生平经历
早年经历
司马衷生于曹魏甘露四年（259年）。泰始三年（267年）正月丁卯日，司马衷被立为皇太子，时年九岁。
泰始八年（272年）二月辛卯日，司马衷奉晋武帝命娶贾充的女儿贾南风为太子妃，贾南风当时十五岁，年长司马衷两岁。
盛年登基
太熙元年（290年）四月二十日，晋武帝去世，皇太子司马衷即位，是为晋惠帝，大赦，改年号为永熙。尊继母皇后杨芷（杨艳的堂妹）为皇太后，立妃贾南风为皇后。同年五月十三日，葬晋武帝于峻阳陵（今河南省偃师南蔡庄北）。五月十八日，增加天下官位一级，参与晋武帝丧事的增加二级，免除百姓租税一年，二千石以上的官员都封为关中侯。以太尉杨骏为太傅，辅佐朝政。八月二十六日，立子广陵王司马遹为皇太子，以中书监何劭为太子太师，吏部尚书王戎为太子太傅，卫将军杨济为太子太保。派遣南中郎将石崇、射声校尉胡奕、长水校尉赵俊、扬烈将军赵欢将屯兵四出。后在291年正月改元为永平。
八王之乱
司马衷当政后非常信任他的皇后贾南风。因此贾氏专权，甚至假造司马衷的诏书。永平元年（291年），迫害皇太后，废其太后位，杀大臣如太宰司马亮。同年又杀皇太后于金墉城。八王之乱自此开始。
元康四年（294年）和元康六年（296年）匈奴和其他民族反叛，氐人齐万年称帝，一直到元康九年（299年）这次反叛才被消灭。
元康九年（299年），贾南风开始迫害太子遹，首先废他的太子地位。次年杀太子。这个举动成为许多反对贾后专政的皇族开始行动的起点。赵王司马伦假造诏书废杀贾后，杀大臣如司空张华等，自领相国位，恢复原太子的地位，立故太子之子司马臧为皇太孙。
永康元年（300年）八月，淮南王司马允举兵讨伐司马伦，兵败被杀。同年十二月，益州刺史赵廞协同从中原逃到四川的流民在成都造反。
永宁元年（301年），司马伦篡位，自立为皇帝，司马衷被奉为太上皇，太孙司马臧被杀。三月，齐王司马冏起兵反司马伦，受到成都王司马颖、河间王司马颙、常山王司马乂等的支持。司马伦兵败。淮陵王司马漼杀司马伦的党羽，驱逐司马伦，引司马衷复位。司马伦被杀。五月，立襄阳王司马尚为皇太孙，并以羊献容为皇后。六月，东莱王司马蕤谋推翻司马冏的专权，事漏被废。十二月，李特开始在四川反晋，这是成汉的起点。
太安元年（302年），初皇太孙司马尚夭折，司马覃被立为太子。五月，李特在四川击败了司马颙派去讨伐他的军队，杀广汉太守张微，自立为大将军。
十二月，司马颖、司马颙、新野王司马歆和范阳王司马虓在洛阳聚会反司马冏的专政。司马乂乘机杀司马冏，成为朝内的权臣。
太安二年（303年）三月，李特在攻成都时被杀，但四月他的儿子李雄就占领了成都，到年末，李雄几乎占领了整个四川盆地。五月张昌、丘沈反，建国汉，杀司马歆。八月，司马颖和司马颙讨伐司马乂。十月，司马颙的军队攻入长安，在此后的洗劫中上万人死亡。此后两军在长安城外对阵，连十三岁的少年都被征军，同时两军都征募匈奴等的军队。最后司马乂兵败被杀。司马颙成为晋朝举足轻重的人物。
永安元年（304年），初司马衷感到受到司马颙的威胁越来越大，因此下密诏给刘沈和皇甫重攻司马颙，但没有成功。司马颙的军队在洛阳大肆抢劫。二月废皇后羊氏，废皇太子司马覃，立司马颖为皇太弟。司马颖和司马颙专政。但六月京城又发生政变，司马颖被逐，羊氏复位为皇后，司马覃复位为太子。
七月，司马衷率军讨伐司马颖，在荡阴被司马颖的军队战败，司马衷面部中伤，身中三箭，被司马颖俘虏。羊氏和司马覃再次被废。八月，司马颖被安北将军王浚战败，他挟持司马衷逃亡到洛阳。一路上只有粗米为饭。十一月，司马衷又被司马颙的将军张方劫持到长安，张方的军队抢劫皇宫，将皇宫内的宝藏洗劫一空。到年末司马颙再次在长安一揽大权，司马越成为太傅。同年李雄在成都称成都王，成汉建国，刘渊自称汉王，建立前赵。
永兴二年（305年），司马颙和张方的军队、司马颖的军队、司马越的军队和范阳王司马虓的军队在中原混战，基本上中央政府已经不存在，中国边缘的地区纷纷独立。到永兴二年（305年）末，司马越战胜，司马颙杀张方向司马越请和，但无效。
光熙元年（306年），司马越手下的鲜卑军队攻入长安，大肆抢劫，二万多人被杀。九月，司马颖被俘，后被杀。八王之乱终。
突然去世
光熙元年十一月十七日（307年1月8日）夜里，司马衷在洛阳显阳殿驾崩，终年48岁，相传被东海王司马越毒杀，死后被安葬于太阳陵（今河南洛阳），谥号孝惠皇帝，他的弟弟司马炽（284年－313年）即位，改元永嘉，即晋怀帝。
历史评价
张泓：“太子不学。”
《晋书》史臣曰：“不才之子，则天称大，权非帝出，政迩宵人。褒姒共叔带并兴，襄后与犬戎俱运。昔者，丹朱不肖，赧王逃责，相彼凶德，事关休咎，方乎土梗，以坠其情。溽暑之气将阑，淫蛙之音罕记，乃彰蚩笑，用符颠陨。岂通才俊彦犹形于前代，增淫助虐独擅于当今者欤？物号忠良，于兹拔本，人称袄孽，自此疏源。长乐不祥，承华非命，生灵版荡，社稷丘墟。古者败国亡身，分镳共轸，不有乱常，则多庸暗。岂明神丧其精魄，武皇不知其子也！”赞曰：“惠皇居尊，临朝听言。厥体斯昧，其情则昏。高台望子，长夜奚冤。金墉毁冕，汤阴释胄，及尔皆亡，滔天来遘。”
胡三省：“孰谓帝为戆愚哉！”
王夫之：“惠帝之愚，古今无匹，国因以亡。”
轶事典故
作弊解题
司马衷从小智商低下，司马炎对此很发愁，担心司马衷会丢了祖宗开创的家业。有一次，司马炎为了测验一下司马衷的思维能力，特意出了几道问题考他，并限他三天之内交卷。司马衷拿到题目以后，不懂作答。他的妻子贾南风是个很聪明的人，有见及此，便立刻请来几位有学问的老先生为司马衷解答难题。
司马炎看了答卷后，以为儿子的思维还是很清楚的，也就放心了。可是司马炎一死，司马衷即位，遇事要他自己定策，就闹出了不少笑话。
官私蛤蟆
有一年夏天，司马衷与随从到华林园去玩。他们走到一个池塘边，听见里面传出咕咕的青蛙叫声。司马衷觉得很奇怪，于是便问随从这些咕呱乱叫的东西，是为官或是为私的？随从就说：“在官家里叫的，就是官家的；若在私家里叫的，就是私人的。”
何不食肉糜
又有一年闹灾荒，老百姓没饭吃，到处都有饿死的人。有人把情况报告给司马衷，但司马衷却对报告人说：“没有饭吃，他们为什么不吃肉粥呢？”报告的人听了，哭笑不得，灾民们连饭都吃不上，哪里来肉粥呢？由此可见司马衷是如何的愚蠢糊涂。
嵇侍中血
永兴元年（304年），晋军在荡阴战败，惠帝脸部受伤，中三箭，百官及侍卫人员都纷纷溃逃，只有嵇绍庄重地端正冠带，挺身保卫天子，司马颖的军士把嵇绍按在马车前的直木上。司马衷说：“这是忠臣，不要杀他！”军士回答道：“奉皇太弟（司马颖）的命令，只是不伤害陛下一人而已！”于是杀害嵇绍，血溅到司马衷的衣服上，司马衷为他的死哀痛悲叹。等到战事平息，侍从要浣洗御衣，司马衷说：“这是嵇侍中的血，不要洗去。”
