遗址高出稻田1－3米，南北长124米，东西宽101米，周长380米，面积1.2万余平方米，属江西省保存完好的台地遗址。从1977年至1979年共进行过三次考古发掘 (最后一次中山大学参加) ，揭露面积825平方米，文化堆积厚约2至4米，分7层：1?层为上文化层，相当于商周时期，属奴隶社会；3?层为下文化层， 相当于新石器时代晚期，属于原始社会末期。出土石器283件， 网坠128件，鼎足形状达12种、998件，代表300多个体，仅鼎类可分盘形、 釜形、罐形、壶形4种。上下文化层均发现刻划文字和符号。陶器的装饰工艺多系刻划、压印、剔刺，亦有彩绘，其纹饰达40余种。
樊城堆遗址下文化层的文化内涵与筑卫城遗址下文化层属同一类型，是赣江中、下游具有代表性的新石器时代晚期遗址，而且分布范围很广，考古界已提出命名为“樊城堆文化”。
2006年05月25日，樊城堆遗址作为新石器时代古遗址，被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。
自1977年试掘以来，经两次正式发掘，揭露面积累计达825平方米，取得了一批实物资料，初步了解了它的文化内涵和性质。樊城堆遗址于1975年被发现，1977年、1978年、1980年先后进行了三次发掘。遗址为土墩型遗址，高出旁边田地1～3米，南北长124米，东西宽100米，面积超过1万平方米。其文化堆积可分七层，第一、二层为商周文化遗存，距今约3500年左右；第三层为龙山文化遗存，距今约4000年左右；第四至第七层为新石器时代晚期文化遗存，距今约5000～4500年，其下文化层与赣江东岸的筑卫城遗址下文化层属同一类型。出土的文物有石斧、石铲等生产工具，杯、碗、罐等生活用具。另外还发现制陶窑址。
