剧情设定
故事情节紧接着《银河战士II》，萨姆丝把捕获的小Metroid送到了银河联邦的空间站，让科学家们进行研究。在她刚离开不久之后就收到了空间站发出的紧急求救信号，当她返回时发现空间站里遭到了宇宙海盗的袭击，小Metroid被Ridley抢走。为了彻底消灭宇宙海盗萨姆丝再次来到了ZEBES。
故地重游的萨姆丝在ZEBES上探索宇宙海盗的踪迹，发现很多上次没有到过的新地域，如坠毁的飞船和流沙地带，还从两种外星小生物那里学会了加速跑后蓄力飞行和蹬墙跳跃的技巧。消灭了包括Ridley在内的四大海盗头目后萨姆丝进入ZEBES的中心地带TOURIAN，在那里遇到很多宇宙海盗培养的Metroid。最后萨姆丝遇到已经长大数倍的小Metroid，小Metroid在快把她能量吸尽的关头认出它曾经的"母亲"，放开萨姆丝逃走了。
萨姆丝见到了Mother Brain，击毁了玻璃容器，Mother Brain现出了真身，把萨姆丝打的毫无还手之力。
小Metroid赶来救萨姆丝，吸收Mother Brain的能量并把能量转给萨姆丝
Mother Brain竟又活了，杀死了小Metroid。萨姆丝启动Hyper枪的能力,把Mother Brain消灭，后启动自爆系统脱离了这伤心之地。
游戏特色
由于是在一个ZEBES这样的行星上探险，地图异常的庞大，游戏的进行过程中没有任何该往哪里走的提示，得到的新能力也不会告诉你应该怎么用，全要靠玩家自己的探索，初玩者肯定会有种茫然无助的感觉，不知道该如何是好。众多新能力、新技巧的加入使得系列的解谜在《超级银河战士》中被提升到了一个无与伦比的程度，这也是《超级银河战士》被尊为系列之最的原因。最为经典的当数变成球放在鸟人族雕像上启动机关和用强力炸弹破坏玻璃通道开辟新的路线，这其中的奥妙之处很难用三言两语能精确的表达出来，只有玩家自己亲自去玩才能体会它的伟大。 《超级银河战士》无论是在故事情节上还是游戏系统上都到达了《银河战士》系列的顶峰，让人很难想像之后会怎样发展，于是，萨姆丝就此沉睡了八年之久
游戏标题
从这一集开始《银河战士》系列的标题就不再用数字了，本作的SUPER含义有三：
其一，第一部作品平台是FC，本作为SFC，故为Super;
其二，与一代相同，地点都是在ZEBES上，画面音乐方面大幅Super化;
其三，意指已经长大的小Metroid成为了Super Metroid。
