1990年3月，河北省文物局组织的文物普查队在迁安境内普查时发现万军山遗址，遗址文化层东薄西厚，约1至2米，地表散布着大量的陶器残片和石器。陶片多为夹砂褐陶和泥质红陶，纹饰以压印“之”字纹居多，条纹、席纹次之，绳纹素面较少。两侧断崖处暴露有灰坑，内涵丰富。
1992年6月3日至7月4日，河北省文研所考古队在此进行试掘，试掘面积200平方米。
1992年，万军山遗址被迁安县人民政府公布为第四批县级文物保护单位。
1998年被唐山市人民政府公布为第二批市级文物保护单位。
2006年被河北省人民政府公布为第五批省级重点文物保护单位。
2013年5月被国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。
遗址内涵可分为6层。第一层为战国时期文化遗存，出土器物以陶器为主，器形有夹蚌（云母）红陶釜，泥质灰陶宽平沿深腹盆、豆等，这一层主要分布在遗址的西部。第二层为夏家店上层文化，出土器物主要为陶器，器形有夹砂红褐陶的素面鬲、盂等。第三层为魏营子类型文化遗存，只见几个灰坑，出土陶器主要为鬲、罐、盆等。第四层为夏家店下层文化遗存，出土遗物数量较多，多为陶器，器形主要有夹砂陶绳纹南、瓤、鼎、盆等。第五层为红山文化遗存，出土器物为陶器和石器，陶器主要为泥质红陶钵及红顶钵，发现1片彩陶片；石器有石斧、石铲、网坠等。第六层为赵宝沟类型文化，出土遗物为陶器和石器，陶器以各类夹砂红褐陶的筒形罐为主，也有部分泥质黑皮几何形纹圈足碗、泥质红陶钵及红顶钵、筒形罐纹饰主要为“之”字形纹、刻划纹、戳印纹等。石器多为网坠。
万军山遗址出土文物有盆、红顶钵、陶鬲等陶器，还出土了大量石器。
敛口折腹双錾耳盆
盆口径20厘米，高16.5厘米，尖唇，口沿内敛，束颈、折腹、双耳、平底，为夹砂红陶，腹上部刻划“之”字纹，器壁较厚，残缺修复。
大口深腹盆
口径16.4厘米，高8.8厘米，圆唇侈口，斜直腹，平底，内壁不规整，手制，灰褐色，略夹细砂，素面，残缺修复。
陶鬲
方唇卷沿，鼓腹，沿下饰一周压印三角形纹，其下部饰弦断绳纹和交错绳纹，系夹砂褐陶。口径32.5，高38.5厘米。
红顶钵
均为泥质灰胎，口部呈红色，尖唇，敞口，弧愎，此次出土的钵数量较多。
石器分为打制和磨制。
打制石器
砍砸器，均为河卵石直接使用，无加工痕迹。
盘状器，此次出土盘状器15件，均用河卵石两面磨平，四周有打制痕迹，使用比较方便。
刮削器，石质为燧石，半圆状，弧刃，刃部有使用痕迹。
磨制石器
穿孔石斧，石质为青砂石，长方形，弧刃弧顶，中间有一圆孔，通体磨光，两侧磨平，长16厘米，宽7.8厘米，首中有一小三角口。
石逝，石质为青石，梯形，体扁平，弧顶弧刃，单锋。
石磨棒，两件，均残。石质为褐色砂岩，不规则圆柱体，磨擦面呈平状。
1992年发掘时出土是居住址、灶台等遗迹，证明人类在此地曾经久居。遗址的文化内涵，与安新庄遗址有很多相似之处，器物的形状和纹饰与河北省三河县孟各庄遗址一期出土的同类器物基本相同，因此该遗址应属新石器时代遗址。
生殖崇拜，就是原始先民对繁殖能力的一种赞美和向往，万军山遗址发现陶祖，这是生殖崇拜的实物，表明万军山遗址这里曾有生殖崇拜。
