2009年7月22日，镇江城投集团向江苏省文物局正式递交了《关于对镇江市双井路工程项目进行考古调查、勘探工作的申请》。在附件中，他们列出了7处可能存在的地下文化遗址，以及9处需要保护的地上古建筑。一周后的2009年7月30日，江苏省文物局致函镇江市文管办，委托其对该项目用地范围进行考古调查、勘探工作。
2009年8月11日，镇江城投集团与镇江博物馆签订《考古勘察、发掘工作协议》，城投集团在考古单位进场前一次性付清了应提供的75万元考古经费。协议明确约定：乙方负责对甲方“用地范围内的古代遗迹——唐宋粮仓遗址、袁公渡、拖板桥、京口驿、唐宋城垣、明代城垣、娃娃桥等遗迹进行考古发掘。”
进入10月份，协议中预测的“拖板桥遗址”逐渐显现。该名董事称，此时，考古组认为拖板桥应是整个文物群的中心，便围绕该桥展开发掘，但直至2009年11月22日，仍无其他收获，考古组便对外公开宣布“考古挖掘工作告一段落”。“也就是说，直到11月22日，还没有任何人知道宋元粮仓的存在。”
在镇江城投集团看来，宋元粮仓遗址的被发现，纯属偶然。在11月22日考古组宣布考古工作告一段落之前，城投集团只在远离发掘中心——拖板桥的地带施工；但在11月22日以后，大规模施工机械进场了。
虽然早在之前的11月中旬时，施工队就已在平整场地时部分发现了夯土遗存，但没有引起足够的重视；到了11月下旬，大型施工机械把地面挖了1.5米~2米深后，才开始发现大面积的夯土遗存，项目管理人员便联系了考古组，但当时没有任何迹象表明那是粮仓遗址或其他的珍稀文物。直至挖到2009年12月7日，考古人员终于确定那是宋元粮仓遗址。
该名董事认为，不仅是业余的施工队，就连专业的考古组都未能及早判断那些夯土是粮仓遗迹。截至12月7日，若干宋元粮仓遗址已被施工队在早前不同程度地毁坏，“但遗址是在施工的过程中发现的，我们没有过错。而且，我们对受毁粮仓的砖头进行了编号，林留根应该知道这些事。”该名董事如是认为。
2010年7月11日，江苏镇江古运河畔的大型商住楼盘“如意江南”建设项目现场，依然繁忙，工程的地基开挖工作仍在继续，旁边的楼盘销售处，则忙着迎接一个个前来看房的客户。而一处对大运河申遗有着重要意义的考古遗址、入围2009年度全国十大考古新发现的宋元粮仓遗址，就在一辆辆推土机、挖掘机的轰鸣声中，渐渐消逝。(7月12日《人民日报》)
“如意江南”是镇江市近年启动的棚户区改造项目，由国有资本的镇江城市建设投资集团负责实施。
“在1794公里长的大运河上，还没有发现过像镇江宋元时期的这种粮仓仓基遗址。”参与考古的南京博物院考古所所长林留根介绍，“这些粮仓很可能就是转般仓和大军仓遗迹，时间跨越宋、元、明、清四个朝代。”
2月3日，江苏省文物局召开专门会议，认可了保留4000平方米以上遗迹面积，复建1、2号粮仓仓基，保留3号仓仓基全部和9号仓仓基大部分，其他粮仓仓基原样套取保护的规划方案。
3月，南京博物院、镇江市博物馆联合向国家文物局上报材料，参加“2009年全国十大考古发现”评选，并入围初评名单。至此，这个考古发现的显赫身份得到彰显。
然而，一道道保护令之下，位于“如意江南”项目工地上的11座宋元粮仓仓基遗址却加速走向毁坏。
开发商：遗址要为楼盘让路
镇江城投集团董事董晨鹏介绍：“去年7月，城投集团向江苏省文物局递交考古申请时根据各种文献，主动列出了地块下可能存在的文化遗迹。得到省文物局答复后，城投集团在考古单位进场前一次性付清了75万元考古经费。”
林留根是宋元粮仓事件中第一个向媒体报料的人。他也坦言，在考古初期，城投集团确实与考古部门有过不错的配合。
那么文物考古部门与城投集团又是为何走向决裂，城投集团又为何毁坏宋元粮仓仓基遗址？
据了解，对于宋元粮仓仓基遗址的考古与保护，文物考古部门要求进行全面彻底的考古发掘，探明整个遗迹群的全貌，并要求保护遗迹整体，尽可能做到原样保留；城投集团则强调，要与商住小区结合起来规划，倾向于仅对部分重要的宋元粮仓仓基遗址“先拆后建”，即宋元粮仓先为楼盘让路，再进行复建。
对此，一些文物考古专家愤怒直言：“镇江拆去真正历史，欲修假景观。”
“闲时争名人，忙来毁故里”
据镇江市建设局网站介绍，镇江市城投集团是镇江市建设局直属的正处级事业单位。林留根认为，正是城投集团仗着“红顶商人”的特殊性，才敢对宋元粮仓如此重要的文化遗迹下手毁坏。
“闲时争名人，忙来毁故里。”林留根感叹，一些部门正陷入文化建设的误区，一边对争夺名人资源，斥巨资新建假古董津津乐道，一边对不断毁掉的文化古迹、历史建筑熟视无睹。而这两种看似南辕北辙的做法，中心不过是“利益”二字。
像宋元粮仓被毁的现象，在一些地方并不鲜见。在我国，有因为污染被问责的官员，有因为矿难被问责的官员，什么时候见过因破坏文物被问责的官员？没有处罚、没有问责，就必然有人会有恃无恐。
此外，“宋元粮仓事件反映出当前我国文物保护工作存在的制度性尴尬与无奈。文化遗迹保护不能寄望于开发商的个人良知，要从制度上进行完善。”江苏省文物局文博处处长束有春说。
