甘肃民勤连古城国家级自然保护区是在1982年建立的甘肃省级沙生植物自然保护区的基础上，经省政府批准，于2002年7月经国务院批准晋升为国家级自然保护区。2005年8月，由甘肃省政府批准成立甘肃民勤连古城国家级自然保护区管理局，隶属甘肃省林业厅管理。
民勤连古城国家级自然保护区位于民勤县境内的荒漠区域内， 东北被腾格里沙漠包围，西北有巴丹吉林沙漠环绕，北、西、南三面蔽着民勤绿洲， 其地理位置在北纬38 °10'08''～39 °09'10'' ，东经 103°30´00'' ～103°57´40'' 。
民勤连古城国家级自然保护区南北宽约90公里，东西长6.5～125公里不等。以民武公路为界，保护区分东南半区和西北半区，总面积为389882.5公顷，占民勤国土面积的四分之一，是全国面积大的荒漠生态类型国家级自然保护区。
民勤连古城国家级自然保护区分为核心区、缓冲区和实验区三个功能区，其中核心区面积121058.5公顷，占31.5%，缓冲区面积151664.3公顷，占38.9%，实验区面积117159.7公顷，占30.05%。
民勤连古城国家级自然保护区以保护荒漠天然植被群落、珍稀濒危动植物、古人类文化遗址和极端脆弱的荒漠生态系统为主要对象。
民勤连古城国家级自然保护区现有天然林面积234104.6公顷，依次为白刺群落、猫头刺群落、盐爪爪群落、沙拐枣群落、柠条林群落、绵刺群落、霸王群落、麻黄群落、柽柳群落、红砂群落、胡杨群落等；保护区共有种子植物64科227属474种，有国家重点保护植物13种，其中：国家一级有裸果木、绵刺、发菜等3种，国家二级有蒙古扁桃、沙冬青、肉苁蓉、草麻黄、斑子麻黄、沙拐枣、朝天委陵菜、甘草、沙芦草、短芒披碱草等10种。
民勤连古城国家级自然保护区旅游资源有陆生野生动物约24目43科89种，有国家重点保护动物12种，其中:国家一级有金雕1种，国家二级有鸢、苍鹰、雀鹰、白头鹞、游隼、灰背隼、纵纹腹小、长耳、短耳、荒漠猫、鹅喉羚等11种。
民勤连古城国家级自然保护区有沙井文化遗址（柳湖墩遗址、火石滩遗址和小井子滩遗址）、古城遗址（连城遗址、古城遗址、三角城遗址）、驿铺遗址（宁边驿、黑山驿遗址）、古墓葬、古建筑（汉明代长城、烽隧）等古人类文化遗址。
甘肃民勤连古城国家级自然保护区重点从本底调查、荒漠植被恢复重建技术及生物多样性保护等10个方面进行基础性的科学研究积累，先后承担开展了国家科技支撑项目“民勤沙漠化防治与生态修复技术集成试验示范研究”的支项目“民勤连古城雨养白刺沙堆生物生态系统建设技术示范”，省科技支撑项目“石羊河下游白刺资源调查与繁育技术研究”、“石羊河下游干旱荒漠区退化植被修复重建技术研究与示范”、“石羊河下游干旱荒漠区森林病虫害综合治理技术研究”及自列项目等13个科研项目。“石羊河下游白刺资源调查与繁育技术研究”等2个项目获甘肃省科技进步二等奖，发表科技论文59篇，获得实用新型专利10项，制定甘肃省技术标准4项。
甘肃民勤连古城国家级自然保护区是在原连古城省级自然保护区面积扩大后，于2002年7月经国务院批准晋升为国家级自然保护区，2005年8月经甘肃省编委办、省林业厅批准成立甘肃民勤连古城国家级自然保护区管理局，县级建制，隶甘肃省林业厅。管理局内设办公室、组织人事科、计划财务科、保护监测科、科研管理科、产业开发中心，下设红崖山、连古城、勤峰、黄岭、三角城、南湖、花儿园7个保护站。
民勤连古城国家级自然保护区属重要荒漠生态系统和典型荒漠野生动植物分布区，具有地带典型性、生物多样性、稀有物种的特殊性、自然生态的完整性等特征，生态质量较高，具有较高的学术和科研价值。保护区呈半环状屏障着民勤绿洲，在风沙线前沿，扼守住民勤绿洲和河西走廊的腰部，生态区位十分重要。保护区的建立和发展对防治荒漠化，特别是在减少和防治沙尘暴危害及遏制两大沙漠合拢方面具有重要的战略意义。生态区位的重要性主要体现在四个方面：一是阻挡巴丹吉林和腾格里两大沙漠合拢；二是保卫230万亩民勤绿洲；三是维系区域生态平衡；四是保护极端脆弱的荒漠生态系统及其生物多样性。因此，建设好、管理好连古城保护区，对于维护民勤、石羊河流域、甘肃西部的生态平衡乃至中国西部的国土安全，保护、保存珍贵的荒漠物种基因及生物多样性都具有极其重要的作用。
