清同治三年（1864年）10月19日（阴历九月十九日），黎元洪生于湖北汉阳府黄陂县木兰乡东厂贩沙岗岭。史载，幼年黎元洪“头角峥嵘，具厚德载福之像”。黎元洪出生之日是民间传说的观音出家之日，故而打小他就被家人寄予厚望。史称黎氏素怀大志，富有革命思想，其名为元洪两字，亦大有深意。盖隐以元末之朱洪武（朱元璋）自居，而又含蓄自然。 还有一说认为，黄陂黎氏乃洪秀全的同族，黎元洪本姓洪，不姓黎，其名字隐含有原系姓洪之意。黎家虽靠近县城，但周边却很荒凉，有着无数的农田和大片的荒野。除了几处只有富裕人家子弟能够上得起专教经书的私塾外，没有一所学校。黎元洪幼年家境贫寒，他的父亲居住在乡下，生活艰辛，只种了很少田地。为改变生活窘迫的现状，父亲黎朝相迁居县城，同治十一年（1872年）经族人介绍，黎元洪决定投军效力。黎元洪十四岁时，因驻防天津北塘，全家也迁居天津。 同治十二年（1873年），黎元洪师从当地著名教习天津的李雨霖学习四书五经和作文。
在晚清以科举取士的时代，黎元洪却没有追逐功名，所以他没有坚持走这条通过传统教育以科举考取功名而改变人生的道路。光绪九年（1883年），黎元洪考入天津北洋水师学堂管轮科， 海军教育的开始。北洋水师学堂是时任直隶总督李鸿章奏设的培养北洋海军人才的学校，施行英式海军教育，开设英国语言、地舆图说、算学、几何、代数、三角、驾驶、测量、推算、重学、化学格致等课程，并习经史文义，训演枪炮、鱼雷、机器等外国水师操法；学生毕业后任职北洋海军或选送外国留学。北洋水师学堂因而被时人推崇为开风气之先，立中国兵船之本的壮举。黎元洪在学习中擅长轮机驾驶的技术，对引擎修造学尤其感兴趣，在水师学堂中的刻苦程度最高。因其学习成绩斐然和在教练舰上实习表现突出，深得教师和同学推重，年终被学校特予嘉奖。光绪十四年（1888年），黎元洪以优异成绩从天津水师学堂毕业，北洋大臣李鸿章赏给他六品顶戴，并给予其把总的职位。此后，他被派至北洋水师来远号快船见习海军技艺，有海道、驾驶、帆缆、枪炮、列阵等训练项目。
黎元洪训练时与同事关系颇为融洽。光绪十六年（1890年），黎元洪由北洋水师提督丁汝昌调赴广东广甲舰，充当三管轮，负责巡视琼崖、虎门、汕头，管理机器开关、拆洗及保养事务，兼管储料生火诸事。他勤于职司，大多数时间都在南方沿海进行巡视。光绪十七年（1891年）秋，黎元洪经北洋大臣李鸿章保奏、清廷批准先后从把总晋升为千总。又自广甲三管轮拔充为二管轮。由六品顶戴赏换五品顶戴，只领功牌。光绪二十年（1894年），中日甲午战争爆发。黎元洪所在的广甲舰被抽调编入了由海军提督丁汝昌率领的北洋舰队来参战。广甲舰是铁肋木壳船体，平时为教练及安放鱼雷之用，较之日人的钢甲兵舰的威力相差甚远，对于猛烈的海战自然很难抵挡。在9月17日的黄海战役中，广甲舰触礁搁浅以致未能行驶。为躲避日军的追捕，黎元洪跳海得以逃生。及此，黎元洪结束了为期十二年的海军生涯，告别了曾尽心效力的北洋水师。
甲午战后，清政府认识到采用西方先进的军事技术和军事制度已是当务之急。为防患于未然，他们更是大举修筑军事战备和招揽海军人才。两江总督张之洞在南京编练自强军，设延才馆，发布檄文聘请水师学生。光绪二十一年（1895年），黎元洪到南京投奔效劳。张之洞接见黎元洪时，询其海军经历及建造防御工事的观点后甚是欢喜，认为黎元洪是忠诚可靠且有能力之人，遂委以监造金陵狮子山、幕府山、清凉山、乌龙山炮台工程的重任。在工程建设中，黎元洪亲临险要的工地，勤奋监工，风餐露宿。 竣工后又先后被委任为炮台总教习和专台官。张之洞对黎元洪有知遇之恩，是黎元洪进入权力集团的引路人，他给黎元洪提供了充分发挥才能的政治舞台。
光绪二十二年（1896年），张之洞回任湖广总督。黎元洪应张之洞之召随同回到湖北家乡，在湖北枪炮厂负责监制快炮，从此结束二十余年的北漂生活。张之洞到湖北后继续编练新军，加强军事建设。因为湖北居长江上流，多有会党人员出没，故而应该多驻兵拨款。黎元洪以此为由，向朝廷奏请将自强军中己经练成的原江南护军前营500人调往湖北，扩充为前后两营，编成湖北护军，作为湖北练兵的模范。湖北新军的营制仿德国军制，张之洞任黎元洪为护军后营帮带，五品顶戴尽先补用千总；后又以黎擅骑术，任为马队管带。在湖北护军编练取法上，随着形势的变化，张之洞认为日本与中国同种、同教、同文、同俗，而且军事变革已经初见成效，所以中国想要学习欧美各国的军事制度，应该先以日本为阶梯。遂从学习德国转而师法日本，光绪二十四年（1898年）、二十五年（1899年）、二十七年（1901年），在湖北当差的黎元洪受张之洞委派，先后三次到日本留学考察军事教育和观摩仙台大操，内容涉及各个方面，黎元洪逐步充当了清末军事现代化风潮的地方军制改革的先锋。黎元洪每次考察回国后都写下日本军事考察报告送呈张之洞检阅，引起了张之洞的极大兴趣。学习考察后归来的黎元洪颇得张之洞赏识和倚重，被提拔为各营教练官，又兼训新兵，成为编练湖北新军的高级将官。
光绪二十五年（1899年），黎元洪得张之洞保举侯补千总，以守备尽先补用。二十世纪初，清政府又开始推行清末新政，湖北开各省风气之先，加紧施行。黎元洪奉命协助办理将绿营、防营结束后，又增招新兵，扩充武备学堂设备。在日本所学的西式教育的洗礼下，黎元洪的军事思想开始进入了湖北最高军事决策层的视野，并付诸实践。张之洞先后多次采纳他的军事改革建议：一是规定水陆各营所辖兵勇凡遇有重大过犯者，均交执法官审讯，不得擅杀；二是将武备学堂及防营将弃学堂合并改为武高等学堂，另设武普通中学堂。前者为张之洞军事学堂体系中的高等军事教育机构，后者为中等军事教育机构。武高等学堂程度与日本陆军士官学校相等，为武普通中学堂毕业学生升学之地，为湖北乃至全国培养了大量军事近代化所需的人才。三是湖北省会开办警察，从各营选拔优秀士兵进行训练后充任。因在军事实践中表现突出，黎元洪的仕途平步青云。
黎元洪在镇压自立军起义和庚子汉口起事后，从免补千总守备，以都司尽先补用，授三品顶戴。光绪二十九年（1903年）到光绪三十年（1904年），他奉命统带护军前锋四营，旋即提为清军协统，紧接着又升任第二镇统制兼护统领事，开始指挥张之洞麾下最精锐的新军部队。嗣后，他又提调兵工、钢药两厂，兼理丝麻纱布四局会办。此间，黎元洪率师阻击英、德舰队驶入长江的行动；协助建立了两湖劝业场及益智场、省城外火药库两所，颇有建树，受到清廷的嘉赏。黎元洪在新军建设上的积极努力，不仅使湖北军事改革走上了正轨，而且在官兵素质和军事教育等方面，为新型军事制度的确立奠定了基础。
随着湖北新军的建设规模不断扩大，黎元洪还兼管了六楚舰队（楚材、楚同、楚豫、楚有、楚观、楚谦等六舰）和四湖雷艇（湖鹏、湖鹊、湖鹰、湖集等四艇），实际上掌握了长江舰队，把持了湖北陆军和水师两支重要的军事力量。光绪三十一年（1905年），曾任天津水师学堂管轮班监督、黎元洪的授业之师萨镇冰调任总理南北洋海军广东水师提督。这为师徒二人加深接触到日后提供援助搭建了很好的外部基础。次年，清政府派袁世凯与兵部侍郎铁良为阅操大臣在河南彰德（今安阳）举行秋操。湖北方面由张彪、黎元洪选拔人员参赛。黎元洪指挥得体，能与各省新军争胜，当场获得“军容盛强，士气锐健，步伐技艺均己熟练精娴，在东南各省中，实堪首屈一指”的好评。鄂军射击技术获得最优等奖励。黎元洪因此成为清军中赫赫有名的高级将领。不久，张之洞奉调入京，赵尔巽继而为湖广总督，欲以黎元洪代张彪为第八镇统制。黎元洪力辞不就。光绪三十四年（1908年），黎元洪又兼任中军副将，不久即卸与张彪。宣统元年（1909年），黎元洪兼任武昌陆军特别学堂会办。他每逢外籍教习在校讲课时，常常列席旁听，与学生共求深造。先后听取日人教习铸方炮兵大佐及寺西步兵中佐等人讲述炮兵学及诱导计划等课程。
从光绪二十二年（1896年）到宣统三年（1911年）的十五年间，黎元洪一直在湖北担任重要职务训练新军，他知兵爱兵，和新军战士结下了深厚的感情，与此同时，随着湖北革命力量的渗入，他所带领的陆军第二十一混成协集结了大量共进会、文学社等革命团体的力量。随着清末民主革命力量的形成，黎元洪在湖北新军中的地位和作用日渐明显，成为清政府和革命党人双方都希望争取到的盟友。对清政府而言，黎元洪是其镇压随时可能发生的革命斗争的一支重要力量，是清政府国家机器腹部上一支重要触手。对革命党人而言，黎元洪使他们颇具好感，争取其反正对领导起义、推动革命形势发展具有特殊的带动作用。
宣统三年（1911年）春夏，在清政府铁路国有政策的刺激下，湖北等地爆发了大规模的保卫铁路权益的斗争风潮。时任督办鄂境川汉铁路大臣的张之洞主张由“自办”转为举借外债，推行“以官力压商力，以外资压内资”的政策。各界人士听说，都惧怕利权为外国攫取，群情汹汹，奔走呼号，力阻借款，掀起了轰轰烈烈的保路运动。黎元洪身为湖北军界的领袖人物，以军界代表的身份成为湖北保路筹款组织“铁路协会”的成员。后来在公推保路会赴京请愿代表时，黎元洪虽为众望所归，但由于军界统领身份不宜出任代表而作罢。有人认为，保路运动是武昌起义之先声，黎元洪之所以在起义之后被举为大都督，与此时黎元洪的举措息息相关。
宣统三年（1911年）9月，武昌局势日渐紧张。南湖炮队失事给湖北当局很大震惊。文学社、共进会等湖北革命党人的起义领导机关不得不分散设置，采取隐蔽措施。10月2日到3日，黎元洪和瑞徵、张彪、铁忠等人两次召开紧急会议，策划防卫措施。因湖北省总军火库楚望台乃军事要害，军事参议官铁忠提议以第三十标第一营旗籍兵士替换革命党人居多的工程第八营兵士驻守，以防滋生意外。黎元洪反对。张彪考虑到工程第八营隶属自己的第八镇部下，为防人指摘，遂认同了黎元洪的建议。10月9日，孙武等在汉口不慎引爆炸药，革命党人仓皇逃避，武汉三镇革命机关遭到清政府的大肆搜捕和围剿。随后，黎元洪被瑞徵委以按收缴的名册大行搜捕革命党人的任务。黎元洪害怕酿成巨变，于是向瑞微请示，请求适当地改变处理方法。瑞徵怀疑黎元洪怀有二心，严词申斥，立即派遣张彪率宪兵驰往工程营搜捕革命党。黎元洪认为杀了三个革命党，搜获了革命党的秘密名册，名册上很多是军中兵士，在军队中恐怕要出乱子了。
10月10日晚，武昌起义爆发。黎元洪坐镇协司令部一一第四十一标和三十一标同驻的左旗营房，黎元洪得知驻塘角的二十一混成协辍重队纵火起事时，即下令禁止官兵出入，并亲率管带、队官巡视营门，加意防范，又用会议形式，集官长于一室，借以延宕时间。黎元洪将四十一标全体官佐召集到会议厅，目的是防止他们发生哗变。然而此时军心动摇，黎元洪也无法控制。这时，他也清楚地认识到革命形势发展与自身将来处境息息相关。10月11日，首义革命党人、湖北诸议局议员和绅商代表共同召开联席会议，集议革命不能群龙无首，当务之急是要马上请出一位德高望重、为国人所熟知的领导人，组建军政府。黎元洪被革命党人强迫推举为湖北军政府都督。汉口、汉阳光复，各国领事宣布“中立”，才宣告就职。各省都督府代表联合会成立后，先后推选黎为中央军政府大都督、假定副元帅、大元帅。
宣统三年（1911年）10月13日召开的军事会议上，黎元洪就发表了任职以来的首次演说，分析指出当前革命的形势和面临的任务。指出革命军起义，是推倒清朝，恢复汉族的统治，是废除专制，建立共和的开始。并同意就任大都督之职。武昌起义爆发后，清军加大了湖北的作战力量，除湖北提督张彪率部继续驻扎汉阳外，还派出冯国璋率领的陆军、萨镇冰率领的海军抵达汉口作战。刚刚成立的军政府可以说是内外交困，黎元洪刚履任都督所面临的压力和考验也是双重的。一方面是内部的权力之争，另一方面是外部强大的军事压力。内部的压力主要是军政府权力分配问题，这也是黎元洪上任后遇到的第一个最为棘手的政治问题。
10月28日，同盟会领导人黄兴、宋教仁、田桐等人抵达武汉支援。黄兴为众望所归的、敢上前线冲锋陷阵的统帅，他的到来给革命军的士气打了一针强心剂。黎元洪委任黄兴为湖北革命军战时总司令，所有湖北军队和外省开赴湖北的援军悉归其节制调遣。但由于双方力量对比悬殊，汉口、汉阳相继失陷，革命党人不得不退守武昌以图自救，武汉保卫战进行得非常惨烈。与此同时，全国的革命形势的发展却十分有利。革命形势的变化拉开了南北议和的序幕。10月到11月之交，袁世凯嘱意曾任湖北新军管带、时为袁府幕僚和湖北籍道员的刘承恩，先后三次向黎元洪致函提出，南北战事应趁清廷下罪己诏悔过的机会暂且和平了结。对此，湖北军政府商议了权宜一时之计，即主张利用袁世凯反戈，只要袁世凯不反对革命，即推戴袁世凯为大总统。袁世凯认为革命党人虽居心巨测，但和平解决之意已明，遂继续边剿边抚、边打边拉来斡旋。11月10日，在黎元洪发出通电请独立各省组织临时中央政府以一军权的同日，袁世凯派出全权代表刘承恩、海军正参领蔡廷干携其手书到武昌都督府与革命军议和，并向湖北方面提出：如能承认君主立宪，两军立刻息战。否则仍以武力解决。湖北军政府则向袁世凯提出如果能顺从民意，则同意袁世凯的条件。不然，即使国家和人民受涂炭之祸，也不能屈从袁世凯。黎元洪虽然同意议和，但对袁世凯提出的君主立宪的条件严词拒绝，坚持以建立共和作为议和的根本条件。
从首义之初袁世凯诱和到清帝退位这段南北议和期间，黎元洪主战的态度也不是自始至终的，而是摇摆于“战”与“和”之间。在袁世凯幕僚游说黎元洪当前战事不能长久，当有议和转机，希望和平了结时，黎元洪所作复书语气恭顺。对袁世凯提出在实行君主立宪的基础上两军息战的议和条件时，黎元洪的反应温和，都可以考虑。停战议和是袁世凯瓦解革命力量的杀手铜的目的。12月9日，南北双方签订正式停战协定，资产阶级革命派发动和领导的反对清王朝的起义斗争至此告停。
民国元年（1912年）1月，中华民国临时政府在南京成立，黎元洪被选为副总统兼领鄂督。同年1月16日，孙武、刘成禺等首义诸人在上海成立民社，创办机关报《民声日报》，大力宣扬卢梭《民约论》中的民主思想，拥护黎元洪为首领，与同盟会争权，公开与同盟会对立， 跟临时政府分庭抗礼。黎元洪和民社的结合，双方都有其自身利益的考虑。民社依靠黎元洪，可以借首义领袖人物的威望来扩大自己的影响，进而达到干涉临时政府政治安排的目的。
孙中山就任临时大总统的当天，黎元洪就在致电南京临时政府和各省都督时指出：“袁世凯胸怀磊落，名满天下。此次因为袁世凯出仕清廷而未被当选，有识之士都为此感到惋惜。如果南北议和能快速达成，国人都能享受共和带来的好处。那袁世凯居功至伟，为什么不能选他呢？” 表现出了对袁世凯的推崇之情。这从另外一个侧面也反映出了他对孙中山领导下的临时政府组成班子的不满。以黎元洪为首的武汉方面和以孙中山为首的南京方面在财政筹款、国旗式样选取、定都等问题的决策上产生了较大的意见分歧。在这种情势下，南京临时政府施政有来自内部的强大阻力，各项工作部署落实起来显得异常的艰难。
与此同时，湖北革命党人内部也开始出现明显的分化，或为争权夺利，或为挽救革命成果，因而同室操戈的现象时有发生。黎元洪处于武昌权力集团的中心，在政府的内务、财政、外交、秘书厅等要害部门大量启用自己的旧部，拓展自己的势力，巩固自己的地位，这进一步激起了部分革命党人的强烈不满，遂而引发一起起推倒黎元洪的运动。但倒黎又往往以未遂告终，由此所引发的则是黎元洪通过实行对党人的大肆镇压来“清君侧”。双方的剑拔弩张使没有掌握政权和正规军队的革命党人队伍明显处于弱势地位，双方枪林弹雨的较量也就表现得异常血腥，“黎屠夫”之名更是因此不胫而走，广为传播。8月16日与袁世凯合谋，诱杀湖北军政府军务部副部长张振武和湖北将校团团长方维。黎元洪对革命党人的血洗和镇压，也使他牢牢地控制住了湖北军政大权。此间，黎元洪联袁反孙的政治路线，不但加速了葬送辛亥革命成果的步伐，也给整个民初政治扑朔迷离、反复无常埋下了历史的祸根。
赣宁之役后，在袁世凯的威逼利诱下，在国会中占半数议席之上的国民党议员开始分化。民国二年（1913年）8月5日，黎元洪领衔通电全国，主张先选总统再定宪法。10月6日，国会议员在袁世凯一手安排的打手要挟之下选举他为“正式”大总统。次日，黎元洪当选为副总统。随后，黎元洪应袁世凯之邀离开武昌，入京履职，居住在有“小蓬莱”之称的的中南海瀛台。12月22日，黎元洪以“前兼领湖北都督”的名义领衔邀集各省都督、民政长联名通电，主张给资遣散议员，解散国会，以政治会议取而代国会。前后在不到三个月的时间里，袁世凯就相继解散国民党、召开“政治会议”、解散国会、撤销各省议会、停办地方自治等，清除了他走向专制独裁道路的政治障碍。
民国三年（1914年）5月，袁世凯公布了把总统权力扩大到和皇帝一样的《中华民国新约法》，替代了民国元年的《临时约法》，并规定“立法院”为立法机关，“参政院”为总统咨询机关，所有参政由总统任命。6月21日，由70人组成的“参政院”正式成立，代替了以往的国会，黎元洪出任院长，为袁世凯向专制政权进发装点门面。此时，袁世凯依靠封建军阀武装已在全国建立起了较为稳固的统治基础，其帝制自为活动也随之日嚣尘上。对于袁世凯所进行的一系列帝制活动，黎元洪采取了消极抵制的态度。他首先是请辞本兼各职，试图从帝制活动中抽身而退。黎元洪在参政院的演讲中声明，此次会议期间，决不涉及参议院立法职权范围外之事， 并拒绝出席参议院会议，提出辞去副总统、参政院长等职，并向袁提出回湖北原籍修养的要求。袁世凯担心放虎归山，对此一律不予批准。黎元洪遂将居所由碱台迁往东厂胡同。
民国四年（1915年）12月12日，袁世凯正式称帝，成为中华帝国的皇帝。袁世凯称帝后的第一道命令就是册封黎元洪为“武义亲王”。在册封令下达之时，黎元洪委婉地拒绝。此时，各省督军、巡按使、镇守使、都统、巡阅使等纷纷以“东厂胡同黎亲王”、“武义亲王”、“黎亲王”等不同的电头致电向黎元洪表示祝贺。但黎数次拒绝了袁世凯各种变换招数的册封形式。
护国运动发生后，以云南、贵州起兵反对帝制最为剧烈。为消除战争，稳定大局，民国五年（1916年）3月28日，在袁世凯宣布取消帝制的第六天，副总统黎元洪就邀集辞职引退的原国务卿徐世昌、时任参谋总长兼代理国务卿段祺瑞联名就滇黔息兵问题四发勘电。滇黔问题最终在黎元洪等人和社会各界的共同努力下，蔡锷、唐继尧等人考虑到袁世凯己宣布取消帝制，遂放弃与中央的割据和战争，共建民国。民国五年（1916年）5月7日，西南四省倡议成立中华民国军政府并宣告：“中华民国大总统，领海陆军大元帅一职，依法由副总统黎公继位。”袁世凯取消帝制后于民国五年（1916年）6月6日去世。
民国五年（1916年）6月7日，即袁世凯死后的第二天，黎元洪在东厂胡同宅邸就职中华民国大总统。黎元洪就职大总统后，各方来电请求恢复“民元约法”（民国元年约法）和“民二国会”（民国二年国会）制定之大总统选举法，召集国会，速定宪法，组织责任内阁，废除民国二年（1913年）十一月四日后袁氏伪制，惩办祸首。所有措施须依临时约法，以解时局纷扰之祸，慰人民望治之心，固民国根基之本。
以段祺瑞为首的北洋军阀坚持袁氏约法，主要是出于维护北洋军阀的合法地位的考虑，有利于段祺瑞独揽大权，武力统一全国；如果约法恢复，延伸而来的就是要恢复国会，这个以国民党议员居于优势地位的旧国会当然也就会成为他实行军事独裁的障碍，所以段一再坚持不肯恢复旧约法和旧国会。革命党人和护国军政府方面坚持恢复临时约法和民二国会，实际上也是为了打破北洋系专制独裁的局面，重新使中央政府回归到民主政治的轨道上来。民国五年（1916年）6月27日，黎元洪致电冯国璋商谈恢复约法召集国会，指出临时约法束缚了行政的顺畅，应当速速筹措召开宪法国会开会。
黎元洪继任大总统离不开段祺瑞的拥护和支持。段祺瑞拥护黎元洪就任也是迫于当时政治形势的需要。为维护这种相互依存关系，黎元洪任命段祺瑞为国务总理，组织责任内阁。段祺瑞由于有着强大的北洋军和除西南六省外的各省掌握军政实权的督军和省长的支持，对手无武装实力、仅依存于国会的黎元洪不放在眼里，继续推行自己的军阀作风。在对德参战等问题上，双方斗争和矛盾急剧升级，引发了激烈的府院之争，其结果是黎元洪下令免去段祺瑞的职务。段祺瑞愤然离京去津，策划武装倒黎。民国六年（1917年）5月，张勋在徐州邀开督军团会议，正逢段祺瑞被免职，与会各省督军群情激愤，痛骂黎元洪和国会。张勋则乘机盘算着借驱黎之名达到复辟清室的目的。
民国六年（1917年）6月7日，张勋率五千辫子军北上，7月1日张勋进京，拥戴清废帝溥仪即位。出于对张勋势力的威胁，黎元洪不得已逃到日本公使馆进行躲避。此时，广东省长朱庆润、广西省议会、江苏督军李纯等纷纷电请黎元洪勿思引退，以武力斩除张勋。7月3日，段祺瑞以讨逆军总司令名义誓师讨伐，剑指张勋一人，余者不咎。不出十日功夫，张勋等复辟势力即遭到段祺瑞的镇压。张勋复辟使段祺瑞以“再造共和”的功臣身份回到北京，黎元洪也因段祺瑞讨逆成功而重获自由。
民国六年（1917年）8月28日，黎元洪启程赶赴天津，从此开始了长达五年的息影津门的生活。黎元洪受到企业盈利的巨大鼓舞，热心发展实业。他也曾表示：“对于政治业已心灰意冷，以后将在实业界力求活动”，从而拿出自己的官傣收入、土地租金或利用个人的政治影响借债银行，先后选择在北京、天津、上海、湖北等13个省和香港等地，投资煤矿、盐碱、钢铁、纺织、烟酒、食品、制药、林场、银行、证券、信托、保险、邮电等各种企业70多个，有的还亲自出任董事长，或以子女的名义担任要职，施展实业救国的抱负。
民国十一年（1922年）6月，直系军阀曹锟、吴佩孚赶走皖系总统徐世昌，徐世昌在各种利益的左右和外部武力的胁迫下，他显得孤立无援而不得不于同年6月3日辞去大总统职位。总统一席又是虚位以待。直系军阀对此虽凯觑已久，但顾忌到西南军阀、奉系和国民党的反对，不好直接登上总统宝座。早些时候，原国会众议院议长吴景镰曾通过吴佩孚的部将王承斌给吴献上了“法统重光”之计，即重新拥戴黎元洪复职大总统，恢复张勋复辟期间解散的国会。其立论根据在于黎元洪的离职和国会的解散都处在非常时期，是不得已而为之，故需补满任期侯期满后再行重选。按照这一推理，其后“安福国会”选举的总统徐世昌自然也就非法，理应下台。但其用心却不在于真正的保持“法统”，维护国家的稳定和法律的尊严，而是明修栈道，暗渡陈仓，以黎元洪为跳板来实现曹、吴的总统之梦。所以，徐世昌辞职当日，曹、吴就领衔会同直系军阀17人发表通电，表示拥黎元洪出山继任总统职位。
6月6日，黎元洪发出“废督裁兵”的鱼电，颇得社会同情和部分军阀的响应。9日夜到10日早间，川、湘、汉、东三省定团体发出劝驾电凡十数通，章太炎等名流亦来贺电，加上吴佩孚发来电报解释曹、边恫吓不要顾忌，此时黎元洪出山之心“已为之动然，尚未出诸口云，但已侧注废督裁兵一层”。复职后，黎元洪面临三大问题需要着手解决。一是内阁问题，内定颜惠庆组阁；二是国会问题；三是统一问题，主要是西南和东北两部分尚未统一。同时，黎元洪虽然再次上任大总统职务，但北京政府内部的政治斗争并未因此停息，国会与内阁的冲突也直接反映了直系内部保、洛两派的明争暗斗，这在罗文干案引发的倒阁风潮上的表现最为集中。在直系各派的激烈争斗下，随后半年内，内阁又迭经汪大燮、张绍曾署理，黎元洪也在政治漩涡的中心不能自拔。
1923年10月5日，曹锟贿选成功，反直同盟随之瓦解，黎元洪复位总统的梦想破灭。一年来的奔走呼号，使黎元洪身心疲惫。加之曹锟上台后加大了对异己的打击力度，黎元洪的生活和生存空间越发狭小，他只好选择东渡日本。1928年6月3日，黎元洪因为脑溢血在天津去世，享年65岁。黎元洪死后，以国葬的形式葬在土公山（现华中师范大学东南门附近）。1935年11月24日中华民国国民政府于武昌为黎元洪举行国葬典礼，遗体归葬于武昌卓刀泉。
支持新党
在黎元洪的军队中，新兴的革命力量还竞相组织团体，结纳同志，组成各类组织俘鼓相应，宣传革命，有些甚至还为后来大革命团体的成立和运动起到了不可抹煞的奠基作用。有如光绪三十四年（1908年）7月，第四十一标士兵任重远倡议成立湖北军队同盟会，会众多达四百余人，各标营均有，其会员后来成了共进会和文学社的基干力量。军队同盟会因刺杀湖广总督陈夔龙事泄而被迫解体后，第四十一标的同志利用光绪三十四年（1908年）11月安徽太湖秋操和光绪、慈禧先后去世的机会，重议另组团体。为“外避目标，内策自治”，改组成立群治学社，佯称研究政治学说、扶植社会自治，实以挽救民族危亡为旨归。群治学社集结了刘复基、蒋翊武、詹大悲等一批批孔武有力的革命力量，后因起义风声外泄，未及发难而停止活动。留鄂诸同志遂另起炉灶，宣统二年（1910年）再组振武学社，标明宗旨联络军界同胞。第四十一标同志杨王鹏为社长，各标营设代表，第二十一混成协中就有第四十一标代表廖湘芸和第四十二标代表祝制六。群治学社和振武学社是发动武昌起义两大组织之一的文学社的前驱，由此可见其发展的根据地第四十一标的奠基性作用是不容低估的。此外，第二十一混成协中的第四十二标士兵胡玉珍、张步瀛、邱文彬、张大鹏、郑兆兰、戈承元、陈建章等，以交换学识、一石氏砺学问为名，成立益智社，潜谋革命。 该两社嗣后也并入了文学社。
文人（知识分子）在革命化的新军中是占了相当大的比重的，黎元洪对这些人多是加一以保全，庇护部属，在某种程度上客观地保存和积累了革命力量，也使黎元洪本人赢得了良好的群众基础。
维护共和
光绪十九年（1893年）孙中山在广州行医，黎元洪在广甲舰当管轮。舰上有士兵病了，黎元洪就请孙中山上舰看病。两人就这样见过一面，但并没有深入接触。第二次，辛亥革命之后，孙中山当了大总统，黎元洪当选为副总统，两个人也没有见面。直到孙中山辞掉大总统后，民国元年（1912年）4月初，黎元洪邀请孙来武汉访问，并热情接待了孙中山。孙中山、胡汉民都非常肯定黎元洪的功劳，称赞他为“民国第一伟人”。最后到了民国十三年（1924年），孙中山应冯玉祥邀请，到北京商谈国事，路过天津。黎元洪在天津招待了他。民国十四年（1925年）3月12日，孙中山在北京去世，黎元洪在家里设灵堂供奉孙中山。应该说黎元洪从开始接触到孙中山去世，他对孙中山始终很尊重。
袁世凯称帝后，册封黎元洪为武义亲王，但是黎元洪坚决抵制。后来张勋复辟，黎元洪也坚持抵制。袁世凯死了之后，黎元洪当了总统，段祺瑞担任国务总理。但是实权还是掌握在段祺瑞手中，他当时并没有太大的力量。虽然如此，他在力所能及的范围内还是做了些事。具体来说，当时国务院各个部的部长，开始的名单里面都是亲段祺瑞的，黎元洪说不行，要把南方革命党人引进来。结果九个部中孙洪伊、谷钟秀、张耀曾、陈锦涛等部长是革命党人。
湖北是当时东南各省中最早编练新军的省份。不管是外国人还是铁良来参观，都称赞这支部队练得不错。正因为如此，黎元洪在整个新军中名声也很大。因而当时湖北变成江南练兵的中心，安徽、湖南、广西、贵州都派人来湖北学习训练，这些人只或多或少都受过黎元洪的教育。
这样一来，黎元洪的影响就不局限于湖北，而是扩大到了大江南北。黎元洪从光绪二十二年（1896年）调到湖北之后，一直到宣统三年（1911年），除了三次到日本考察之外，主要的活动就是在湖北摸爬滚打，编练新军。除了陆军之外，因为他还学过水师，张之洞在练新军时曾组建了一个舰队，有六条以“楚”字开头的军舰，有四只以“湖”为首的炮艇，也是委托黎元洪管理，用来保卫湖北的长江。在辛亥革命之前，应该说，黎元洪在新军中的影响力和地位都是比较高的。
宣统三年（1911年），鉴于列强在武昌局势中举足轻重的作用，黎元洪就任湖北军政府都督后，立即着手与西方各国的沟通，以便获得他们的承认和支持。10月17日，驻汉口英国领事葛福特代表英、法、俄、德、日等五国领事拜访黎元洪，表达他们对革命军英勇和文明态度的赞赏，并感谢军政府对侨民的保护，宣布承认革命军为交战团体，各国严守中立。黎元洪听后高兴地说：“此次武昌起义，对于本地方之外人百姓，自当尽保护之责。但湖北军队之革命，亦属出于万不得已。……（清政府）今年又派瑞澄来鄂，遇事压迫，所以人民都不愿意，力谋自立，故有今日之举。既劳阁下之驾，又承各国严守中立，甚为感激”。黎元洪为此所付出的努力，使他以及军政府在外交上赢得了主动，很快促使各国公使、领事联合会短期内正式发布了严守中立的公告，承认革命军为交战团体。
南京临时政府时期，由于国困民穷，政府财政窘迫，国家内部没有合适的财源，只好求助于外债。从南京临时政府成立到民国元年（1912年）4月，外债收入达到1079万元，占到全国总收入的54%。对于这种饮鸿止渴解决财政危机的办法，黎元洪坚决反对。从民国元年（1912年）2月13日到3月9日这不到一月的时间内，为反对政府举借外债，他先后六次致电南京临时政府和参议院，对其在财政困难的情况下牺牲本国利权，采取“急不择荫”的办法，进行了狠狠地批判，在一定程度上促使孙中山等人认识到借款的危害性，从而取消了以中日合办汉冶萍公司为条件的向日本借款、抵押招商局借款、以全国赋税作抵押向华俄道胜银行借款等事项。
袁世凯执政时期，袁世凯以出卖国家权益换取帝国主义的承认。帝国主义则利用“承认”中国新政府名义，大肆勒索中国。英文日本纪事报指出，“近年来，所有外交上关于中国之约章类，不顾及中国之意见是则弱之罪也”。
民国初年，孙中山提出凡革命前所有清政府与各国缔结之条约，民国均认为有效，至于条约期满而止。中国的外交也逐步实现了大转折。经过民国政府一系列的外交努力，民国六年（1917年）9月，一战胜利后中国签署对奥和约废除中奥不平等条约；民国七年（1918年）12月，民国北京政府修改进口税则；民国八年（1919年）7月，苏俄第一次发表对华宣言废除中俄旧约；民国九年（1920年）9月，苏俄第二次发表对华宣言，重申第一次宣言立场并更加具体的提出废止旧约的具体建议；民国十年（1921年）5月，废除中德不平等条约；民国十三年（1924年）5月，中俄两国正式签署《中俄解决悬案大纲协定》。为摆脱中外不平等条约的羁绊，黎元洪或亲自参与，或主持研究，或见证进行，作出了积极的努力。
民国十三年（1924年），黎元洪回到天津，从此不问政治。在告别政坛的这段时期，由于帝国主义的压力暂时减轻，国内爱国运动兴起，市场需求大大增加，民族资本主义得到了极为有利的发展条件。政治上失意的黎元洪，受到企业盈利的巨大鼓舞，热心发展实业。他自己也曾表示：“对于政治业已心灰意冷，以后将在实业界力求活动”，从而拿出自己的官傣收入、土地租金或利用个人的政治影响借债银行，先后选择在北京、天津、上海、湖北等13个省和香港等地，投资煤矿、盐碱、钢铁、纺织、烟酒、食品、制药、林场、银行、证券、信托、保险、邮电等各种企业70多个，有的还亲自出任董事长，或以子女的名义担任要职，施展实业救国的抱负。民国十六年（1927年），蒋介石的北伐军打到山东，要没收黎投资最多的中兴煤矿。他急忙找人向蒋疏通。蒋说：“别人的我没收，黎黄陂的我不能没收。”但他先是向中兴煤矿摊派了100万元的短期债券，之后又是100万元的军饷。为了凑钱，黎元洪身心俱疲。
黎元洪平生牵涉许多重大历史事件，例如反对袁世凯称帝、拒绝王封，为他赢得了较高的威望。其后护国军拥戴他，护法力量争取他，他也与护国护法运动相呼应，对袁世凯的垮台、北洋军阀的分裂，起了一定的积极作用。他的最大历史贡献是介入武昌起义，并与众多辛亥志士一起推翻二千余年的帝制，走向共和。在武昌起义中，他的介入与存在，就是一个历史性的象征，就已经正式敲响了满清政府及千年帝制的丧钟。这一历史贡献是完全不容抹杀的，也无法抹杀的。
黎元洪是一个充满矛盾和争议的人物。他的一生，经历了北洋海军、湖北新军、首义都督、三任民国副总统和两任民国大总统诸时段，其间有功大于过者，亦有功过相偿者，还有过失难辞者。
斯人已去八十载，作为政治家，黎元洪出任首义都督，为号召天下，震慑清廷，使辛亥革命一举成功，建立了不朽的功勋；他在武汉首倡的“军民分治”，开创了民国党政分开、军政分开的先河；他率先实行的“省长制”、他二度当国时提出的“废督裁兵”等依法治国主张，具有深远的历史意义；他旗帜鲜明地反对袁世凯的帝制，断然起用自己的政敌段祺瑞镇压张勋复辟，将永载史册；作为军事家他在治军方面，打造了近代中国与北洋军齐名的“南洋军”的品牌；作为与实业家，他是发展中国近代工业与对外开放的实践者。他与华侨创办的中国远洋货船公司，开通了香港经上海至美国旧金山的远洋航线，填补了中国远洋运输的一项空白；作为书法家，他继承创新，其书法作品遍及海内外名山名院名寺。
黎元洪自我评价道：“沉机默运，智勇深沉，洪不如袁项城；明测事机，襟怀恬旷，洪不如孙中山；坚苦卓绝，一意孤行，洪不如黄善化。”
辛亥革命发生，当时上海英文《大陆报》记者采访黎元洪后说道：“中国革命是世界上最激动人心的划世纪事件之一，如果没有黎元洪—他的名字早已传遍文明世界—就可能没有这场革命。历史将证明，黎元洪是中国给予世界的一个最伟大的改革者。
民国时期《日日纪事报》北京记者丁格尔评价：，“黎公为一良善军人，彼之品行决不为宦途腐败及不名誉事业所染污”，“彼之深得民心，不特见之于其驻节武昌之日，即当其在北京为副总统时亦未尝稍减也。外国论说家均称之为中国之爱特哇特（前英皇名）。其为人也并不在于一材一艺之表见，而豁达大度有开诚布公之概。……与其谓为强有力之人，不如谓为善人政见，虽有缺乏，固为日行事务上有能力之人也”。
时人贡少芹评价：“谈之者，咸谓天心厌恶专制，郁极而发，人心愤疾满清，蓄之已久，故假黄破之手，造成共和，且以其政治胆魄智识，在在俱臻优美，始得成此非常功业……低之者，谓其为人，庸常无特异之点，此次变帝制而为民主，彼实因人成事，适满族气数告终，彼会逢其巧，得所凭藉，遂成斯志”。但他认为这种评价“是皆皮相之论，而非破的之言”，“黄破一生，别无他异，惟此庸言庸德四字，行之终身无懈而己……黄破长处，即在于沉毅以接物，镇静以应变耳”。
孙中山评价：①“民国首义的第一伟人”。②“武昌举义，四海云从，列国舆论，歌诵民军，无微不至，而尤钦佩公之艰苦卓绝。文于中国革命，虽奔走有年，而此次实行，并无寸力，谬蒙各省代表举为总统，且感且愧，惟有勉为其难，以副诸公之盛意。武汉为全国之枢纽，公之责任维艰，伏维珍重”。
胡汉民评价：“非有黎副总统之局面号召，则各省响应，不能如是风起云涌；又非黎副总统之谨厚，则壮军亦不易于赞助共和”。
黄兴致电黎元洪：“共和肇造，公为首功。兴以菲材，谬蒙褒许，实所感愧。此后在野，仍当尽力民国，以副雅怀”。
严复评价黎元洪说：“黎公道德，天下所信。然救国图存，断非如此道德所能有效。何则？以柔暗故！遍读中国历史，以为天下最危险者，无过良善暗懦人。下为一家之长。将不足以庇其家，出为一国之长，必不足以保其国。”
武昌起义首领之一熊秉坤：“自黎出之风一播，城内隐匿之军官皆来”。
民国五年（1916年）6月，日本通过报刊媒体歪曲其军事经济上侵略中国的行径，抬高对黎元洪的评价，期望得到黎的支持。“黎公元洪不若袁公有垄断政治上权力之野心，对于中国将来有一种透辟之见。公以中国将来非得日本援助，不可披沥恃我之至情。苟以我日本三十年来努力于中国者，公平观之，日本实以诚意扶助中国者也，中国有凡人能知之，惟黎公对之独具只眼，黎公若不容杂近之言，不失其精神，则中国之保全不难也”。
安徽省长许世英致函：“远适异国，昔人所悲，以元首守正被放，至不得己而养病于他邦，此英所以于恭送行族后，感慨之怀，每萦萦而不能止”。
东北军首领张学良评价黎元洪：“缔构新邦，功垂宇内”。
章太炎赞誉黎元洪为“功比孙黄”，是“一个朴素而果毅的杰出人物”。
外国媒体称赞：“黎总统天性温和，毫无傲容，纯然以共和主义谈论时事，其亲善之态殊足钦佩也”。
著名史学家章开沅先生指出：①“长期以来，黎元洪就没有享受过历史的公正。原因是多方面的，不仅有国民党的正统史观的影响，而且有共产党革命史观的影响，此外还有湖北地区若干首义志士的党同伐异乃至挥之不去的潜在的`反清情结”。②“黎元洪在中国人走向共和的道路上，尽管步履瞒姗，坎坷曲折，但毕竟也是迈开第一步的先行者之一，我们理应给以必要的尊敬”。
《黎元洪年谱资料》作者薛民见评价：“黎元洪乃近代拥护旧民主主义革命人物之一……有别于袁世凯、徐'世昌、段棋瑞、冯国璋辈者，其资产阶级旧民主主义意识较多，而封建主义色彩不若袁等之浓耳”。
刘振岚、张树勇认为，黎是一个“介于封建军阀与资产阶级政客之间的人物”。
