新石器时代早期，上山遗址出现聚落定居，当地人会种水稻，会用石磨棒和石磨盘磨稻谷脱壳。
上山文化的中晚期，环壕聚落出现。
2000年10月，浙江省文物考古研究所发现了上山遗址。
2001年，浙江省文物考古研究所与浦江博物馆联合对上山遗址进行第1期发掘。
2016年1月-4月，浙江省文物考古研究所与浦江博物馆联合对上山遗址核心区块进行考古发掘工作；同年，上山考古遗址公园A馆、B馆正式对外开放。
上山遗址占地面积2万多平方米，海拔40-100多米不等。
上山遗址分布于河谷盆地边缘的山前台地，遗址普遍出现了初具规模的定居聚落。上山遗址中期出现了有规律的排柱式房址，早期也出现了较多柱洞遗迹和带沟槽基础的房址。
上山遗址发现了居址、墓葬、环壕等遗迹，出土的文物有约80件陶器，大多数器型为大口盆。此外还出土了大量石球、石磨盘等上山文化代表性器物以及陶器残片若干，早期文化地层中出土了一些红烧土残块，这些红烧土块内掺杂了大量的炭化稻壳，还出土了极少量的炭化稻米遗存。
上山遗址是长江下游和东南沿海地区年代较早的新石器时代遗址、世界稻作农业的起源地之一，也是浙江的源头。上山遗址是钱塘江早期新石器时代聚落群，在东亚地区进入了“初级村落”的历史发展阶段，为稻作农业的起源模式研究提供了探索方向。长江中下游地区是稻作农业起源地区，稻作农业在整个长江中下游地区某一小区域发生，然后在环境条件相似、文化上有联系的大区域里形成一个早期的传播圈，上山文化为这种起源模式提供了证据。上山遗址出土的陶器在制作过程中掺入稻谷硬壳的现象，不仅显示出上山先民制作陶器的特色，而且证明了稻与上山人的密切关系。
2006年5月25日，上山遗址被中华人民共和国国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。
2007年，浦江县人民政府编制完成《上山遗址总体保护规划》。
2016年8月，浦江县人民政府投资2730万元，对上山遗址核心区实施了展示棚的钢构保护展示工程，完成上山考古遗址公园A馆、B馆2个遗址展示棚的钢构工程，并在展示棚内安装了观光平台，总建筑面积1567平方米。
上山遗址附近有一处地势略高，叫做“上山”，考古学家发现了几片夹碳陶片，并在陶片表面和胎土中，发现了许多稻壳和稻壳的印痕，这就是经人类选择过的早期栽培稻。上山遗址考古还出土了石磨盘和石磨棒组合、通体磨光的石锛和石斧，以及大口盆。这些看上去十分简陋的工具，却是稻谷的加工、煮食的重要工具，系统的证明了上山遗址当时的生活已经是原始稻作农业。上山遗址代表了一种原始的新石器时代文化类型，这种地域文化于2006年11月被命名为“上山文化”。
根据18处上山文化遗址的遗存内涵，上山文化分为早、中、晚三期，早期遗址有上山遗址、庙山遗址、大公山遗址、太婆山遗址。中期遗址数量多，包括小黄山遗址、荷花山遗址、山下周遗址、湖西遗址、桥头遗址、下汤遗址。晚期遗址数量少，主要有永康湖西遗址、长城里遗址、义乌的桥头遗址。
2007年，上山文化陈列馆在浦江博物馆开馆。
2016年，浦江县人民政府开展上山文化宣传，并举行了稻作农业起源暨“上山文化”命名十周年国际学术研讨会。
