商周时期，雁窝岛城址始建。
隋唐，雁窝岛城址被靺鞨族延续利用。
20世纪80年代，双鸭山市考古工作者对雁窝岛城址进行了考古调查。
2013年4月30日和5月2日， 双鸭山市考古工作者对雁窝岛城址进行了2次考古复查。
雁窝岛城址周长约1171米，面积约76600平方米，其中北长约332米，东长约192米，南长约341米，西长约307米，整体大致呈梯形，海拔高程为66米，城墙现存残高1米，墙基底宽13米、顶宽3米。南墙有城门，设有瓮城，墙为夯土版筑。城外四周有城壕，宽4米，深2米。
雁窝岛城址北古墓群，出土磨制骨鱼镖、骨镖、铁刀、铁扣、石凿、羊拐、手制黑陶罐、红衣陶片、黄褐陶片等，以及素面夹砂黑陶口沿残片、按压纹夹砂黄褐陶器底残片、黄褐陶口沿残片、方形坑点纹夹砂黄褐陶残片、按压纹，夹砂红陶残片、坑点纹夹砂黄褐陶残片、素面黑陶残片等。
雁窝岛城址为肃慎族系文化遗存研究提供了实证资料，体现北大荒时代精神和核心价值的先进文化动力，对研究雁窝岛文化具有历史、文化和旅游价值。
2006年5月25日，雁窝岛城址被中华人民共和国国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。
2007年，宝清县政府拨专款为文物管理局配备了文物保护稽查车，提高了巡视的效率和文物保护的成效。
2016年，宝清县人民政府依照《文物保护法》，对雁窝岛城址开展维修保护工程项目。
雁窝岛因大雁、仙鹤、天鹅等飞禽在岛上筑巢栖息、繁衍得名。
雁窝岛城址属于肃慎族系文化遗存，肃慎族是中国东北地区的古老民族，从肃慎始向下衍生为挹娄、勿吉、靺鞨、女真、满洲等民族。
