历史沿革
1988年5月9日，国务院发布《关于公布第二批国家级森林和野生动物类型自然保护区的通知》，标志着祁连山自然保护区已经成为国家级森林和野生动物类型自然保护区之一。
1990年4月25日，甘肃省林业厅批复祁连山国家级自然保护区所属单位的自然保护站（古城、东大河、西营河等21个保护站、东大山、昌岭山自然保护区名称不变）。
1992年2月3日，甘肃省林业厅批准成立山丹龙首山自然保护站，划归祁连山保护局统一管理。
2002年12月24日，甘肃省林业厅批复东大山、龙首山、昌岭山自然保护区加挂甘肃祁连山国家级自然保护区东大山、龙首山、昌岭山自然保护站牌子的批复。
2017年12月19日，从甘肃省古浪县政府了解到，按照国家对祁连山国家级自然保护区（古浪段）生态环境保护问题整改整治工作要求，由环保部遥感监测和当地自查出的7个方面的14个问题日前已全部完成整改，并通过县级验收和市级复核验收。
地理环境
位置
甘肃祁连山国家级自然保护区地处青藏、蒙新、黄土三大高原交汇地带的祁连山北麓，位于甘肃省境内祁连山北坡中、东段。
地质地貌
祁连山脉西段由走廊南山、黑河谷地，托莱山，托莱河谷地，托莱南山、疏勒河谷地，疏勒南山、哈拉湖盆地，党河南山、喀克吐郭勒谷地，赛什腾山、柴达木山、宗务隆山等一系列山脉与宽谷盆地组成。祁连山脉东段有冷龙岭、大通河谷地，大通山、大坂山。在一系列平行山地中，南北两侧和东部相对起伏较大，山间盆地和宽谷海拔一般在3000～4000米之间，谷地较宽，两侧洪、冲积平原或台地发育。疏勒南山以东的北大河、黑河、疏勒河、大通河和布哈河等五河之源所在的宽谷盆地海拔高达4100～4200米。祁连山海拔4500～5000米以上的高山区现代冰川发育，现代冰川和古冰川作用的地貌类型都较丰富。祁连山区由于多年冰土的下界高程一般为3500～3700米之间，使大多数山地和一些大河的上游都发育着冰缘地貌。在冻土带以下的地貌作用中，东部以流水作用为主，西部风成作用较为明显。
气候
祁连山脉国家级自然保护区属大陆性高寒半湿润山地气候。表现为冬季长而寒冷干燥，夏季短而温凉湿润，全年降水量主要集中在5～9月，该区由浅山地带向深山地带，气温递减，雨量递增，高山寒冷而阴湿，浅山地带热而干燥。随着山区海拔的升高，各气候要素发生有规律自下而上的变化，呈明显的山地垂直气候带。自下而上为：浅山荒漠草原气候带、浅山干草原气候带、中山森林草原气候带、亚高山灌丛草甸气候带、高山冰雪植被气候带。
区域范围
祁连山国家级自然保护区总面积265.3万公顷，区域范围为东经97°25′～103°46′，北纬36°43′～39°36′。其中，核心区面积为802261.6公顷。祁连山国家级自然保护区地跨武威、金昌、张掖3市的凉州、天祝藏族自治县、古浪、永昌、甘州、山丹、民乐、肃南裕固族自治县8县（区）。缓冲区面积为470625.2公顷，实验区面积1380136.2公顷。
保护目标
保护对象
祁连山国家级自然保护区以青海云杉、祁连圆柏、蓑羽鹤等生物为保护对象。
植物
鬼箭锦鸡儿为豆科锦鸡儿属多刺矮灌木，直立或横卧，高1-3米。基部分枝，树皮深灰色或黑色。
唐古特红景天属景天科红景天属，株高5～25厘米。根状茎粗壮，木质化。花茎多数丛生，基部具多数枯茎，下部偃卧，上部直立。叶细线形，宽不超过1毫米。花较大，雄蕊与雄花的花瓣等长或稍长；雌花的心皮约为雌花花瓣的2倍。
星状风毛菊，别名伏地风毛菊 ，属凤毛菊属，一年或二年生草本，几无茎。叶多数，密集成星状莲座状，草质，条形，长6～19厘米，宽5～15毫米。
动物
蓑羽鹤属国
家二级重点保护动物。体型略小（约105厘米）而优雅的蓝灰色鹤。头顶白色，白色丝状长羽的耳羽簇与偏黑色的头、颈及修长的胸羽成对比。三级飞羽形长但不浓密，不足覆盖尾部。
卷羽鹈鹕属国家二级重点保护动物。体型硕大（约175厘米）的鹈鹕。体羽灰白，眼浅黄，喉囊橘黄或黄色。喜群栖，捕食鱼类。
白鹈鹕属国家二级重点保护动物。体型甚大（约160厘米）的白色鹈鹕。体羽粉白，仅初级飞羽及次级飞羽褐黑。喜湖泊及大型河流。
灰鹤，俗称鹘噜雁，属国家二级重点保护动物。成鸟体羽大都灰色。雌雄相同。虹膜黄褐色；嘴黑灰，先端乳黄；胫的裸出部分，跗（足加庶）及爪角质灰黑色。
疣鼻天鹅属国家二级重点保护动物。体大（约150厘米）。越冬鸟结大群于湖泊或河流中。
管理机构
2006年，祁连山国家级自然保护区辖昌岭山保护站、东大河保护站、大河口保护站、大黄山保护站、东大山保护站、古城保护站、哈溪保护站、华隆保护站、康乐保护站、隆畅河保护站、龙首山保护站、马场保护站、马蹄保护站、祁丰保护站、祁连保护站、十八里堡保护站、上房寺保护站、寺大隆保护站、森林公安分局、乌鞘岭保护站、夏玛保护站、西水保护站、西营河保护站23个保护站。
旅游
文殊寺
文殊寺位于甘肃省肃南裕固族自治县祁丰藏族乡，是一处佛教石窟群。始建于北凉时期（401年～433年）。洞窟依山势开凿于文殊山前山和后山的崖壁上，分布于南北1.5公里、东西2.5公里的范围内。现存窟龛100多个，其中有早期中心柱窟8座，禅窟1座，窟前寺院遗址28处。现存较重要的洞窟有前山千佛洞、万佛洞、后山古佛洞和千佛洞等，均为穹隆顶、平面近方形的中心柱窟。
豹子头森林公园
豹子头森林公园位于甘肃省金昌市永昌县东大河自然保护站境内，距永昌县城28公里。沿途有骊轩遗址、蛤蟆泉、炒铁台、照子洼等人文景观和自然景点。区内高差悬殊，海拔2400米～3900米，形成了集森林、草原、冰川等陆地生态系统为一体的山地高原森林景观。
马蹄寺
马蹄寺位于肃南裕固族自治县境内；北距张掖市65公里。石窟由胜果寺、普光寺、千佛洞、金塔寺、上、中、下观音洞七处组成，共有70余处窟龛，始建于北凉。因传说中的天马在此落有马蹄印而得名。普光寺的三十三天洞，上下五层二十一窟，宝塔形排列，内有佛殿，外有回廊，共开内外窟龛达49孔之多。
生态价值
1980年，国务院确定祁连山水源涵养林为国家重点水源涵养林区。
2000年，保护区被确定为国家天然林保护工程区。
2004年，保护区森林被认定为国家重点生态公益林。
2008年，在国家环保部公布的《全国生态功能区划》中，将祁连山区确定为水源涵养生态功能区，将“祁连山山地水源涵养重要区”列为全国50个重要生态服务功能区之一。
环保问题
2017年7月20日，党的十八大以来，党中央高度重视生态环境保护。祁连山是我国西部重要生态安全屏障，是黄河流域重要水源产流地，是我国生物多样性保护优先区域，国家早在1988年就批准设立了甘肃祁连山国家级自然保护区。长期以来，祁连山局部生态破坏问题十分突出。
调查核实
一、是违法违规开发矿产资源问题严重保护区设置的144宗探矿权、采矿权中，有14宗是在2014年10月国务院明确保护区划界后违法违规审批延续的，涉及保护区核心区3宗、缓冲区4宗。长期以来大规模的探矿、采矿活动，造成保护区局部植被破坏、水土流失、地表塌陷。
二、是部分水电设施违法建设、违规运行。当地在祁连山区域黑河、石羊河、疏勒河等流域高强度开发水电项目，共建有水电站150余座，其中42座位于保护区内，存在违规审批、未批先建、手续不全等问题。由于在设计、建设、运行中对生态流量考虑不足，导致下游河段出现减水甚至断流现象，水生态系统遭到严重破坏。
三、是周边企业偷排偷放问题突出。部分企业环保投入严重不足，污染治理设施缺乏，偷排偷放现象屡禁不止。巨龙铁合金公司毗邻保护区，大气污染物排放长期无法稳定达标，当地环保部门多次对其执法，但均未得到执行。石庙二级水电站将废机油、污泥等污染物倾倒河道，造成河道水环境污染。
四是生态环境突出问题整改不力。2015年9月，环境保护部会同国家林业局就保护区生态环境问题，对甘肃省林业厅、张掖市政府进行公开约谈。甘肃省没有引起足够重视，约谈整治方案瞒报、漏报31个探采矿项目，生态修复和整治工作进展缓慢，截至2016年底仍有72处生产设施未按要求清理到位。
严肃追责
为严肃法纪，根据《中国共产党问责条例》、《中国共产党纪律处分条例》、《党政领导干部生态环境损害责任追究办法（试行）》等有关规定，按照党政同责、一岗双责、终身追责、权责一致的原则，经党中央批准，决定对相关责任单位和责任人进行严肃问责。
一、责成甘肃省委和省政府向党中央作出深刻检查，时任省委和省政府主要负责同志认真反思、汲取教训。
二、甘肃省政府党组成员、副省长杨子兴分管祁连山生态环境保护工作，在修正《甘肃祁连山国家级自然保护区管理条例》过程中把关不严，致使该条例部分内容严重违反上位法规定，对查处、制止违法违规开发项目督查整改不力，对保护区生态环境问题负有领导责任，给予其党内严重警告处分。
甘肃省委常委、兰州市委书记李荣灿（时任甘肃省委常委、副省长）对分管部门违法违规审批和延续有关开发项目失察，对保护区生态环境问题负有领导责任，由中央纪委对其进行约谈，提出严肃批评，由甘肃省委在省委常委会会议上通报，本人在甘肃省委常委会会议上作出深刻检查。
甘肃省人大常委会党组书记、副主任罗笑虎（时任甘肃省委常委、常务副省长）对分管部门违法违规审批和延续有关开发项目失察，对保护区生态环境问题负有领导责任，由中央纪委对其进行约谈，提出严肃批评，由甘肃省委在甘肃省人大常委会党组会议上通报，本人在甘肃省人大常委会党组会议上作出深刻检查。
保护政策
2017年7月24日，省十二届人大常委会第三十四次会议听取了省人民政府关于《甘肃省祁连山国家级自然保护区管理条例(修订草案)》的说明。《条例(修订草案)》严格按照上位法规定的内容，增加了7类禁止性活动，形成了禁止在保护区内进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖沙等10项禁止性活动。
