石门台自然保护区北面与曲江罗坑国家级自然保护区毗邻，西北面与乳源大峡谷国家级自然保护区相邻，东面与英德市沙口镇隔北江相望，南面自西向东分别是波罗、石牯塘、英红、沙口五镇接壤。地理坐标东经113°16′07″-113°20′18″，北纬24°23′49″-24°28′04″，总面积33555公顷，平均海拔800米，高海拔1586.8米，区内年平均气温18℃，是一个四季皆宜攀登的优秀旅游胜地。石门台自然保护区温暖湿润的环境孕育了丰富的动植物资源。据调查，石门台自然保护区内有高等植物2242种，隶属于987属260科。其中国家一级的保护植物1种，二级保护植物23种，茂密的森林资源为野生动物提供了良好的繁衍栖息地。区内有野生脊椎动物301种，其中国家一级保护动物4种，二级保护动物41种。石门台自然保护区以其丰富的野生动植物资源，被誉为“南岭绿色明珠”。2002年经广东省人民政府批准，石门台自然保护区管理处为副处级事业单位，核定编制21人，人员经费由省财政拨款。
保护区管理处设正副主任，下设综合科、科研宣教科、资源可持续利用科、保护管理科等4个科室和5个保护管理站。
石门台自然保护区位于北回归线北缘，处于东亚季风区的南亚热带向中区热带的气候过渡带，属热带季风气候区，年平均气温20.8 ℃，年降雨量2364.7 毫米（主要集中在4月），为广大三大降雨中心之一。
石门台自然保护区地势起伏大，地形复杂，山峰林立，沟壑纵横，河流众多，4 千米以上的河流有18条，区内大瀑布落差200米。
石门台自然保护区主要保护对象为南亚热带常绿阔叶林和珍稀动植物。植被以天然常绿阔叶林占绝对优势，其中有大面积的原生性森林，是广东省境内植物物种丰富的少见的大面积天然林宝库。
石门台国家级自然保护区内物种资源非常丰富，在保护区、自然公园内有恐龙的食物——国家二级保护植物桫椤。在该区内几乎每个山坑的溪边水旁的潮湿环境都有分布，高的达9米多；据初步调查，动植物资源保护区有高等植物2242种，其中药用植物749种、观赏植物220种、野生水果101种，国家重点保护珍稀植物有保护区内拥有国家重点保护植物20多种，其中国家一级重点保护的有伯乐树、南方红豆杉2种，属于二级重点保护的有苏铁蕨、桫椤、黑桫椤、金毛狗、水蕨、福建柏等 20余种。
石门台国家级自然保护区内丰富的森林资源，为野生动物提供了良好繁衍栖息场所，据调查，保护区有陆栖脊椎动物300多种，国家重点保护珍稀动物有50种，其中属于一级重点保护的有瑶山鳄蜥、蟒、豹、金雕和黄腹角雉等5种，二级重点保护的有短尾猴、三线闭壳龟、穿山甲和白鹇等45种。昆虫已鉴定的有152科1044种。还有一些新种和中国新记录种，如鞘翅目的石门台大步甲（Carabus shu shimentaiensis Deuve et Tian），蝶类中有两个新种（即何华灰蝶Howarthia sp.及窗弄蝶（Coladenia sp.），两个中国新记录种，即烤彩灰蝶Heliophorus kohimensis Tytler和越南苏弄蝶Sovia lucasii (Mabille)。石门台自然保护区蝶类资源非常丰富，目前已记录的蝶类种类有358种，我国已有分布记录的科在保护区内均有发现，是目前广东省记录蝴蝶种类多自然保护区。
石门台国家级自然保护区以其丰富的动植物物种资源而成为中外科学研究的重要基地，导致大量的专家、学者蜂拥而至，对石门台进行科考研究。
石门台国家级自然保护区地质地貌复杂多样，峰林峡谷千奇百怪，生态景观奇特秀丽，具有典型的喀斯特地貌特征，生态旅游资源，其丰富的生态旅游资源具有较高的艺术、美学、观赏、文化和科学等价值，特别是已规划的石门台生态旅游区的雄、奇、秀、野千姿百态自然景观使人目不暇接，是疗养度假的好地方；正在规划中的鹿洞生态旅游区的险、幽、奥、旷等千奇百怪的自然风光使人流连忘返，是理想的生态旅游场所。在保护区东南部发现第四纪的植物化石，旧石器时代至新石器时代古人类遗址，对于研究古人类文化的发展和近代生物群落的演变等具有重要意义源石门台是广东省内好的溯溪路线。溪流淙淙，瀑布长流不息，森林密布，清凉世界，是溯溪、露营的好地方。
植被以天然常绿阔叶林占绝对优势，其中有大面积的原生性森林，是广东省境内植物物种丰富的少见的大面积天然林宝库。保护区有高等植物2242种，其中药用植物749种、观赏植物220种、野生水果101种，脊椎类动物301种，鸟类208种，己鉴定的昆虫456种。其中列入国家重点保护的珍稀濒危野生动植物有68种，如蟒、豹、黄腹角雉、白鹇（广东省鸟）、苏铁蕨、伯乐树、广东松、福建柏等。
英德石门台自然保护区是广东省内贴近自然、能体现人与自然完美融合的旅游景区。九州驿站具特色的是天门沟景区的水，一汪清泉从千米高空跌落，在山石丛林间婉转徘徊，贯穿九站一廊十个景点,在这里,整个人都被融化，与自然合为一体。 将人与自然更加贴近的，是九州驿站的树屋村。 经规划者匠心独运的天才设计，树屋全由原木搭造，以木桩为支撑，依树而建。莽莽森林里，一座座木屋掩映其中，好似远古时代群居人类在树上结的巢穴。清晨早起，推窗远眺，满眼的葱茏碧翠，啾啾的鸟儿从面前轻盈飞过，此情此景，真的给人一种反古归林的幻觉。 在百鸟堂景区露营也许是另外一种亲近自然的体验。百鸟堂景区位于九州驿站的高处，海拔1000多米，整个景区内覆盖着厚厚的高山草甸，置身其中，仿佛来到了风吹草低现牛羊的北国草原。约上三五知己驱车前往，在草地上搭帐而居，以天为被，以地做床，体验天人合一的至高境界。
