东灰山遗址位于甘肃省民乐县六坝镇东北约2.5千米处，于1958年被发现。
1975年，张掖地区文化处调查该址，在水渠两侧断面上发现少量炭化小麦籽粒。
1985年7月，中国科学院遗传研究所李璠等赴河西走廊进行农林生态考察。
1986年8～9月，李瑶等再次前往东灰山遗址，采集一批文化遗物。
1986年10月，河西史前考古调查队再次前往东灰山遗址调查。
1987年5～6月，吉林大学考古学系师生在东灰山遗址进行田野考古实习，全面发掘了遗址墓葬区，清理四坝文化墓葬249座。
1989年9月，中国西北干旱地区全新世环境演变与人类文明兴衰研究组前往河西走廊进行古环境变迁、沉积环境与沉积区特征及人类活动状况考察，在东灰山遗址调查采集4个土样。
2005年，北京大学考古文博学院李水城等前往张掖，在地区博物馆孙宏武、王康二位陪同下前往东灰山遗址采集一批土样，后经中国社会科学院考古研究所赵志军研究员浮选出大量栽培植物籽粒标本。
2007年6月，在国家科技支撑项目“中华文明探源（二）”课题组部分成员组成，“河西走廊环境考古调查队”再次前往东灰山遗址进行了考察。
2013年，东灰山遗址被中华人民共和国国务院核定为第七批全国重点文物保护单位。
东灰山遗址是坐落在戈壁荒滩上的一座长椭圆形土丘，高约5米，大致呈南北走向，面积24万平方米。遗址东侧水渠断面暴露大段文化堆积，厚0.5～2米。遗址东北一带为同时期的一处氏族公共墓地。
东灰山遗址是一处灰沙土累积形成的长椭圆状土丘，遗址顶部高出周围地表5～6米。在遗址土丘东侧开挖一条宽3～6米的水渠，自南而北贯穿而过，对遗址和墓地造成很大破坏。在遗址所在的土丘表面和水渠内散落大量陶片和石器。水渠断面暴露出大段的文化层，土质松软，呈灰黑色，内夹杂陶片、兽骨、炭渣等。个别地段还暴露有灰坑遗迹。调查过程中在土丘南侧发现一个挖开的坑，坑内断面土色明显分为三层：第1层表土深0.1～0.2米，含较多砾石、陶片；第2层为黄褐色沙土，深约0.5米，含较多陶片；第三层为灰黑色沙土，也含有陶片等遗物。从这个坑的剖面和水渠的断面可知东灰山遗址的文化层厚1.5～2米。文化层以下土质变得坚硬，呈黄褐色，较纯净，没有任何文化包含物。再向下，为深厚的戈壁砾石层。
墓地位于遗址东北部地势较平缓处。20世纪70年代，当地开展农田水利建设，在遗址附近开挖了一条水渠，从水渠两侧的断面可知，该墓地所有墓葬均开口于表土下的黄土层内，墓底距地表高度不等，一般在0.5～1米之间，各墓之间相距紧密，上下叠压，似可分层。墓葬均系长方形竖穴土坑形制，墓穴较浅，葬式不明，但多数人骨呈凌乱无序状。每座墓内随葬品不多，一般有2～3件陶器。墓葬排列与水渠走向大致接近（东北一西南）。从暴露的墓葬规模和数量看，这是一处延续时间较久的氏族公共墓地。
东灰山遗址发掘出的遗物有石器、陶器、骨器、铜器和少量金器及炭化小麦等。石器以生产工具为主，有斧、锄、锛、刀、凿、磨盘、磨棒、砍砸器、刮削器等。陶器以生活器物为主，器物以平底、有耳、带盖为造型特征，多以泥条盘筑，装饰工艺有彩绘、压印、贴塑三种手法，器形有夹砂红陶壶、罐、盆、鼎、盘、器盖、陶埙、纺轮等。骨器为生产、生活用具，有凿、匕、锥、纺轮等。铜器出土16件，有铜刀、锥、管饰、耳环，多为砷铜。另出土金耳饰10件。
东灰山遗址四坝时期的农业经济，是经营以粟为主黍为次的小米类农业，小麦、大麦和裸大麦被普遍使用，以大麦和裸大麦为主的麦类作物，是当地旱作农业的补充。大量炭化裸大麦遗存的发现，为认识麦类作物种子的分类提供了很好的实物材料。
为满足东灰山遗址文物数量大、分布广、类型多的特点以及当地亟待协调保护与发展之间矛盾的需求，兰州大学文物保护研究中心编制《甘肃省民乐县东灰山遗址文物保护规划》，主要工作内容包括制定评估体系，研究确定遗址内文物保护的重大原则，对文物的价值研究、保护、管理和利用确定主要目标、方向和框架性策略，并制定分期实施计划。
《甘肃省民乐县东灰山遗址文物保护规划》是以全国重点文物保护单位东灰山遗址为核心的综合性保护规划，规划涉及东灰山遗址及其周边环境。规划工作面积约64公顷。
四坝文化是公元前2000年主要分布于甘肃河西走廊地区的一种早期青铜时代文化，因早发现于民乐、山丹两县境内的四坝滩，于1956年被考古界命名为“四坝文化”。
