石窟寺的创建年代迄无定论。据《晋书·郭瑀传》载，东晋人郭瑀曾“东游张掖……，隐于临松薤谷、凿石窟而居”。《甘州府志》则有“石洞凿者郭瑀及其弟子、后人扩而大之加以佛像”之说。从洞窟形制和造像风格上判断：金塔寺和北寺和千佛洞的部分洞窟大约创建于5～6世纪。其中一些洞窟可能在5世纪初或更早。所以，一般认为马蹄寺石窟可能和北凉沮渠蒙逊创建“凉州南山石窟”这一记载有关。此外，大量洞窟为北魏至明清历代营建或者重修。
各处石窟以金塔寺保存完整。洞窟坐北朝南，开凿在马蹄寺西北15公里山谷中高约60米的崖壁上，现存2个中心塔柱式窟。东窟高7米，宽12.4米，残深10.5米。中心柱座基之上分3层造像。
下层四面各开1个圆券形龛，龛内塑一坐佛，龛外两侧胁侍除北面塑二弟子外余三面均为二菩萨，龛楣上方各悬塑飞天6～8身。
中层每面开3个小龛， 除东西两面中间龛内塑交脚佛外，每龛内各塑一坐佛；西面南侧龛内为释迦苦修像，其龛外南侧胁侍为一天王，此外各龛外两侧均为菩萨立像。
上层北东南三面均塑10坐佛10菩萨,西面为元代补塑5坐佛。四面壁间以影塑坐佛、供养菩萨填补。西窟高4.3米，宽10米，残深4米，形制与东窟相仿。中心柱四面仅下层各开1个大龛，东、南面龛外两侧塑一菩萨一天王，余皆为二菩萨。中层东、南、 西、北面居中分别塑倚坐佛、坐佛、半跏菩萨和交脚佛，其两侧除北面塑4菩萨4弟子外均为8菩萨。上层塑5佛、供养菩萨等。
北朝石窟较多地集中在千佛洞。位于马蹄寺东北约3公里的崖壁上，共10余窟。第2、8窟为中心塔柱式，塔柱四面分 4层造像，现存部分北魏、北周的造像和壁画。第1、4窟类似新疆克孜尔石窟的龟兹式窟形，现存造像塑于北魏或西魏，经后代重修。第6窟内初唐石雕一立佛二弟子二菩萨，高约3米。
位于马蹄山东崖的马蹄寺北寺，计有大小窟龛30多个，多为北朝和西夏、元、明以来的残窟。第8窟名藏佛殿，规模大，深33.5米，宽26.3米，开龛40余个，大约建于西夏至元代。此外仅第1窟药王洞、第4窟北坐佛洞残留一些元代造像和壁画。南寺和上、中、下观音洞各有4～6窟不等，开凿时期虽早，但均仅剩残窟。
造像艺术上富于特点的当推金塔寺造像，虽经后代装修，仍多保持原作风貌。人物脸型丰圆高鼻梁嘴小唇薄肩宽体壮造型饱满刚健。佛像庄重安详菩萨裸上身装饰华丽形容俊美。悬塑飞天，装束与菩萨相同，身躯扭曲作V字形、略显古朴稚拙、虽不如北魏以来飞天轻盈自如、灵动多变、却也真切感人。整窟造像结构严整、统一和谐、富丽堂皇、以圆雕和高浮雕、影塑和彩绘相结合手法，层次分明地塑造众多的佛教人物形象，充分显示出5世纪前后中国早期石窟雕塑艺术的高度成就。
马蹄寺石窟早建于晋代，是敦煌人郭瑀及其弟子所凿，先为郭的隐居讲学处，后人扩而大之，增塑佛像，鼎盛时期在僧从三百多人。到了明朝永乐年间改名为普光寺，寺内原存的金鞍、龙袍系清代乾隆赐给以御物。
马蹄寺石窟由于历史悠久，同敦煌的莫高窟、安西的榆林窟齐称为河西佛塔胜地的三大艺术宝窟。
马蹄山东面入口处的悬崖间，凿有许多龛洞，这就是千佛洞。洞窟的始凿于北凉时期。现存窟龛依山崖走势自然分为南、中、北三段；南，中两段以佛窟为主，北段是浮雕石塔林。这些石塔一般由塔座，塔身，须弥座，相轮，刹盘和塔顶构成。这是本地石窟艺术的一大突出特点。
6号窟（西方三圣殿）位于千佛崖中部，开凿于盛唐时期。现窟前建造了飞檐翅角的窟檐。这些造像就岩体雕刻，虽有残损，但仍保持着盛唐时期面型丰满，身段匀称，姿态生动的造型特点。
8号窟开凿于北凉时期 ，窟深6米，宽6、25米，高4、7米。中心柱东南两壁分为五层开龛造像，下层龛内塑佛、龛外塑二胁侍菩萨、上四层各塑五佛像，中心柱南面剥落出早期壁画为释迦，多宝并坐说法图、为北魏作品、二佛左右绘普贤、文殊菩萨，龛上方绘是交脚弥勒菩萨。
由千佛洞西南行大约一公里许，就到南北马蹄寺石窟群，山林郁秀处长满苍松和灌木山花山岗，将马蹄寺分隔为南北两寺。北寺规模宏大，建筑宏伟，香烟盛，是整个马蹄寺石窟的中心和主体。马蹄北寺又名普光寺，明朝永乐，十四年皇帝赐名为普光寺。据史书记载，石窟开凿于晋代。普光寺石窟群由众多石窟组成，有三十三天石窟，藏佛殿，马蹄殿，马王殿，药师佛殿等人文景观，距今约有一千六百多年的历史。普光寺在明朝永乐十七年，通过钦差大臣启奏皇上，请求赐扁额之际，恰巧改到了南方军事取得胜利的报告，皇上甚为喜悦，于是赐名为普光寺。
古往今来，历史上不少帝王将相和文人墨客，在马蹄寺都留下了许多踪迹和诗章。如今，留在普光寺的天马神迹，薤谷石室，八功德水井，高王古墓，单于王古城，自然形成的孔雀石绿度母石像装藏绿度母塑像，自然形成的马头明王玛瑙石装藏的马王塑像，斩断孽龙的七星智慧利剑装藏的佛塔，以及观世音菩萨，二郎神和格萨尔王的美妙传说，都给我们留下了许多优美的遐像。西藏、青海等地藏族信教群众和从事佛教教业者，称马蹄寺为"卓玛让像"，即菩萨自然出现的地方，若一生没来马蹄寺朝拜，会感到终身遗憾。
明人有《咏马蹄寺》七律一首古刹层层出上方，云梯石蹬步回长。金神宝相莲开座，玉梵清音月近床。
茶沸烟腾禅出空，花飞泉落水流香。逢僧共说无生活，回首音尘意自忙。
从马蹄寺溯马蹄河西去、一路山谷杂树丛生、野花满地，到山谷尽头，悬崖峭壁中昌出一股细流，沿崖直下。诗中所写花飞泉落水流香即此。悬崖飞泉，为祁连山雪水沿山石缝隙渗聚而成，天睛时远远望去，能清楚的看见这一奇景。在高山上有一大石矗立，从下看去活像一位高高在上俯视下界巨人，称之为石佛，又是一大奇景。观音洞是佛教中重要洞窟，都是喇嘛修行处，每一洞窟周围凿有岩龛、岩龛中凿有石塔。
马蹄寺石窟群中的金塔寺，位于大堵麻河西岸，在一条叫刺沟的山谷深处，从刺沟口向里走便有一片高沟100米以上褐红色绝崖，金塔寺石窟就开凿于距地表60米的崖壁中部，向上有一条211级的陡峭石梯可达；两个洞窟均座北向南。中部栈道连通。从洞窟的形状，塑像，壁画的风格看，都属魏时期。其中东窟的规模较大，艺术价值也很高。
马蹄寺石窟群，从东晋郭某和他的弟子在那里开凿以来，历经北魏，北周、隋、唐、宋（西夏）、元、明、清、民国，有1600多年的历史了，它是我们甘肃悠久历史和无数能工巧匠的心血和聪明才智的历史见证。
石窟群由胜果寺，普光寺，千佛洞，金塔寺，上、中、下观音洞七处组成，共有70余处窟龛。马蹄寺石窟的独特之处在于千佛洞有500多个摩崖佛塔窟龛，规模庞大；金塔寺中大型肉雕飞天，古朴稚雅，为国内所仅有；普光寺的三十三个天洞，上下5层21窟，宝塔形排列，内有佛殿，外有回廊，共开内外窟龛达49孔之多，造型奇特。
马蹄寺环境奇丽，山青，水秀，峰奇，洞异，堪称"四绝"。
马蹄山古名临松山，又名丹岭山、青松山。地处肃南裕固族自治县境内，北距张掖市有65公里，为集石窟艺术、祁连山风光与裕固族风情于一体的旅游区。远在西汉初年，为匈奴阿育单于的避暑胜地。
古名临松山，又名丹岭山，青松山。位于肃南裕固族自治县境内，北距张掖市65公里，是集石窟艺术、祁连山风光和裕固族风情于一体的旅游区。远在西汉初年，是匈奴阿育单于的避暑胜地。
马蹄寺石窟是一规模宏大石窟群体，它包括7个小石窟群，《甘镇志》讲神骥足迹。民间传说：天马下凡时一蹄落在这里的一块岩石上，踩下一只蹄印。寺院由此而得名。时下这块蹄印石被保存在马王殿内。
马蹄寺石窟群，包括千佛洞和南北马蹄寺、上中下观音洞和金塔寺7个小石窟群。每个小窟群，多的有30余窟，少的有2窟，总共有七十多窟。马蹄石窟因为历史悠久，同敦煌的莫高窟和安西的榆林窟齐称为河西佛教胜地的三大艺术宝窟。
