1979年3至4月、1999年、2000年对该遗址进行多次发掘，取得了“新砦期文化”确认的学术成果。
1999年，在后来确认属于内壕以内的台地发掘中，出土了一块“新砦期”的陶器盖残片。
2000年，新砦遗址内壕以内的“新砦期”地层中，发现了一件残长8厘米多、形似镰刀的铜片，类似鬶或盉类酒器的流部残片。经分析测试，这件铜器系红铜铸造而成。
2002年至2005年10月，又继续对新砦遗址进行了发掘，已初步确定新砦遗址是一处设有外壕、城壕、内壕共三重防御设施，中心区建有大型城址。
2001年10月，考古工作者将寻找夏代早期文明的目光锁定在了新砦遗址，为期两年的考古发掘工作取得丰硕成果，这是一座面积约100万平方米、拥有内外三重城壕和大型建筑的夏代早期大型城址。
2013年、2014年进行了新的发掘工作。
整座城址均掩埋在地表以下，城址平面基本为方形，南以洧水河为自然屏障，现存东、北、西三面城墙及贴近城墙下部的护城河。70万平方米的的设防聚落规模，在龙山末期的中原腹地独具特色。东墙南北残长160米，深4米。北墙东西长924米，深5至6米。西墙南北长470米，深2.5米。北墙以外220米有一条人工与自然冲沟相结合而成的壕沟，为外壕，东西长1500米，南北宽6～14米，深3～4米。城址的西南部地势较高设有内壕,现存西、北和东三面内壕。北内壕东西长约300米，东、西内壕的南部均遭破坏，长度不明。三面临河的半岛状聚落北缘与连接河流和自然冲沟的人工壕沟形成面积达100万平方米的封闭空间。另外，在城址中心区中央偏北处坐落一座东西长92.6米、南北宽14.5米的大型建筑基址，已经清理出部分夯筑墙体、柱洞、红烧土和活动面等重要遗迹，为新砦期晚段多次使用的大型浅穴式露天活动场所。
城市遗址
城址的东墙和北墙是利用一条河沟的内壁修整、填土夯筑而成的，西墙及其护城河系人工挖筑而成。在北城墙以外220米开外，是一条人工与自然冲沟相结合而成的壕沟，即外壕，东西长1500米，南北宽6－14米，深3－4米左右。城址的西南部地势较高，设有内壕，现存西、北和东三面，内壕圈起的地带为城址中心区。在城址中心区还初步探明一座东西长50多米、南北宽14．5米的大型建筑基址，很可能是一座宗庙建筑。它的东部，建有附属建筑，前后两侧，均有大路连接。已经清理出部分夯筑墙体、柱洞、红烧土和活动面等重要遗迹。在中心区以外，发现有手工业作坊区，区内有一个盛放骨头料的窖穴，这个作坊区可能是加工骨器的场所。
出土器物
新砦城址内出土的遗物数量众多，做工精美。不仅有制作精美的陶器如子母口瓮、簋形豆、双腹豆、猪首形盖钮等，还出土有玉凿、红铜容器等高规格遗物以及与二里头遗址出土的铜牌饰纹饰相类似的兽面纹、雕刻精细的夔龙纹等，反映出这一遗址的都邑性质。
1999年，在后来确认属于内壕以内的台地发掘中，出土了一块“新砦期”的陶器盖残片。在打磨光滑的黑色器表上，以阴线刻出兽面纹样。兽面面额近圆角方形，蒜头鼻，两组平行线将长条形鼻梁分刻为三部分，梭形纵目，弯月眉，两腮外似有鬓。刻制技法娴熟，线条流畅。发掘者直呼该兽面纹为饕餮纹，并论证其具有明显的东夷文化色彩，其造型应含有虎的因素。
与前述兽面纹器盖出土地点相隔不远处的一条沟内，还出土了一块器物圈足部分的残片。其特殊之处在于装饰有一周线条优美的连续图案，虽因过于残破的不辨首尾，但无疑表现的是动态的龙纹。发掘者称其为夔龙纹。
正在进行的“中华文明探源工程预研究”认为，位于河南省新密市的新砦遗址，极有可能是中国考古界苦苦寻找多年的夏代开国之君夏启的都城。夏启结束了尧舜禹时代盛行的“禅让”制度，是传子制度的开创者，从某种意义上讲夏启是真正的夏王朝开国之君。夏启之居的初步勘定，不仅是探索早期夏文化的一项重大发现和突破，对于探索中国早期国家起源即中华文明的形成同样具有重大意义。
寻找古代文献上记载的“黄台之丘”附近的“夏启之居”，曾是一代又一代致力于探索夏文明的考古人追索的迷题。上个世纪二十年代，著名古文字学家丁山提出，夏启之居在今新郑市与新密市之间，“黄台之丘”即为黄台冈，黄台冈不远有“夏启之居”。
2001年10月，国家“十五”计划重点科技攻关项目“中华文明探源工程预研究”启动后，考古工作者将寻找夏代早期文明的目光锁定在了新砦遗址，为期两年的考古发掘工作取得丰硕成果，这是一座面积约100万平方米、拥有内外三重城壕和大型建筑的夏代早期大型城址。城址内部不仅发现宗庙性质的大型建筑，还发现有加工骨器的手工作坊区，出土的遗物不仅数量众多，做工精美，而且规格很高，反映出新砦城的都邑性质。
经2005年中国考古学院最新碳14测定，新砦遗址始建年代不早于公元前1900年，下限不晚于前1700年，处于夏王朝统治时期。（2008年则认为参考时代为公元前2050~前1750年。）夏代早期城址内就修筑有具有防御功能的内外三重城壕，这一重大发现打破了多年来众多夏文化遗存不曾发现城墙的沉寂局面。对于重新认识夏文化早期的聚落形态、确定夏文化的上限、探索夏文明的诞生等一系列重大学术问题均具有重要的学术意义。
关于夏启出生和活动的地方，史籍多有记载，前人也早做过详细的考证。专家认为，新砦遗址的位置完全符合《水经注》所云夏启之居的地望，城址的始建年代落入夏代早期年代范围之内，遗物的规格说明它本身具有王都的性质。结合其年代及相关历史文献记载，专家们认定这座都邑城址很可能是黄台之丘附近的夏启之居，即夏启的都城。
新砦遗址是原始社会末期十分典型的民族聚落中心，在龙山时代和夏文化之间起着承上启下的作用，在考古学上称为“新砦期”。这一考古学上的文化分期得名于新砦城址，它位于河南省新密市东南18．6公里的刘寨镇新砦村，包括今梁家台、苏沟、东湾和煤土沟共4个自然村的大部分区域，是嵩山周围大型史前聚落之一。
“新砦类遗存”集中见于今郑州地区，北不过黄河，南不过禹州。作为“中华文明探源预研究”首批启动的重点田野考古项目，为期2年的新砦遗址考古发掘取得了重要收获：初步确定新砦遗址是一处设有外壕、城墙和内壕共三重防御设施、中心区建有大型建筑的大型城址，整个城址总面积逾100万平方米，它是夏代考古的又一重大突破。
新砦遗址是全国重点文物保护单位，中华文明探源工程首批重点六大都邑之一。
“新砦期文化”是龙山文化和二里头文化过渡时期的一座城邑（一说为早期夏文化，比著名的二里头文化还要早）。新砦遗址发现的“三叠层”，即下层为龙山文化层，中层为新砦期文化层，上层为二里头早期文化层，证明了龙山文化与二里头文化之间确实存在新砦期，填补了龙山文化晚期与二里头文化早期缺环的空白。新砦城址的发现，对于探索早期夏都、对于判定古城寨城址和二里头遗址的年代与性质、对于研究夏代都城和夏王朝的诞生以及中国古代文明的起源问题都具有十分重要的意义。
正在进行的“中华文明探源工程预研究”取得一项重要成果：位于河南省新密市的新砦遗址，极有可能是中国考古界苦苦寻找多年的夏代开国之君夏启的都城。
2006年5月，国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。
