1973年8月，海安县沙岗公社青墩大队为建居民点，开挖了一条纵贯全村、长236米的青墩新河。开挖河道时，发现大量陶器、石器、骨器和麋鹿骨角、兽骨等古代遗物。
1976年春，南通博物苑派人到青墩调查，采集、征集了一些出土遗物，其中有不少属于良渚文化的玉璧、玉琮、玉坠、玉环等玉器。
1977年11月，南通博物苑组织相关人员在青墩新河边开了两个探方，发现了罐、盆、釜、钵、鼎、豆等陶器和大量兽骨化石。
1978年春天，国家文物局和文物出版社在南京召开长江下游新石器时代文化学术讨论会，南通博物苑的代表在会上出示了他们在青墩的发现，引起与会者的高度重视。
1978年4—5月、1979年4—5月，南京博物院、南京大学会同南通、无锡、连云港的考古人员连续两年，对青墩遗址进行了面积达490平方米的大规模发掘，出土新石器文物1000余件。
青墩遗址有三个文化层，中、下两层文化的年代大致分别为距今5000—5500年（公元前3000—公元前3500年）和5500—6000年（公元前3500—公元前4000年），上层已属良渚文化时期，距今应在4500—5000年（公元前2500—公元前3000年）之间。
青墩遗址下层9个探方都发现有不少数量的保存尚好的建筑木构件和柱洞遗迹。其中建筑木构件有木桩、圆木条和小板等。在第15号探方内，即发现木桩和圆木条达32根之多。木桩的下部多数从四面砍削成网锥形，少数从一面砍成陡直的斜面。这些木桩一般都竖直地捕入下层的青沙生土内。圆木条和木板也是人们加工了的建筑构件，有些圆木条端部还有砍凿来的卯榫。竖立的木桩可能是当时“干栏式”房屋的下部木架结构部分；圆木条和木板则可能是屋顶、墙壁和地板的残余。
青墩遗址的墓葬分布十分集中，发掘的98座新石器时代的墓葬全部在T5，T7—T15的10个探方内，应是公共墓地。墓葬一般为浅坑掩埋，均为长方形竖穴土坑墓，墓坑一般只能容纳尸体和随葬品。青墩遗址墓葬以单人葬为主，大都是仰身直肢葬。墓葬头向有很强的趋同性，大部分向东，头向的一致反映了某种共同的信仰，头向向东似与太阳崇拜有关。
青墩遗址发掘出的主要是石器、玉器、骨器、陶器及大量动植物化石。石器有穿孔石斧、石锛、石凿等。陶器有夹砂褐陶和泥质灰陶、黑陶、红陶四个陶系；骨角器有骨链、骨镖、骨凿、骨耜、骨扳指和角锥、角耒、角纺轮等，以及刻纹鹿角；玉石器有石斧、石锛、石凿、石铲、石锄和纺轮、装饰玉器等，并出现仿石斧制作的带柄陶斧；此外还有干栏式建筑和偏梗型碳化稻谷遗迹。
中国考古界曾困惑于“长江以北、运河以东地区的文明史从何时算起”，而青墩遗址的发现就回答了这一问题”。青墩遗址是一处新石器时代的遗址，经过对下文化层出土木桩进行碳14测定，这一遗址距今5035±85年（树轮校正值5645±110年）。在这之前，对这一地区的历史起源，相关志书一般从西周算起，距今2000多年。而青墩遗址的发现，使海安及其相邻地域的文明史向前推进了3000多年，同时为确认江淮东部存在独立的原始文化提供了有力的佐证。
中国早的“干栏式”建筑遗迹是在浙江余姚河姆渡遗址中发现的。而在海安青墩发现的大量建筑木构件和柱洞遗迹表明，五六千年前长江北岸的青墩古人已和浙江河姆渡古人一样掌握了“干栏式”建筑技术。
1983年8月，青墩遗址被南通市人民政府公布为市级文物保护单位。
2002年10月，青墩遗址被江苏省人民政府公布为省级文物保护单位。
2006年5月25日，青墩遗址被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。
青墩遗址位于江苏省海安县南莫镇青墩村。
