浙江衢州孔氏南宗家庙坐落于衢州市区府山街道新桥街，是全国重点文物保护单位。衢州孔庙是全国仅有的两家孔氏家庙之一，素称“南宗”。（北宗：山东曲阜）
孔子，生于公元前551年，卒于公元前479年，春秋时鲁国人。是中国历史上伟大的思想家和教育家，被历代帝皇奉为圣明。据史载，北宋末年，宋都汴京(今河南开封)陷入金兵之手。宋高宗赵构仓促南渡，孔子第四十七代裔孙、衍圣公孔端友，负着孔子和亓(qi)官夫人(孔子夫人)的一对楷木像(据传为孔子学生子贡所刻)，离开山东曲阜南来，定居于衢州。宋高宗宝祐三年(公元1255年)，敕建孔氏家庙，为南宗。孔子后裔子孙已在衢州度过了 800 多个春秋。衢州作为孔子后裔的第二故乡，向有“东南阙里”之称。
全国的“一城三孔庙”所指的就是柯城。在衢州市区县学街县学公园内，还有一专门记载衢州“一城三孔庙”(衢州府孔庙、西安县孔庙、南宗孔氏家庙)的“石书”。
衢州孔庙曾经三迁三建，十多次修葺。现址的孔庙为明武宗正德十五年(公元1520年)所建，位于衢州府城东隅，占地约20亩，基本上是按照山东曲阜孔庙的规模来规划建造。建筑占地面积约13900平方米，分为孔庙、孔府及后花园三部分。
整个建筑群坐北朝南，平面呈纵长形，以3条轴线布局。东轴线上有孔塾、崇圣门、崇圣祠、圣泽楼等建筑。中轴线上有孔庙大门、大成门、甬道、大成殿、东西庑等建筑。西轴线上有五支祠、袭封祠、六代公爵祠、思鲁阁等建筑。西轴线稍西为世袭博士署，即孔府奉祀官府。家庙历经各代的多次维修，但仍保留宋代的建筑形制和规模。
庙前设有“金声”、“玉振”、“棂星”、“大成”四门。前左为“金声门”，右为“玉振门”，金声、玉振两门之外，有“德侔天地”、“道冠古今”两块牌坊。庙门为一座单体歇山顶建筑．在石须弥座的围墙衬托下，显得威严庄重。庙门上方，悬挂着一块由当代书法家沙孟海题字的“衢州孔氏家庙”额，字体苍劲有力。据了解，庙门是根据明代衢州孔氏家庙图，结合清代建筑风格重新设计证。进而正中，立石结构三拱式的“棂星门”，再进为“大成门”，门之左右均为碑亭，立宋宝祐间祀部尚书、翰林学士赵汝腾撰写的创建家庙碑等十七块碑石，碑文均由当朝政要，社会名儒撰记。
进大成门可上佾(yì古代乐舞的行列，一行八人叫一佾)台，是祭祀孔子时歌舞的地方一座全部由青石铺成的170 个方米的佾台，紧接佾台的是孔庙的主殿大成殿，是庙内的高建筑，这是一座重檐歇山顶明代建筑，殿阁雄伟、气势不凡。双重飞檐中立有一块竖匾，上书“大成殿”三字，檐下挂着“生民来有”匾额，为清代雍正皇帝砌笔。殿内一块清代康熙皇帝撰写的“万世师表”原额，悬挂在正殿上方。大殿高23米，长和宽各9米。殿内正中是孔子座像，两旁侍立着其子伯鱼及孙子思像。横梁上悬有十余块历代帝皇御书匾额。殿内共有木质圆柱12根。其中大的圆柱周长1.80米，大人伸展双臂也难以抱全。殿前通道的东西两侧各有九间房子，叫“两庑”，挂供奉先贤的地方。东西两庑祀十二哲、中兴祖孔仁玉以及孔传、孔端友。
金声门左，是家塾所在，内进为祟圣祠，祠后是圣泽楼、旧称御节楼，祠前稍西为报功祠，祀官绅之有功于南宗者。玉振门右有五支祠、袭封祠、六代公爵祠及思鲁阁等建筑。思鲁阁上奉孔子及亓官夫人楷木像，像高不足两尺。孔子长袍大袖，亓官夫人长裙垂地，形象生动。阁下立有“先圣遗像”碑，碑高2.07米，宽0.85米。相传为孔端友根据唐代画家吴道子手迹摹刻的。
在家庙之西，连接世袭翰林院五经博士府(俗称孔府或博士衙门)。博士府后进为内宅，与家庙大成殿齐平。
孔氏大宗，世属邹鲁。靖康之难，大宗南来，宋金对峙，孔裔始分南北两宗。
建炎二年（公元1128年），宋高宗赵构因受金兵进犯所迫，举朝南迁。此时在山东已被御封“衍圣公”的孔子第47代嫡孙孔端友及其部分孔氏族人，也一起携带了那对“孔家传世珍宝”———孔子夫妇楷木像及画像，随后南渡至浙江衢州落脚。次年，高宗又御准孔端友等在衢州兴建孔府孔庙，在此生息。而未随驾南迁的，则仍留在山东曲阜。至此孔氏后裔，便形成了南北二宗。
绍兴二年，孔玠袭封为衍圣公，暂时留居在衢州的孔子世家决定定居在衢州，多次请求在衢州建立家庙，到绍兴六年宋高宗赵构“诏权（衢州）州学为家庙”。从此，孔氏宗子就在衢州生息。
起初，家庙“时尚草创，即庠为家庙，酌田供礼，未有定数”。后宋高宗颁赐铜印，赐田五顷，以供族人祀祭，孔氏南迁者才逐渐安定下来。从宋高宗以后的四代皇帝，都尊重宋高宗旨意。
南宋王朝末期，形势发生根本变化，宋理宗端平元年（公元1234年），蒙古灭了金王朝。按照蒙古与南宋订立的协议，灭金之后，南宋王朝可收复失地，回汴京。然而，蒙古却违约。南宋不仅没有收复中原，反而失去更多的疆土。在衢州定居的孔子世家，再也不可能回到山东去。宋理宗于宝祐元年（1253年），以现实的态度，准衢州知州孙子秀之请，在衢州为孔子世家，兴建家庙。
宋理宗宝祐元年（公元1243年）准许衢州知州孙子秀之请，拨款三十六万缗，兴建了一座孔氏衢州家庙，以衢州州学权代孔氏衢州家庙的局面，才告结束。州官孙子秀也因建孔氏衢州家庙，而升为太常丞。
元朝建立，孔氏五十二代孙时，元世祖欲统一孔氏二宗，让南宗仍回归山东。而南宗五十二代孙却申奏朝廷，意谓已有五代祖先在衢，舍之不忍，并愿将世袭之“衍圣公”封号让于北宗孔氏族弟承袭。元世祖闻之赞曰：“宁违荣而不违亲，真圣人之后也”，遂准其奏。自此，南宗失其爵位，社会地位日衰，曾一度沦为平民，直至五十八代孙时，才又被朝廷册封为“五经博士”爵号，子孙世袭。然而，因其衰落了几个朝代，加之衢州地处浙南，乃历代兵家争夺要地，南宗孔庙屡遭浩劫，远不如北宗山东曲阜孔府孔庙保存完好。故至今只以北宗曲阜的孔氏家族为正宗。
南宋和金的割据和对峙，导致中国的分裂，也使得孔子裔孙南北隔离。这种同时并存两个宗子、两个衍圣公的分裂局面，长达150多年，但是积淀在中华民族深层的“大中华”“大一统”的思想，必然会促使分裂的中国，重新归于统一。
元世祖完成统一大业之后，发现了关于孔子世家的两个情况：其一，东平宣抚使姚枢起奏曰：“太宗世，诏孔子五十代孙孔元措垄衍圣公卒，其子与族人争袭爵”；其二，至元十三年（公元1276年）六月，元兵攻下衢州时，发现衍圣公孔子五十二世孙孔洙仍然健在。为了维护中国的礼仪和传统，为了“大一统”的帝国昌盛，经过数年的调查和思考，元世祖明确了“孔子后，自宋南渡初，孔子的第四十七世孙孔端操第四子孔玠寓衢。……孔氏子孙寓衢者乃其宗子。”至元十九年（公元1282年）十一月，元世祖为统一孔子世家，下诏“江南衍圣公入觐，命归曲阜袭封。”这项决定符合中国的封建宗法制度，有利于孔裔分离归于统一。但是，在荣誉和利禄到来的时刻，江南衍圣公孔洙却怀着仁义的信念，以衢州有家庙，有五代先祖的陵墓以及年迈的老母为由，请求朝廷让他回归衢州，率已经南迁在江南的众多族人，继续在衢州奉祀孔子等列祖列宗，恳请皇上将衍圣公爵位赐予曲阜的族弟孔治。元世祖同意了孔洙的请求，封孔洙为“国子祭酒兼提举浙江学校事”，并且给他“护持陵庙的玺书”，对孔洙让爵的高尚品格，元世祖十分感慨地赞颂说：“宁违荣而不违亲，真圣人后也！”
元世祖的决策，造成了南迁的孔子后裔具有两重身份：一是仍然和过去一样，具有一整套的宗族组织系统，让了爵位的孔洙及其嫡长子孙，持有元世祖签发的“护持陵庙的玺书”，仍然是这个特殊人群的首领。这个特殊人群，仍然以衢州家庙为祭祀场所，进行着正常的礼仪活动。因此，南北两部分孔子后裔，虽然在元世祖的促使下互相认同了，但是孔子世家在实质上，仍然分为两部分，一部分在曲阜，一部分在衢州。
从孔洙让爵之后，南宗的正统地位被废除。元朝统治者为了避免孔氏南北两宗日后相互嫌隙而生争执，更不允许南宗背忘孔洙让爵之风，制订了《整治孔氏弟子违犯家规》的典章，修订了《孔氏南宗家规》，立有“遵制典”“端教源”“示劝惩”“防冒姓”“严诡寄”“守祀田”“责报本”等条款，“行令在衢子孙永遵制典，恪守祖风，有违者以不忠不孝论。置之重典，永有叙录。”如此种种，格外严厉。这样，南宗的政治经济地位一落千丈，宗室逐渐衰败。他们的衣冠礼仪如同平民；祭田须纳课税，家庙无力维修；族人难入仕途，只能沉浮于书院山长和儒学教谕之中。据《衢州东隅老执结为孔彦绳实系南宗嫡宗孙乞分豁祭田粮额事》记载，明洪武十九年（1386年），“因有民人王希达随母改嫁来家（南宗家庙），相依住过，冒投同籍，本人为事累及，前田抄没入官，改科重粮壹佰贰拾陆石零，以致子孙办理纳艰难，岁租不敷……”这种日见困苦的岁月，南宗世家经历了六代200余年。孔彦绳尚且如此，其他南宗孔裔更趋穷困潦倒，还有能力培养人才吗？这样，应该说，孔洙让爵是南宗中衰的主要原因。
