生平经历
早期经历
司马邺最初出继伯父秦献王司马柬为嗣，袭封秦王。永嘉二年（308年），拜为散骑常侍、抚军将军。
永嘉五年（311年），汉赵军攻陷洛阳，掳走晋怀帝，司马邺到荥阳密县避难，与舅父荀藩、荀组相遇，自密县南走许颍。豫州刺史阎鼎与前抚军长史王毗、司徒长史刘畴、中书郎李昕及荀藩、荀组等共同谋划送司马邺回长安，刘畴等中途叛变，阎鼎追上把他杀了，荀藩、荀组幸免于难。阎鼎即裹挟司马邺，乘坐牛车，经宛县奔武关，多次遇到山贼拦截，士卒逃散，停留在蓝田。阎鼎告知雍州刺史贾疋，贾疋立即派州兵迎接护卫司马邺，到达长安，又使辅国将军梁综帮助守卫长安。
永嘉六年九月初三日（312年10月19日），阎鼎等人拥立司马邺为皇太子，登坛祭天，建立宗庙社稷，实行大赦。给贾疋加征西大将军称号，以秦州刺史、南阳王司马保为大司马。贾疋讨伐贼张连，被张连杀害，众人推举始平太守麴允兼任雍州刺史，担任盟主，按照朝廷制度，选拔设置官员。
登基为帝
永嘉七年（313年）四月初一，得到晋怀帝的死讯，举行哀悼祭奠之礼。四月二十七日，司马邺即皇帝位，大赦天下，改年号为“建兴”，是为晋愍帝。任命卫将军梁芬为司徒，雍州刺史麴允为使持节、领军将军、录尚书事，京兆太守索綝为尚书右仆射。五月十八日，任命镇东大将军、琅琊王司马睿为侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，大司马、南阳王司马保为右丞相、大都督陕西诸军事。当时的西晋皇室、世族已从京师洛阳纷纷迁至江南，西晋中原王朝至此名存实亡。
建兴三年（315年），晋愍帝多次向丞相司马保征召军队，司马保身边的官员都说：“被蝮蛇咬了手，壮士便截断手腕防止蛇毒蔓延。现在胡人贼寇士气正盛，应当暂时截断陇地的道路来观察事态的变化。”从事中郎裴诜说：“现在蛇已经咬头，头难道也能截断吗？”司马保这才以镇军将军胡崧为前锋都督，等各军集中后进发。麹允想护送晋愍帝到司马保那里，索綝说：“司马保得到了天子，一定会放纵他自己的私心。”于是就没有行动。这样长安以西的地区，不再进贡尊奉朝廷，朝廷中的文武百官都饥饿困乏，靠采集野生的谷子来生存。
迫降汉赵
建兴四年（316年）八月，汉赵刘曜率军围攻长安，长安城内外断绝联系。十月，长安城发生严重饥荒，米价一斗达到黄金二两，并出现人吃人的情况，长安城中一大半人饿死。太仓中有酿酒用的曲饼数十块，麴允将曲饼砸碎熬粥给晋愍帝喝，不久，曲饼也已经吃光了。晋愍帝哭着对麴允说，如今穷困危急到这种地步，外面没有救援，为社稷而死是他所应该的。但想到将士们遭受的磨难，应趁城未陷落而行全身之计，或许可以使百姓免受屠戮之苦。于是命人赶快发书向汉赵投降。十一月十一日，晋愍帝派侍中宋敞向刘曜送上降书，自己乘坐羊车，脱去上衣，口衔玉璧，侍从抬着棺材，出城投降。群臣哭泣呼号，攀援住车驾，拉住晋愍帝的手，晋愍帝也不胜悲哀。御史中丞吉朗自杀。刘曜烧了棺材，接受了玉璧，让宋敞侍奉晋愍帝回宫。十七日，晋愍帝被送往平阳过流亡生活，麴允和群官都跟从到平阳。汉赵皇帝刘聪给晋愍帝加上光禄大夫、怀安侯的称号。十八日，刘聪登殿，晋愍帝在他面前叩头跪拜，麴允看到这种情景，伏地痛哭，然后自杀。
受辱遇害
晋愍帝投降汉赵后，刘聪对他百般羞辱。建兴五年（317年）十月，刘聪外出打猎，令晋愍帝执行车骑将军的职务，穿着戎服，手执戟矛，在前面开路，百姓聚在路旁观看，有些晋朝遗民故老，看了以后抽泣流涕，刘聪听到后十分厌恶。后来，刘聪又趁宴会时让晋愍帝行酒，洗酒杯，上厕所时又使晋愍帝拿马桶盖，旁边的晋臣多失声哭泣，尚书郎辛宾抱住晋愍帝痛哭，被刘聪杀害。十二月二十日（318年2月7日），刘聪在平阳将晋愍帝杀害，终年十八岁。
为政举措
晋愍帝继位时，正值永嘉之乱，天下分崩离析，长安城中不满百户人家，房屋坍塌，荆棘成林。朝廷无车马服饰，只能把官衔写在桑木板上作标志而已。军队不过一旅，公私有车四辆，器械缺少，粮饷运输不能接济。外敌横行，京都危急，各地诸侯无献身之志，四方将帅无勤王之举，故使晋愍帝君臣处境窘迫，受辱被杀。
历史评价
房玄龄等《晋书》：①“愍帝奔播之后，徒厕其虚名，天下之政既去，非命世之雄才，不能取之矣！” ②“怀佩玉玺，愍居黄屋。鰲坠三山，鲸吞九服，獯入金商，穹居未央。圜颅尽仆，方趾咸僵。大夫反首，徙我平阳。主忧臣哭，于何不臧！”
王夫之《读通鉴论》：①“愍帝之西入长安，必亡之势也。”②“况素不知兵、徒以名义推奉之愍帝乎？智者知此而已；而愚以躁者，乃挟天子为孤注，而诮人畏沮，不量力，不度势，徒败人国家，岂有救哉！”
