清末民初
林森幼居福州，于光绪三年（1877年）入学读书。光绪七年（1881年），林森进鹤岭英华书院。光绪九年（1883年），林森考入台湾中西学堂电科。次年（1884年），林森在台北电信局工作。
光绪十七年（1891年），林森与邻村郑氏女结婚。
光绪十九年（1893年），郑氏病故，林森誓不再娶。
光绪二十一年（1895年），台湾被割让日本，林森参加抗日军，失败后回闽侯入母校英华书院任教。
光绪二十四年（1898年），林森再度赴台湾，加入兴中会，又考取台南地区法院嘉义支部通译，联络岛上爱国志士，进行反清抗日活动。次年（1899年），林森因日本侦捕返回福建闽侯。
光绪二十八年（1902年），林森考入上海海关任职，组织旅沪福建学生会。
光绪三十一年（1905年），林森创办福州阅报社。
革命时期
宣统元年（1909年），林森由上海调往江西省九江海关工作，设立当阳书报社宣传革命。创办商团，举办军事训练班，联络新军，为武装反清作准备。
宣统三年（1911年）10月23日，九江响应武昌起义，林森任九江军政府民政长。
民国元年（1912年）1月，林森任南京国民临时政府参议院议长。次年（1913年）4月，林森出席北京第一届国会，被选为参议院议长。二次革命爆发，国民党议员离京南下。二次革命失败后，林森于12月赴日本。
民国三年（1914年），林森离日本赴美洲，开展筹饷和党务活动，在此期间策划谋杀民国三大名记者之一的黄远生（后证明是误杀）。
民国五年（1916年）7月，林森离美回国，并于8月任广州孙中山大元帅府外交部部长。
民国七年（1918年）10月，林森被选举为参议院院长兼宪法会议议长。
民国十年（1921年）1月，林森任非常国会议长。次年（1922年），林森出任福建省省长。
民国十二年（1923年）2月，林森被召回任大本营建设部部长兼治河督办。10月，中国国民党改组会议在广州召开，林森负责国民党改组事宜。次年（1924 年）1月，国民党第一次全国代表大会在广州举行，林森被选为中央执行委员，任命为国民党海外部部长。
民国十四年（1925年）3月孙中山逝世后，林森为西山会议派领袖之一。7月，广州国民政府成立，林森被选为常委，多次被选为西山会议派中央常委兼海外部部长。次年（1926年）元旦，国民党“二中”全会召开，通过《弹劾西山会议决议案》，林森受警告处分。会后不久，林森赴南京主持中山陵建设。
民国十六年（1927年）9月，宁、汉、沪三方合流，被推为南京国民政府常务委员。次年（1928年）9月，林森任国民党中央政治会议委员；10月，林森任国民政府立法院副院长。
民国十八年（1929年）1月，林森任国民政府任务委员会委员长、国民党中央监察委员。
抗战时期
民国二十年（1931年）1月21日，林森任国民政府主席。2月，林森赴菲、澳、美、英、德、法诸国慰问侨胞并视察党务。3月，林森还在国外，国民党中央常委会选其为立法院院长。4月，国民党中央4名监委通电弹劾蒋介石，时林森虽在国外，也列名其中。12月，蒋介石下野，林森被推为国民政府代理主席，并确定主席为国家元首，不负实际政治责任。次年（1932年）元旦，林森就职。一·二八淞沪抗战后，林森主持召开国难会议，强烈抗议日本承认伪满洲国。
民国二十四年（1935年）11月召开的国民党第五次全国代表大会上，被推选为常务监察委员。次年（1936年）12月西安事变时，林森代理国民党中央政治委员会主席，明确表示“讨伐令不可下”，力主和平解决，认为“张学良部队是爱国的”，促成西安事变和平解决。
民国二十六年（1937年）1月4日、2月18日，林森以主席名义连下赦免令、复权令，但蒋介石拒不执行，反而长期幽禁张学良。7月7日，日本侵略者制造七七事变，全面发动侵华战争，林森遂号召“全民奋起，全力抵抗”。10月，国民政府西迁重庆，林森随之只身入蜀。不久，北平、南京相继成立伪政权，林森便发表严正声明，并发布明令通缉汉奸头目。次年（1938年）3月，林森赴武汉主持国民党临时全国代表大会，通过《抗战救国纲领》。7月，国民参政会召开，林森为之致词，手书“抗战必胜”来激励全国军民。12月，汪精卫叛逃投敌，林森以国民党中央监察常委身份力主开除汪精卫党籍，并明令通缉。
民国三十年（1941年）12月9日，林森以国家元首名义向德、意、日三国宣战，并于此后致力于废除中国和美国、英国等列强签订的不平等条约。
民国三十二年（1943年）1月，中美、中英新约签署，林森不胜欣喜，特邀宋庆龄、于右任等国民党元老合影。8月1日，林森因车祸在重庆逝世，终年75岁。弥留之际，林森嘱咐蒋介石等人务必要光复台湾。同月，国民政府为林森举行隆重国葬，将林森安葬于重庆市歌乐山南麓“林园”内。同年8月15日下午2时，延安各界数千人在边区大礼堂举行了隆重的公祭国民政府主席林森大会。到会的有陕甘宁边区政府主席、第三届国民参政员林伯渠、吴玉章、高岗、晋西北行署主任续范亭、国民政府军事会员联络参谋徐佛观、郭仲容，以及边区各机关、学校、部队、团体的代表。9月7日上午，公祭林森的典礼分别在重庆的山洞双河桥、市内的新运服务所以及夫子池忠义堂举行。典礼开始后，每隔30秒，即鸣放礼炮一发，直至101响。官方及民间人士络绎不绝地前往吊唁。同时，全国各地都设置了林森灵堂以供吊唁。
近代叶楚伧：公生平宁静淡泊，勤整廉贞，举措抑扬，不私奸匿，造次颠沛，不离规矩，居常和易，童稚可亲。临大难，持大节，则峥峥岳岳，凛乎如神。（《国民政府林故主席森墓志铭》）
近现代胡适：林子超先生把国府主席做到了“虚位”，以至于虚到有的人居然已经“目中无主席”了。（《盗火与革命》）
国民政府：林故主席子超先生，以高龄钜德，任职十有二年，恭已临民，睿谟默运，育成民德，邦本用宁。故能临大事，决大疑，处变而不惊，慎谋而能断。洵足光耀史乘，表率群伦。（国民政府褒崇令，即国民政府三十二年十一月十六日令）
中共中央：①国民政府林主席治丧委员会公鉴：国府主席林公，领导抗战，功在国家。兹闻溘逝，痛悼同深！（中共中央致林森治丧委员会的唁电）②（林森）是著名的老一辈民主革命家。（《辛亥革命中参与领导各地举义的福建籍革命志士十人小传》）
新华日报社：林主席承继国父的遗志，毕生尽瘁于中华民族的解放事业。12年来，更亲自领导了抗战建国的伟大而艰苦的事业，不仅全国敬仰，友邦也莫不钦佩。（《为元首逝世致哀》）
