午门作为宫城南大门（正门），中门只走帝后銮驾，左右侧门也只有公、侯、驸马、文官三品和武官四品以上的官员才准许出入，其他品级只能走两阙门入，两掖门出。午门除了是官员出入之门外，还是传达圣旨及朝廷告书的地方，也是皇帝处罚大臣“廷杖”之地。
南京故宫午门在营建之初并无双阙，明洪武八年（1375年）因朱元璋下诏放弃营建明中都，集中力量修建南京都城，增设两阙（包括左右阙门）及左右掖门。
午门是宫城的正大门，是一座三孔门卷两边有双阕的雄伟建筑。楼顶有漂亮奢华的仪凤楼，整个午门平面呈一个倒写的“凹”字型，两边是伸长出去的双阕，双阕源自秦汉时期的建筑形式，到了明故宫时期的午门双阕已经是这种建筑形式的最后残余了。
民国十三年（1924年）午门双阕因建明故宫机场被拆除，只留下了一座三孔门洞，午门之上的五凤楼也早已毁圮。从午门上精美的缠枝如意纹须弥座来看，这种简约但唯美的装饰代表了明初高规格的建筑风格，也永久的影响了后来的风格，楼顶残留的百余座宽大的柱础，还能管窥原来上面仪凤楼的辉煌。午门遗址以及后面的奉天门遗址现在已经一起被开辟为午朝门公园，为政府公益性的公园。
如今的午门本色，汉白玉须弥座和三孔券门均保存完好，站在午门之上还可以远眺御道街。在南京民间还传有“午朝门”和“五朝门”之名，皆因午门的三门加左右两掖门，合计五门，且均为上朝之门，故有此名。
奉天门始建于1366年（元至正二十六年），从午门入，过内五龙桥，便是奉天门，门内为奉天殿。奉天门遗址东西长58米，南北宽30米。奉天门是皇帝接见大臣议事的地方，即“御门听政”之所。永乐初，明成祖朱棣曾在此举行国宴接见过渤泥国王一行。
与西华门相对应的东华门，是现在南京明代宫城仅存的一座城门。东华门过去长期被南京冶金器材厂圈占，成了一个垃圾堆，一般人根本无从知道。随着东华门遗址公园的建成，大家终于可以一睹东华门的雄姿。东华门和西安门的大小，形制相似，但和西安门大的区别是，其须弥座都为素面，没有卷叶纹的雕饰，风格显得比较简朴。这一点真实的反映了当年朱元璋要求简朴建宫殿的命令。东华门南北两面有明显的城墙拆断痕迹，城楼顶上的仪凤楼早已无存，并且曾有破坏。东华门已被修复开放，为东华门遗址公园，其南面的门券内仍保留着明代的路面，城楼顶有明代仪凤楼遗迹石础，能明显看出廊庑遗迹。
西安门遗址，与西安门在东西一条中轴线上。2001年，在此施工的单位无意中挖掘出西华门的遗址，仅存三座门券的须弥座和砖石路面，这使得西安门被长期以来被误传为西华门的现象彻底被证实。从位置上来看，西华门紧邻护城河；从形制上来看，西华门仅存的须弥座和东华门一模一样，都为素面，所以现在的西华门的遗址准确无疑。
过去被长期误称为“西华门”的西安门是明故宫皇城的西面的一道城门，由于整个皇城偏在南京城东南，出了东安门便是朝阳门（今中山门），出朝阳门就出城了，西安门是进出皇城的城门，故其使用频率较高，西安门的规格很高，仅次于午门，门外（东）有一座宽大的玄津桥（至今尚存），可见当年此门的重要。
而修复之前，西安门长期被淹没在杂乱的现代垃圾建筑之中（一直作为某单位的仓库，周围是金城机械厂的宿舍），如果不是当地的居民，一般都不会知道南京还有这样一座城门。修复挖掘之后，我们看到了以前看不到的的情况，西安门的须弥座和午门的须弥座一模一样，都是刻有典型明初风格的卷叶纹样的装饰的石构件，北面的门券内还保留着明代的路面。
西安门和其它的城门不同，从现场挖掘的遗址来看，一边的须弥座一直向南三十余米，折向东也有二十余米的须弥座，可以推测出西安门当年规模较大，并且不与城墙在一条线上，整个城门向外凸出，在门内形成了一个小广场，象一个小瓮城。而当年真实的造型已经无法看出，由此可管窥当年明故宫建筑的“神秘”，估计当年东安门也有此类设计。
玄津桥在中山东路逸仙桥南，为三孔石拱桥，长41.6米，宽19.1米，始建于明初时，玄津桥原桥面、桥栏两端各有一对石狮。明末桥两侧还建有游廊。1981年桥面改沥青路面，桥栏用水泥补砌。玄津桥在明初为皇城西华门出入要道，跨古杨吴城壕。清代为避康熙帝玄烨之讳，改为元津桥。
1929年为迎接孙中山先生灵梓而辟中山东路并建逸仙桥，玄津桥不在做为交通要道。2001年仿照明代风格用汉白玉修复了桥栏。
明洪武元年（1368年），按左祖右社之制，明太祖朱元璋定四亲庙之祭于南京，其制为每庙一主，庙皆南向，缭以周垣；
明洪武九年（1376年）改建太庙，恢复了前庙后寝制度。正殿几座止设衣冠而不奉神主，又以亲王配享于东壁，功臣配享于西壁。寝殿九间，分间奉藏神主，为同堂异室之制。“几席床榻、衾褥军施、筐笥帷慢器皿之属，皆如事生之仪”，明永乐十八年（1420年）建北京太庙，规制与南京同。
明太祖吴元年（1367年）落成南京社稷坛，如元制，为异坛同谴之制，两坛相去五丈，太社在东，太稷在西，坛而不屋，若遇风雨，则于斋宫望祭。洪武三年（1370年）于坛北建享殿五间，又北建拜殿五间，以备风雨。洪武十年（1377年），太祖朱元璋认为社稷分为二坛祭祀不合经典，于是按“左祖右社”古制，改作社稷坛于午门外之右，社稷共为一坛。
明故宫散落遗迹众多，包括地上地下的，和流散文物，此处仅为部分散落遗迹。
南京桂林石屋遗址内的一些明故宫遗迹，有柱栏、石螭等，是原国民党主席林森修建自己的别墅桂林石屋特意从明故宫遗址上“调用”的一批石雕。
浙江菩陀山法雨寺中的明故宫遗迹：清康熙三十八年（1699年），经康熙批准，拆迁南京明故宫宫殿殿琉璃瓦，九龙藻井，丹陛等物发往法雨寺建成九龙大殿（又称圆通殿），九龙殿为国内寺院建筑规格高的一座佛殿。法雨寺中还保留了原本为明故宫的丹陛、栏板、九龙藻井以及大量的屋顶琉璃瓦、琉璃构件，每一件都十分精彩，弥足珍贵。其中珍贵的是从明故宫大殿拆来九龙藻井，被安置在法雨寺九龙殿内中间顶部，九条木雕金龙依然完好，经过修葺但还基本保持原样，充分反映出明故宫建筑风格重气势而不追求过分华丽的“简朴”风格。从法雨寺九龙殿琉璃顶上的明故宫琉璃构件以及其它一些明故宫琉璃构件来看，包括瓦当、滴水、正脊、垂兽、截兽、正吻等，与后来的中国明清官式建筑的琉璃构件十分相象，可见明故宫的建筑风格，装饰风格为中国明清官式建筑的样板，影响其后几百年至今。
明代洪武年间的陶瓷龙纹传世不多，而南京故宫出土的洪武白釉红彩龙纹盘是有代表性的。其龙纹的造型基本上保持着元代龙纹的形状：头小，颈细，身细长，鳞状龙纹，周围衬托以火焰纹，如意头状朵云；头的疏毛和肘的毛比元代更少，仅三、四条而矣;龙爪五趾，改变了元代时三、四趾的现象，而且这时的五趾相靠较近。
1995年8月中旬，在明故宫皇城遗址内，玉带河西侧施工工地发现一口古井。井直径3米，井壁使用了楔形砖砌成，古井早年荒废，在淘井过程中发现井底横放一排方木，在木排上淤泥中出土了一批白瓷。有白釉瓷盏、白釉瓷盘、白釉瓷爵杯和中国发现在白釉上用红色书写“赏赐”的梅瓶。经国内多位古陶瓷专家鉴定，定为明洪武瓷。这是中国惟一的一件明洪武“赏赐”梅瓶，现存于南京博物院，为国家级国宝藏品。此梅瓶高34厘米、底径10.5厘米。细颈、丰肩、瘦长腹、下腹微敛，胫部外撇。腹部有两道明显的胎接痕，底部斑驳釉迹。呈色介于元枢俯釉和明永乐甜白之间，肩部竖写楷书“赏赐”二字，为铁红料釉下彩。此梅瓶和洪武十二年吴祯墓出土的白釉梅瓶相比，更接近元代风格，为明洪武早期产品，是景德镇洪武官窑为朱元璋专门烧制的酒器。井中还出土了白釉盏、白釉盘、白釉爵杯。这批白瓷制作规范，釉色温润，有明永乐甜白之气。盘、盏底足平切，均为细砂底。但无一件有永乐刻款，应晚于“赏赐”梅瓶，是明永乐甜白的前身。值得一提的是白釉盏中，有暗花五爪龙纹产品。从表面看此类盏与其他白釉盏无任何区别，在灯光照下薄薄的盏壁中有锥刻精美的五爪龙纹，白釉盘壁模印五爪龙纹，盘心有浅刻三朵云纹和宝杵纹。两种纹饰是明洪武时期典型的代表纹饰。特别是白釉瓷爵杯，是帝王祭祀用品，生产数量极少，非常珍贵。这批白瓷的出土，证明了明早期洪武官窑的存在，反映了明早期白瓷的面貌。
2003年6月，南京航空航天大学综合办公大楼建设工地发现一座古水井，土了大批明代珍贵文物，其中有件龙泉青瓷大罐，制作甚精，堪称明代龙泉青瓷少有的发现，对于探讨明代龙泉官窑烧造以及元明龙泉青瓷器型演变具有重要意义。井内水位较高，而无淤泥，大量填充于内的是明代各种建筑构件，其中有不少建筑构件发黑，似火烧后留下的痕迹。根据材质的不同，可以将出土文物分为陶器、石器、金属器、瓷器等。陶器除少量韩瓶，余皆为建筑构件，其中又以琉璃构件为大宗。琉璃构件均为黄色，包括各种龙纹瓦当、滴水，各种尺寸的板瓦、筒瓦，角套兽残件，压脊兽残件，吻兽残件等。石器主要是方形铺地砖、石栏杆柱头残件等。金属器主要是用于门窗的各种构件和装饰器件，如大型的铜门窝、圆形或方形铜柱帽、云形铜饰件等等，除此以外还有大面积的铜丝网，金属器皿等。
南京明故宫遗址公园位于南京市城东原明朝皇城遗址，南边以中山东路为界，与午朝门公园隔路相望，北面至北安门桥，由东西两侧明故宫路围合的部分占地约55474平方米，遗址被分为南北两部分。
2005年和2006年的环境综合整治，整治后的公园管理服务用房比过去减少600平方米，只占总面积的4.7%，而绿化面积达35600多平方米，占总面积的70% [28]
从南大殿进入后首先是以草坪为主基调的基台奉天殿，它和已有的华盖殿、谨身殿，形成以旧制象征性的三大殿须弥座轮廓主景，三大殿四周以青灰色石材铺设，既为游人提供活动空间，又以宫殿传统格局“土”字造型突出宫城主殿格局。
公园后半部分以御花园的绿化为背景，中轴线上以高大的古树银杏树池四周配以青石木条，东侧以亭为主景，配以青砖等不同形式的林间小道，西以一组仿古建筑为主景。北大殿两侧新建两个角亭。在保留原有绿化的基础上，为体现紫禁城的宏伟气势，环境整治中新增铺砖地10000平方米，增加的植物有银杏、香樟、国槐、五针松、红枫、榉树和桂花等名贵乔木700余多株，公园四周栽植法青18000株，形成绿蓠墙，从而形成色彩多样、层次丰富、疏密有致、季相变化明显的皇家园林景观，外五龙桥、午朝门、内五龙桥、明故宫公园、御带河这一纵向城市轴线为明故宫景观的重点。
2011年后，南京市政府规划论证新的保护利用明故宫遗址的方案，并打造成国家级遗址公园。
2015年2月初，国家文物局官方网站公布《关于明故宫遗址核心区环境整治及重点遗迹标识展示工程立项的批复》，文件中写明：“原则同意明故宫遗址御道街景观标识、午门广场环境整治、中山东路道路铺装改造、三大殿台基遗迹标识展示等工程立项。”
标识系统还原宫城
2012年，由东南大学教授陈薇领衔设计的《南京明故宫遗址保护总体规（2012~2032）》中提到，保护规划时间跨度为20年，其中按照时间顺序，大致要点为明故宫中轴线中心区的完整保护与展示，即御道街的景观改造、两个遗址公园的本体展示和环境改造；明故宫宫壕的沟通与环境整治；三大殿遗址考古保护棚；复建宫城东北角楼；乾清宫、省躬殿、坤宁宫、社稷庙、太庙的考古展示；西安门、东安门、东华门、西华门等遗址公园的完整与建设等。同时，文物部门还将在明故宫遗址上竖立标识系统，标记出明故宫内各大殿、水系、道路的布局。在不用复建所有宫殿的情况下，能让人们对600年前的明朝皇宫有总体了解。
此次国家文物局的批复书中提到，为了加强对已有考古资料的研究，将由专业考古研究单位在明故宫遗址上补充开展必要的考古工作，明确明故宫遗址的布局特征、营造方式及遗迹保存情况，为环境整治及标识展示工程的实施提供依据。三大殿台基遗迹及两宫生活区的环境整治及标识展示工程，则应注意控制总体景观环境，突出遗址氛围，恰当体现明故宫遗址的核心价值。应深化标识系统的内容设计。科学、全面、准确地阐释遗址内涵，并尽量做到通俗易懂。
明故宫遗址范围内有民国时期建起来的明故宫飞机场，国民政府多个中央机构也建在明故宫原址上。中国第二历史档案馆（原国民党中央党史史料陈列馆旧址）、钟山宾馆（原励志社旧址）以及原国民党中央监察委员会办公楼旧址等建筑均为民国建筑。在将来的明故宫遗址核心区的环境整治中，这些民国建筑将进行原址保护。
