生平经历
早年经历
司马绍幼年聪明，受到父亲司马睿特殊的宠爱。永嘉元年（307年），司马绍随父亲司马睿一同移镇建业（后改建康，今江苏南京）。
建兴元年（313年），晋愍帝司马邺继位，升任司马睿为左丞相，司马绍拜任为东中郎将，镇守广陵。
建武元年（317年）三月初九日，司马睿即晋王位。四月初四日，司马睿立司马绍为晋王太子。
太兴元年（318年）三月初十日，司马睿即位称帝，是为晋元帝。三月二十四日，晋元帝立司马绍为皇太子。
司马绍性情极为孝顺，有文才武略，敬贤爱客，喜好文章辞藻。当时的名臣，从王导、庾亮到温峤、桓彝、阮放等，都被亲近看重。曾经与大臣们辩论圣人真假之意，王导等人的意见也不能使司马绍屈从。又好习武艺，善于安抚将士。当时江东人才济济，远近都归心于司马绍。
王敦之乱时，王室六军溃败，司马绍欲率将士与叛军决战，登上车子将要出发，中庶子温峤坚决谏阻，抽剑斩断马套绳，这才作罢。
王敦平素认为司马绍神武有明略，为朝野人氏所钦佩信赖，打算用不孝的罪名废黜他。于是大会百官，当众问温峤：“皇太子有什么功德值得称道？”声色俱厉，定要使温峤说出废太子的话。温峤回答说：“探讨高深的治国之道，使国家长治久安，这不是见识短浅的人所能认识的。从礼的角度看，这就是孝。”大臣们都认为温峤的意见是正确的，王敦的阴谋遂被阻止。
登基
永昌元年（322年）闰十一月初十日，司马睿去世，闰十一月十一日，皇太子司马绍即皇帝位，大赦天下，是为晋明帝，尊生母荀氏为建安郡君。太宁元年（323年）二月，司马绍将父亲晋元帝安葬在建平陵。六月初六日，司马绍立妃庾文君为皇后。
王敦虽于永昌元年（322年）就回到武昌遥控朝廷，但因为图谋篡位，于太宁元年（323年）暗示要朝廷征召自己入朝，司马绍于是以手诏征召王敦。同年，王允之乘酒宴而知道王敦的图谋，于是回京告诉其父王舒，王舒于是与王导一同报告晋明帝，得以早作防备。
及后，司马绍积极准备京师建康的防护，最终于当年七月成功击败王敦派来进攻的军队，平定了王敦之乱。王敦之乱被平定后，司马绍下令不再问罪于王敦一众官属，又分别以应詹为江州刺史、刘遐为徐州刺史、陶侃为荆州刺史、王舒为湘州刺史，重整各州形势，消除王敦以王氏宗族各领诸州以凌弱帝室的失衡情形。
去世
太宁三年（325年）三月初二日，司马绍立长子司马衍为皇太子。闰八月十九日（10月12日），司马绍健康状况不佳，召太宰、西阳王司马羕，司徒王导，尚书令卞壶，车骑将军郗鉴，护军将军庾亮，领军将军陆晔，丹杨尹温峤，一起接受遗诏，辅助皇太子司马衍。闰八月二十五日（10月18日），司马绍病逝于东堂，享年二十七岁。闰八月二十六日（10月19日），皇太子司马衍即皇帝位，是为晋成帝，为父亲司马绍上谥号为明皇帝，庙号肃祖（《资治通鉴》作肃宗）。九月十一日，司马衍将司马绍按葬于武平陵。
为政举措
司马绍聪明敏捷能随机断事，尤其明白事理。在位期间兵乱连年，饥荒不断，死于饥荒战乱瘟疫者过人口之半，国家空虚社会凋敝十分严重，国事极端艰难。又值王敦挟兵威而震慑人主，将欲窃夺神器。司马绍虚与周旋，养成其恶，以弱制强，潜心谋划，当机独断，肃清大凶。又调整荆、湘等四州将领，以分散长江上游地方势力，拨乱反正，加强根本而削弱枝叶，虽在位时间短暂，但对安定国家大局的影响很是深远。
东晋自建国以来，北方侨姓士族与南方吴姓士族之间的矛盾一直很尖锐，吴姓士族往往受到排挤与压制。明帝为了稳定东晋政权，临终前一个月，还下诏说：“吴时将相名贤之胄，有能纂修家训，又忠孝仁义，静己守真，不闻于时者，州郡中正亟以名闻，勿有所遗。”力图调解这个矛盾，以期打破宗族界限，为国家选拔人才。在临终遗言中，他要诸臣为自己治丧时“务从简约”，不得奢侈。
历史评价
曹毗《晋江左宗庙歌》之六：“明明肃祖，阐弘帝胙。英风夙发，清晖载路。奸逆纵忒，罔式皇度。躬振朱旗，遂豁天步。宏猷渊塞，高罗云布。品物咸宁，洪基永固。”
南朝齐·谢赫《古画品录》：“虽略于形色，颇得神气。笔迹超越，亦有奇观。”
唐·房玄龄等《晋书》：“帝聪明有机断，尤精物理。于时兵凶岁饥，死疫过半，虚弊既甚，事极艰虞。属王敦挟震主之威，将移神器。帝骑驱遵养，以弱制强，潜谋独断，廓清大昆。改授荆、湘等四州，以分上流之势，拨乱反正，强本弱枝。虽享国日浅，而规模弘远矣。”
清·王夫之《读通鉴论》：“明帝不夭，中原其复矣乎！天假五胡以乱中夏，气数之穷也，帝乃早世！王敦之横，元帝惴惴而崩，帝以幼冲当多难，举动伟然出人意表，可不谓神武哉？”
