔业局。位于珠江口北端，属珠海市水域范围内，总面积460平方公里，东界线为粤港水域分界线，西界线为东经113°40′00″，南界线为北纬22°11′00″，北界线为北纬22°24′00″，核心区面积140平方公里，缓冲区面积192平方公里，实验区面积128平方公里。珠江口中华白海豚国家级自然保护区的主要保护对象是国家一级保护动物中华白海豚，包括中华白海豚栖息活动区域即保护区的自然环境，水质环境，海底环境，渔业资源和生物多样性。在珠江口的中华白海豚数量是我国资源数量大的中华白海豚群体，种群世代完整，且具有一定的繁殖规模。
珠江口水域是中国中华白海豚分布密集和拥有资源数量多的区域。这里能成为海豚栖息活动的密集区，主要得益于珠江口得天独厚的环境资源，为中华白海豚提供了生息、繁殖的有利条件。
珠江口水域水温和盐度条件适中、水质肥沃，适宜中华白海豚的生存繁衍。珠江是中国华南地区大的河流，年迳流量达3124亿立方米。珠江出海口所在的伶仃洋水域宽广，气候温和。这里的自然条件，尤其适合习惯于在热带和亚热带河口地区生活的中华白海豚。丰富的生物资源给多种鱼类生物提供了天然产卵和繁育环境。珠江口伶仃洋水域属热带和南亚热带河口区，水产资源非常丰富。根据南海水产研究所对珠江口的渔业资料，在一项周年调查中就鉴定了154种鱼类，1993年的海岛海域渔业资源调查显示，珠江口水域出现的枪乌贼类有15种，甲壳类30余种。大铲岛以南万山群岛以北一带水域中游泳生物资源蕴藏量可达1万吨以上，为中华白海豚的栖息繁衍提供了充足丰富的饵料基础。
中华白海豚属国家一级重点保护海洋哺乳动物，虽然分布较广，但由于人们对海洋资源的破坏，变得越来越稀少和珍贵。作为珍稀海洋哺乳类动物，其进化史、生活史、生理和生态特征都具有很高的科学研究价值，有“海上大熊猫”、“海上国宝”的美誉。在中国主要集中分布在珠江口和厦门海域。初步认定珠江口拥有中华白海豚的种群数量大约为1000头左右。
为建设好珠江口白海豚保护区，广东省海洋与渔业局先后投入了几百万资金，组织中国水产科学院南海水产研究所和省海洋与渔业环境监测中心在珠江口开展了中华白海豚资源和分布的周年调查，取得二万多张现场照片等第一手资料，为自然保护区边界的划定和今后的工作奠定了基础。同时，撰写了珠海口中华白海豚自然保护区综合科学考察报告和自然保护区建设规划；组织成立了闽、粤、港、台保护中华白海豚工作交流协调会，开展交流、学习经验，使中华白海豚自然保护区的建设和管理工作有序的进行。通过长时间的探索、学习、观察，不断提高科学管理水平，进一步实现对该珍稀濒危物种的有效保护。工作人员还多次走访海岛、渔村，向渔民解释和宣传国家、省及保护区的有关法规、条例、办法等，并开展了一系列中华白海豚保护专项活动。
珠江口中华白海豚国家级自然保护区的建立不但大限度的减少了人为干扰，在挽救濒危的白海豚种群同时，也保护了珠江口水域自然环境的生物多样性，修复了海洋生态系统，增殖了渔业资源，为经济可持续发展提供了保障。
珠江口中华白海豚国家级自然保护区管理基地设在珠海市的淇澳岛，基地建设将集保护、研究、救护、驯养、科普、宣教、观赏和生态旅游等功能于一体。其职责和任务是贯彻执行国家有关自然保护区的法律法规和方针政策，拟定自然保护区的总体规划和各项管理制度，统一管理自然保护区；调查自然资源并建立档案，组织环境监测保护自然保护区内的自然环境和自然资源；组织或协助有关部门开展自然保护区的科学研究工作；进行自然保护的宣传教育。根据《中华人民共和国自然保护区条例》和《海洋自然保护区管理办法》的有关规定，为了更好地实施监测和管理，保护好中华白海豚及其自然环境资源，本保护区划分为核心区、缓冲区和实验区。
面积140平方千米，是原生自然景观好的地方，是遗传基因库的精华所在，需采取绝对的保护措施，免受人为的干扰破坏。核心区作为深入研究生态系统自然演化的场所，可为人们提供各种标准的“本底”资料。因此，禁止任何船只进入该区域内从事可能对资源造成直接危害或不良影响的活动；若确因科学研究需要进入该区域的，须向保护区管理局提出申请。
面积128平方千米，位于核心区的周围，其作用是保护核心区免受外界的影响和破坏，起到一定的缓冲作用。经广东省海洋与渔业局批准，在保护区管理局统一规划和引导下，可有计划的组织经济开发活动。
面积192平方千米，位于保护区的边缘，以发展本地区特色的生产经营为主，如发展自然保护区野生动物饲养与驯化等，建立资源多层次综合利用的生态良性循环体系。经保护区管理局批准，可在划定范围内适当组织生态旅游、科学考察、教学实习等活动，但不得危害资源和污染环境。
截至2004年，据珠江口中华白海豚国家级自然保护区有关人员介绍，受环境污染、渔业资源明显衰退等因素影响，中华白海豚的生存空间越来越窄，死亡事件屡有发生，已处在濒危状态。对此，专家指出，如果不尽早采取果断措施加以有效保护，被誉为“海洋大熊猫”的中华白海豚很可能从珠江口消失。
另据时任珠江口中华白海豚国家级自然保护区管理处副主任陈加林说，中华白海豚常在河口的近海滩休息和聚集，并沿岩礁海域捕食鱼类。珠江口海域盛产青鳞鱼、白姑鱼、鲻鱼等为其喜食之物，因此招引中华白海豚来此活动觅食。白海豚一般喜欢跟随出海的渔船，捕食漏网之鱼，有时也因抢食网中之鱼而被误捕。
专家认为，海上频繁的交通运输引发噪声污染问题，噪声妨碍了中华白海豚等动物的交流，影响到白海豚的出没和游行速度。而且来往的船过于频繁，增加了白海豚意外死亡的几率。据悉，从1993年至1998年间，香港海域有3头中华白海豚被确诊为受船舶撞击致死，另有1头也被怀疑为受到船舶的撞击致死的。
中山大学生命科学院助教陈裕隆指出，海上船舶的行驶和排污，也会间接影响到中华白海豚的生活空间，如油类污染，给海洋生态环境带来了很大破坏。据统计，从1996年起，广东省平均每年污水排放量达到39亿吨，大部分没有得到处理就直接排放到江河海，最终汇集在大海。珠江口等海域重金属、氮、磷等多项指标都超过国家四类海水质标准，污染物总量十分巨大。这些污染严重影响了白海豚的生存环境。
据陈加林介绍，中华白海豚主要分布在东南部沿海，截至2004年，经调查，在珠江口约有1000~1400头左右，厦门的九龙江口约有百头，还有人曾在汕头、湛江、饶平、南澳等地发现白海豚。
截至2004年，由于种种原因，有关珠江口中华白海豚的研究基本上还处于空白。对此，专家建议，应该掌握海豚的生存状况，实地观测和连续跟踪，研究白海豚的种群；利用死亡白海豚作为标本进行解剖研究，以便研究如何减少现有海豚的破坏和毒害。同时建立搁浅白海豚的拯救方案和应急措施，并建立中华白海豚的基因库。
对于海洋生物以及中华白海豚的保护一定要有计划，有组织的开展生态旅游，不能有太多的船过度密集地去追赶白海豚，以免使它受到惊吓。同时，当地应该尽快出台严格的政策，对入海河流的工业污染物排放严格控制，建设城市生活污水处理厂，遏制渔业养殖盲目扩大的趋势，同时给船只划定航线，这些对保护海水环境和生物多样性至关重要。
由于珠江口环境污染，白海豚的生存环境受到严重的威胁。1999年10月，广东省政府批准成立了珠江口中华白海豚省级自然保护区，划定珠江口伶仃洋里从内伶仃岛至牛头岛之间的460平方公里水域为保护区。
这次珠江口中华白海豚自然保护区成为国务院新批准的29个国家级自然保护区之一，从而使广东省有了惠东国家级海龟自然保护区和珠江口国家级中华白海豚自然保护区2个国家级海洋野生动物保护区，全省的国家级自然保护区达到了9个。为了做好白海豚保护区的工作，广东省将联合港澳三地力量，共同保护中华白海豚这一珍稀物种，拟定以下发展目标：（1）坚持依法管理，形成自然保护区的科学管理体系，与香港特别行政区渔农署协调一致，保护好该区域内的白海豚资源，海洋生态系统和生物多样性；（2）负责解释、落实国家和省颁布的相关法规、条例、办法等，向广大渔民和行船人员宣传普及法律条文；（3）坚持日常巡航视察与突击联合执法行动相结合，有效制止对白海豚资源的破坏行为；（4）维护保护区的合法权益，加强对保护区域内海洋建设工程项目的监管，避免或减少对白海豚资源及其生存环境的威胁。
在珠江口现存有中国资源数量大的中华白海豚群体，种群世代比较完整，是中国数量大的中华白海豚栖息地。珠江口中华白海豚自然保护区管理基地设在珠海市的淇澳岛，基地建设将集保护、研究、救护、驯养、科普、宣教、观赏和生态旅游等功能于一体。其职责和任务是贯彻执行国家有关自然保护区的法律法规和方针政策，拟定自然保护区的总体规划和各项管理制度，统一管理自然保护区；调查自然资源并建立档案，组织环境监测保护自然保护区内的自然环境和自然资源；组织或协助有关部门开展自然保护区的科学研究工作；进行自然保护的宣传教育。
