漳县珍稀水生动物国家级自然保护区地处秦岭、青藏高原和黄土高原的交汇地带，是三大地槽结构的交接处，具有明显的地理过渡特征，是国家二级保护动物秦岭细鳞鲑分布的最西界，裂腹鱼类分布的最东北界，在淡水鱼类地理分布格局方面具有一定的典型性。秦岭细鳞鲑、水獭等多种珍稀水生动物在该区域已形成了稳定的生态种群。分布于保护区内渭河上游主要支流的秦岭细鳞鲑，是世界上细鳞鲑属在北半球自然分布的南界，是我国乃至世界上极为重要的处于自然状态的山涧溪流水生生态系统，具有代表性和稀有性。
漳县珍稀水生动物国家级自然保护区主要保护对象为国家Ⅱ级保护水生动物秦岭细鳞鲑等。保护区位于漳县漳河、龙川河、铁钩河、榜沙河等河流的山区，有大小支流20条，河流总长度274公里，总面积3775公顷，其中：核心区1485公顷，占保护区总面积的39.34%，长度148公里；缓冲区1240公顷，占32.85%，长度71公里；实验区1050公顷，占27.81%，长度55公里，海拔1640-3941米。
